MmuINT0145463 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000027010 | Slc25a12
Description
solute carrier family 25 (mitochondrial carrier, Aralar), member 12 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1926080]
Coordinates
chr2:71333605-71344032:-
Coord C1 exon
chr2:71343890-71344032
Coord A exon
chr2:71333721-71343889
Coord C2 exon
chr2:71333605-71333720
Length
10169 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTAAGG
5' ss Score
9.08
3' ss Seq
CATTTTATATTTCGTTCCAGGTT
3' ss Score
9.9
Exon sequences
Seq C1 exon
TATGCCAGCACTGAGGTGGACGGGGAGCATTACATGACTCCAGAAGACTTCGTTCAACGCTATCTTGGCCTGTACAACGATCCAAACAGCAACCCAAAGATTGTGCAGCTCTTGGCAGGAGTAGCTGATCAAACCAAGGATGG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTGATCTCCTATCAAGAGTTTTTGGCATTTGAATCTGTTCTATGTGCTCCAGATTCCATGTTCATAGTGGCTTTCCAACTGTTTGACAAGAGCGGAAATGGAGAGGTGACATTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000027010:ENSMUST00000151937:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.014 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134991=EF-hand_7=FE(68.1=100)
A:
NA
C2:
PF134991=EF-hand_7=PD(14.5=25.0),PF0003627=EF-hand_1=PU(65.5=47.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types