HsaINT0147459 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000092421 | SEMA6A
Description
semaphorin 6A [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:10738]
Coordinates
chr5:116443616-116467747:-
Coord C1 exon
chr5:116467583-116467747
Coord A exon
chr5:116447812-116467582
Coord C2 exon
chr5:116443616-116447811
Length
19771 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGG
5' ss Score
9.16
3' ss Seq
ATATGCGATGTCTATTGCAGGAG
3' ss Score
8.98
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000092421:ENST00000343348:18
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.402 A=NA C2=0.803
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0143720=PSI=PD(4.5=5.4)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development