HsaINT0151633 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000115840 | SLC25A12
Description
solute carrier family 25 member 12 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:10982]
Coordinates
chr2:171855834-171868823:-
Coord C1 exon
chr2:171868681-171868823
Coord A exon
chr2:171855950-171868680
Coord C2 exon
chr2:171855834-171855949
Length
12731 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTAAGT
5' ss Score
10.24
3' ss Seq
CGTTTTATATTTTATTCCAGGTT
3' ss Score
9.58
Exon sequences
Seq C1 exon
TATGCCAGTACTGAGGTTGATGGAGAGCGTTATATGACCCCAGAAGACTTTGTTCAGCGCTATCTTGGACTGTATAATGATCCAAATAGTAACCCAAAGATCGTGCAGCTCTTGGCAGGAGTAGCTGATCAAACCAAGGATGG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTGATCTCCTATCAAGAGTTTTTGGCATTTGAATCTGTTTTATGTGCTCCAGATTCCATGTTCATAGTGGCTTTCCAGTTGTTTGACAAGAGTGGAAATGGAGAGGTGACATTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000115840:ENST00000422440:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.012 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134991=EF-hand_7=FE(68.1=100)
A:
NA
C2:
PF134991=EF-hand_7=PD(14.5=25.0),PF0003627=EF-hand_1=PU(65.5=47.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains