GgaINT0061036 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000002294 | SEMA6A
Description
Semaphorin-6A isoform4 [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:E1C1C2]
Coordinates
chrZ:72474424-72497040:+
Coord C1 exon
chrZ:72474424-72474588
Coord A exon
chrZ:72474589-72495850
Coord C2 exon
chrZ:72495851-72497040
Length
21262 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGG
5' ss Score
9.16
3' ss Seq
CTGTATGCTGTTTATTGCAGGAG
3' ss Score
8.99
Exon sequences
Seq C1 exon
GACATTCCAGTTCACTAGTTCCAAGCACCACCTCTTCCGACTCTTGGGCTCGACAGGGTTATGATGCTAGGGGACGCATGCTGGATTGGAAGGATCCGCTTGGTTCATCCGAAAATACAGACCCATATGTGGCAGTTTCATCCCATAATCATCAAGACAAGAAGG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000002294:ENSGALT00000003608:19
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.196 A=NA C2=0.773
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]