GgaINT0049666 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009545 | SLC25A12
Description
solute carrier family 25 (aspartate/glutamate carrier), member 12 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:10982]
Coordinates
chr7:17419032-17423964:+
Coord C1 exon
chr7:17419032-17419174
Coord A exon
chr7:17419175-17423848
Coord C2 exon
chr7:17423849-17423964
Length
4674 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTGAGA
5' ss Score
6.04
3' ss Seq
TTCTGTATTTCCCTTTGTAGGTT
3' ss Score
11.53
Exon sequences
Seq C1 exon
TATGCCAGTGTTGAGAAAGATGGAGAGCATTACATGACCCCAGAAGATTTTGTGCAGAAATACCTAGGACTTTATACAGATCCACGTTACAATCCTAAAACAGTACAGCTGTTGGCTGGAGTGGCAGATCAAACTAAAGATGG
Seq A exon
GTGAGAATTTTGTTTTCCATTAGAAGCCTGTAATGCATTGGTAAATGAGTGTTTCTTCAGTAATTTCATCTTCTAAAATGCATTATTGATTTTATTATTCTTCTTCAAGCTTAATTAGATAAGTTGTGTTTCTTTTTTTTTTCCTCAAGTGCAGTAGACTACACTAGTGGAACTTGAGGAAAAAGAGACAATGATTAATGGTGTAGTGTTCATTTTTAAAGGAGATTTGGCAATTGCTGCAAATGCAGAGGAAGATACACTGCAAATAAGTTTAATGCAGTGTGACTGCTTTGCAAAAGTTATTTTCTGTGTACTCACGTCCATGACTAGATACTGAGAGTCCTTAGTGCACACAATTAAACATGGAAATATGAAAAAGGAGTGCAATTCTTATCAATCAACTGAGGACTTTTTTTAGAGTTTGGCTATTAGGAAGGAGAGACACTAATGATATATGAAGCAAGAAGGTGTTTGCCTAATTCAGATGAGGTCACACCACATAAAGCTTTTCTGGCATTGCTTATAGGTGATATTACTTGCTTTTAGACTTCTTTCTGAAACTGACATATAAAATGTCCATTCCAGTGAGGTAGTACCCTCTAACCTATTTGTCTTCAAAGAAGAATTTTCTTTTGCTGTGTGCAAGCATAGGCAGTTTTAAAGCAAAGAGATAAGATGAATCAGAGAAGAGGTCAGAACTGCAGAAAGAAGTGGGTGCATTATAGAGAAGAGATAGAAAGTTGCTGGTAAAATAAAATGTGTAAATAGATGCAATTTATGTTCAGTTGAAAGTACCTTAGTTTCCTTGGTTCTATGAGTCTGAACCTGACCCTTGACATCACTAGAATGTTTCTGTTTTCCTATATTTTGTTTAAGAACATTTTATTAGTTTGCACAGCATCCTGAGCAACTTACACAATGTCTGTGCTTTACAAACAGAATTTTATACGCTGTATACATTTTGTAGTAAGTGATAAGCACAGAATCTCCTGTTTGATGTAATGTTACATGATAGCTTCCAAAAATAAAGTTGCAGCATTTTGATAATAAATGTAATATACATATACATATATATATATGTATACATGTTTGAGAAATCCAAATAACTTGTCTTACTGCTTGTAATACATGGCAGTACTTTGTTGTGTTGCTTCAGATTGAAAATGCACACTTTGAAAATGTTTCAGATTGAAAATGTACACATTTGTTGAAATAATAGTCTAACTGATGACTTAAAACCAACATGTTGAGTACCTTGTTTCTCTGAAAGCTGTTGATTGTCTTTTAGGGTGTACGTTTCTTCAGAAAACGTTATATAAAAGGACCTTTCTTACAGTAAGAAGTCAGTAATTTGTTTTATTGCTGCAACAGAACTCGACAATGAGACATCGTATTTTTTGTTGTTCTCTCTGTGAATATAAGCTTTTCCTAGGTTTTTTTTTTTGGTCTGGGTAATACTGGAAGTGAGGTAATCAGATATGGGTAAGTGTGCTCCGTCTACTTCTTTATGGAAACACTGGACATATACCTGTTGATTCTTGTCTGAAATGTATTCTCTTAAGTGTTTTAAACTGTATTTCTCTACTCATTAATTCATCTGAAGGGTGCTATACCCACATCATCACTGGTTTACTTATTTCTGCATTTGTATTATTCCTTTTATGGTTACCTGTAATGTGCCAAAATCCTGCATCATCAATACAGAGAATTTAATCTGTAGCATTAATAATTATTGTAGTCTTCCGCTGAATTCCAGTAATACTTTCAAAGAAGTATCACCAGTCTTATTCCATACAGACATTTGTAAATCAAAAGACAGCCCAAGGTCACGCAGCAAGTAATTGAGAAGCTTTGGTCCCGTTGTGAAATTTCATTCCTGCATCTGTTTTCAAAATCTGCCAGGCTTGCTTGACGAGGTCTAAATTAGAGTTGTCTGTTATCTGTTAAATGCAGTGGAATTTCACTGATGTTGCTATTAAGCGTTCCTGTATCACAGATTGCTGACACTACTTTTAAAATTAAGATTAGGGTACGTATCCTTTATCAATAATGTACTCATATATAAATATGTGTCAAAACCACCTTCTCAGTTACTTAAGTCCTAGCTGATACTGTAGATATCTGAGTTTTAAAATAAACATAATTCTTCTGCCTTCAAACCTGCAAAATTTCAGTAGTCTTTTCAGATTCTACATTTTAATTGCCTGTTTCTGGCTACTCTGCCTATCAGCACATTGTTCTTAGAGTTTGAAAGTGTATTCTTCAGTGAACTCCTGAAGAAAGAGCCCATGTTTCACTTAGTGGACAGTCACAGCAAGGATATATGTTATGTCCAAAAGCTTTGCTGTGTGGGTAAAGAGCAAAAAGTTGTAGTAGGAAACAAGGAAAGACAGAATAATTGTAAACATGTGGCTTACTTGGTGTAGTTTTGAAAAGTGACAGTACAGAAGAAATAGTAGGAATGGAATTTTTAGAAAGTGTTACCAATGAAATGAGAGGTGAGTGATTTGATACTGTTATGGACTCTTTAATACAGCGGGTTCACGGAATGATGCTTGAATAGTGTTTGGATGGGAAGCTCCTTTGTTCCATTTAATCTACCTCTTGTTATTTCCACCCTGATAATGGTGGATTGCTAGAAATATTCCTGCTTTTAGTTGTTGAATATGTAGAAAGGAAGTTGAATGTGTCTATCTCCTTTTGCTGTAGGCACTGTTAAAGGGAGCCCTCTGGAGAATTATTTCTTTCAGGTTCAGGCTTCTACAGGAATGAGTTCTACAGGGATCATCACTTGATTTTTGTCTGTTACAAACCTTCCTTGTTAGGAATTAACGTTAGATTTGTGCTTGTATGTGAAATGTGTTTGGAAATAAGAATGTTTCTGATTATTTTGAAGAATATTCAATTTCTTTGATACTAGACCTTTATCTATTAGGCTCATCCTTTGCCTGAAGTTGACTTTGCACGAAGTTGACTTTGCATCTGGAGAACCATTGTCTCATCTTTGATTTTATGGATAATGTATGAGAAATTAATAACATAATTCTATATTTCCATGTCTTAATTCCTTCCAAAGTCTCATTTTTTTCTGTATTTTCTGTATATCGCATATATGCATGTATGTTAAAATACATGATCTTGTTTAAAGTATCTCAACTCTACTTTGCTTATACTTGGACAGGGAAAGACTATGTAAACTAATGAATGGTTTGATTTTTTCCCCCAAGAGGATTTTATACATGTGTTTAAGAATAAGCGATCTATGTATGAAGTAGTAATTACGAGCTAATGATTTTCTATGAAAATTACTAAATGTACTAACAAATCTACTAAAGAGTTCATTTCATAAATTCAAATCAATTATGTACGTTTAATGAAATGTACCATCTACAGAGATATCTACTTCTTTTAACAGCATCTAATGAAGTAGTAAATTTTTATTTAATTTAAAAAATGTTGAAAATTCTTATTCCCACTGATAATTTATTCCATGTTAAAATAGATATGCCATCACTTATGTCTATATTCAGGAGCCTGAAACTGAGTGGAAAATTCTCATCAATCTAGCTGTTGTTTTTAAAACCTAGGGATTTTGCTTGCACTATTTTGAAAAGCCATGGTATATGCCCACACTACATATCCTTATGGATACACAGTGCAGTTTTGTTCTTTTGTGCCAACAGGATCATTTATCTTCTGACTTGAGGCTTGTCTTGCTGTACTTTTCTTATATAGGATCCCATCTATTTTTTTTCTACTTGTCACAATAAACTGAGTTTCTCTAGAGAAATTCTTTTTGATTGTCATATTATCTGTGCATCCATTCAAGTCTGAGTTTGTATGTGTTGAAAATGAGGACTTTGGTTTGTATGCAGCGTTCCAGAGATGTCGTGAGAGCCCTGTCTGGTGATACTGCTGCTTCCTCATCTCGACTAAAAACAGGTCTCCTGATGCATCCTGAGTTGCATTTTTCTGTATGGTGAATGTCTCACATACACAGCTCATTGTCTTGTGATGAAATGTTACACTCAAATCCTTAGCTTCCTTGGTCATGTCTTAACTGTCTGAACATTCTTTCTGTTTCTTTCTTTCTTGTTATTTCTTTGCTTTATATGACCTCGAACTTCATGTAATATTTGAGGTGTAATTTTTTTTTTAATATATGCATAGTCAAGTATAACTTTATTATGAATATGTTGTTTTAAGAGTGTATGCATATTGTACAGTATCTTCCTATACTTACATTAAATGCTTTTCTTTCTCATGAGAAATATAAAAATTAGTGATATAATGACAGACCTTTGAATTTCATGCTGATAGAACTTTTGTGGATTTTTTTATATATCAGTTTTTAAGTGCTGTCTGCTTAAATTTATACTTATGAGTTAGTGAATAGTAGGTACTCACTAAGAATTGATTATATTTTGTTATTGATGGATATGAAGAATTCCAGTCCTTTTCTGGTACAAGAAAGTGAGCCACGTAAAGCTTAAGTAACTATTCAAATATAACAGACACCTCTTTCAATTTCTAGTGTAGAGTCTTAACTTTTGAGTATTAGAATTTAATTTTAATAATTGCATCAGAACATTTTTAGAGCATCAAACACAAAATGTCATTGATACTGTGTATAATCTATTGAAATCTTTATAACTTCTGTATTTCCCTTTGTAG
Seq C2 exon
GTTGATTTCCTTTCAAGAATTTTTGGCATTTGAATCTGTTTTGTGTACTCCAGATGCAATATTCATTGTTGCTTTTCAGTTATTTGACAAGAGTGGCAATGGAGAAGTAACATTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009545:ENSGALT00000015535:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.047 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF138331=EF-hand_8=PU(78.4=83.3)
A:
NA
C2:
PF138331=EF-hand_8=PD(19.6=25.0),PF0003627=EF-hand_1=PU(65.5=47.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]