GgaINT0049666 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009545 | F1P3D8_CHICK
Description
NA
Coordinates
chr7:19341556-19346488:+
Coord C1 exon
chr7:19341556-19341698
Coord A exon
chr7:19341699-19346372
Coord C2 exon
chr7:19346373-19346488
Length
4674 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTGAGA
5' ss Score
6.04
3' ss Seq
TTCTGTATTTCCCTTTGTAGGTT
3' ss Score
11.53
Exon sequences
Seq C1 exon
TATGCCAGTGTTGAGAAAGATGGAGAGCATTACATGACCCCAGAAGATTTTGTGCAGAAATACCTAGGACTTTATACAGATCCACGTTACAATCCTAAAACAGTACAGCTGTTGGCTGGAGTGGCAGATCAAACTAAAGATGG
Seq A exon
GTGAGAATTTTGTTTTCCATTAGAAGCCTGTAATGCATTGGTAAATGAGTGTTTCTTCAGTAATTTCATCTTCTAAAATGCATTATTGATTTTATTATTCTTCTTCAAGCTTAATTAGATAAGTTGTGTTTCTTTTTTTTTTCCTCAAGTGCAGTAGACTACACTAGTGGAACTTGAGGAAAAAGAGACAATGATTAATGGTGTAGTGTTCATTTTTAAAGGAGATTTGGCAATTGCTGCAAATGCAGAGGAAGATACACTGCAAATAAGTTTAATGCAGTGTGACTGCTTTGCAAAAGTTATTTTCTGTGTACTCACGTCCATGACTAGATACTGAGAGTCCTTAGTGCACACAATTAAACATGGAAATATGAAAAAGGAGTGCAATTCTTATCAATCAACTGAGGACTTTTTTTAGAGTTTGGCTATTAGGAAGGAGAGACACTAATGATATATGAAGCAAGAAGGTGTTTGCCTAATCCAGATGAGGTCACACCACATAAAGCTTTTCTGGCATTGCTTATAGGTGATATTACTTGCTTTTAGACTTCTTTCTGAAACTGACATATAAAATGTCCATTCCAGTGAGGTAGTACCCTCTAACCTATTTGTCTTCAAAGAAGAATTTTCTTTTGCTGTGTGCAAGCATAGGCAGTTTTAAAGCAAAGAGATAAGATGAATCAGAGAAGAGGTCAGAACTGCAGAAAGAAGTGGGTGCATTATAGAGAAGAGATAGAAAGTTGCTGGTAAAATAAAATGTGTAAATAGATGCAATTTATGTTCAGTTGAAAGTACCTTAGTTTCCTTGGTTCTATGAGTCTGAACCTGACCCTTGACATCACTAGAATGTTTCTGTTTTCCTATATTTTGTTTAAGAACATTTTATTAGTTTGCACAGCATCCTGAGCAACTTACACAATGTCTGTGCTTTACAAACAGAATTTTATACGCTGTATACATTTTGTAGTAAGTGATAAGCACAGAATCTCCAGTTTGATGTAATGTTACATGATAGCTTCCAAAAATAAAGTTGCAGCATTTTGATAATAAATGTAATATACATATACATATATATATATGTATACATGTTTGAGAAATCCAAATAACTTGTCTTACTGCTTGTAATACATGGCAGTAGTTTGTTGTGTTGCTTCAGATTGAAAATGCACACTTTGAAAATGTTTCAGATTGAAAATGTACACATTTGTTGAAATAATAGTCTAACTGATGACTTAAAACCAACATGTTGAGTACCTTGTTTCTCTGAAAGCTGTTGATTGTCTTTTAGGGTGTACGTTTCTTCAGAAAACGTTATATAAAAGGACCTTTCTTACAGTAAGAAGTCAGTAATTTGTTTTATTGCTACAACAGAACTCGACAATGAGACATCGTATTTTTTGTTGTTCTCTCTGTGAATATAAGCTTTTCCTAGGTTTTTTTTTTTGGTCTGGGTAATACTGGAAGTGAGGTAATCAGATATGGGTAAGTGTGCTCCGTCTACTTCTTTATGGAAACACTGGACATATACCTGTTGATTCTTGTCTGAAATGTATTCTCTTAAGTGTTTTAAACTGTATTTCTCTACTCATTAATTCATCTGAAGGGTGCTATACCCACATCATCACTGGTTTACTTATTTCTGCATTTGTATTATTCCTTTTATGGTTACCTGTAATGTGCCAAAATCCTGCATCATCAATACAGAGAATTTAATCTGTAGCATTAATAATTATTGTAGTCTTCCGCTGAATTCCAGTAATACTTCCAAAGAAGTATCACCAGTCTTATTCCATACAGACATTTGTAAATCAAAAGACAGCCCAAGGTCACGCAGCAAGTAATTGAGAAGCTTTGGTCCCGTTGTGAAATTTCATTCCTGCATCTGTTTTCAAAATCTGCCAGGCTTGCTTGACGAGGTCTAAATTAGAGTTGTCTGTTATCTGTTAAATGCAGTGGAATTTCACTGATGTTGCTATTAAGTGTTCCTGTATCACAGATTGCTGACACTACTTTTAAAATTAAGATTAGGGTACGTATCCTTTATCAATAATGTACTCATATATAAATATGTGTCAAAACCACCTTCTCAGTTACTTAAGTCCTAGCTGATACTGTAGATATCCGAGTTTTAAAATAAACATAATTCTTCTGCCTTCAAACCTGCAAAATTTCAGTAGTCTTTTCAGATTCTACATTTTAATTGCCTGTTTCTGGCTACTCTGCCTATCAGCACATTGTTCTTAGAGTTTGAAAGTGTATTCTTCAGTGAACTCCTGAAGAAAGAGCCCATGTTTCACTTAGTGGACAGTCACAGCAAGGATATATGTTATGTCCAAAAGCTTTGCTGTGTGGGTAAAGAGCAAAAAGTTGTAGTAGGAAACAAGGAAAGACAGAATAATTGTAAACATGTGGCTTACTTGGTGTAGTTTTGAAAAGTGACAGTACAGAAGAAATAGTAGGAATGGAATTTTTAGAAAGTGTTACCAATGAAATGAGAGGTGAGTGATTTGATACTGTTATGGACTCTTTAATACAGCGGGTTCACGGAATGATGCTTGAATAGTGTTTGGATGGGAAGCTCCTTTGTTCCATTTAATCTACCTCTTGTTATTTCCACCCTGATAATGGTGGATTGCTAGAAATATTCCTGCTTTTAGTTGTTGAATATGTAGAAAGGAAGTTGAATGTGTCTATCTCCTTTTGCTGTAGGCACTGTTAAAGGGAGCCCTCTGGAGAATTATTTCTTTCAGGTTCAGGCTTCTACAGGAATGAGTTCTACAGGGATCATCACTTGATTTTTGTCTGTTACAAACCTTCCTTGTTAGGAATTAACGTTAGATTTGTGCTTGTATGTGAAATGTGTTTGGAAATAAGAATGTTTCTGATTATTTTGAAGAATATTCAATTTCTTTGATACTAGACCTTTATCTATTAGGCTCATCCTTTGCCTGAAGTTGACTTTGCACGAAGTTGACTTTGCATCTGGAGAACCATTGTCTCATCTTTGATTTTATGGATAATGTATGAGAAATTAATAACATAATTCTATATTTCCATGTCTTAATTCCTTCCAAAGTCTCATTTTTTTCTGTATTTTCTGTATATCGCATATATGCATGTATGTTAAAATACATGATCTTGTTTAAAGTATCTCAACTCTACTTTGCTTATACTTGGACAGGGAAAGACTATGTAAACTAATGAATGGTTTGATTTTTTCCCCCAAGAGGATTTTATACATGTGTTTAAGAATAAGCGATCTATGTATGAAGTAGTAATTACGAGCTAATGATTTTCTATGAAAATTACTAAATGTACTAACAAATCTACTAAAGAGTTCATTTCATAAATTCAAATCAATTATGTACGTTTAATGAAATGTACCATCTACAGAGATATCTACTTCTTTTAACAGCATCTAATGAAGTAGTAAATTTTTATTTAATTTAAAAAATGTTGAAAATTCTTATTCCCACTGATAATTTATTCCATGTTAAAATAGATATGCCATCACTTATGTCTATATTCAGGAGCCTGAAACTGAGTGGAAAATTCTCATCAATCTAGCTGTTGTTTTTAAAACCTAGGGATTTTGCTTGCACTATTTTGAAAAGCCATGGTATATGCCCACACTACATATCCTTATGGATACACAGTGCAGTTTTGTTCTTTTGTGCCAACAGGATCATTTATCTTCTGACTTGAGGCTTGTCTTGCTGTACTTTTCTTATATAGGATCCCATCTATTTTTTTTCTACTTGTCACAATAAACTGAGTTTCTCTAGAGAAATTCTTTTTGATTGTCATATTATCTGTGCATCCATTCAAGTCTGAGTTTGTATGTGTTGAAAATGAGGACTTTGGTTTGTATGCAGCGTTCCAGAGATGTCGTGAGAGCCCTGTCTGGTGATACTGCTGCTTCCTCATCTCGACTAAAAACAGGTCTCCTGATGCATCCTGAGTTGCATTTTTCTGTATGGTGAATGTCTCACATACACAGCTCATTGTCTTGTGATGAAATGTTACACTCAAATCCTTAGCTTCCTTGGTCATGTCTTAACTGTCTGAACATTCTTTCTGTTTCTTTCTTTCTTGTTATTTCTTTGCTTTATATGACCTCGAACTTCATGTAATATTTGAGGTGTAATTTTTTTTTTAATATATGCATAGTCAAGTATAACTTTATTATGAATATGTTGTTTTAAGAGTGTATGCATATTGTACAGTATCTTCCTATACTTACATTAAATGCTTTTCTTTCTCATGAGAAATATAAAAATTAGTGATATAATGACAGACCTTTGAATTTCATGCTGATAGAACTTTTGTGGATTTTTTTATATATCAGTTTTTAAGTGCTGTCTGCTTAAATTTATACTTATGAGTTAGTGAATAGTAGGTACTCACTAAGAATTGATTATATTTTGTTATTGATGGATATGAAGAATTCCAGTCCTTTTCTGGTACAAGAAAGTGAGCCACGTAAAGCTTAAGTAACTATTCAAATATAACAGACACCTCTTTCAATTTCTAGTGTAGAGTCTTAACTTTTGAGTATTAGAATTTAATTTTAATAATTGCATCAGAACATTTTTAGAGCATCAAACACAAAATGTCATTGATACTGTGTATAATCTATTGAAATCTTTATAACTTCTGTATTTCCCTTTGTAG
Seq C2 exon
GTTGATTTCCTTTCAAGAATTTTTGGCATTTGAATCTGTTTTGTGTACTCCAGATGCAATATTCATTGTTGCTTTTCAGTTATTTGACAAGAGTGGCAATGGAGAAGTAACATTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009545:ENSGALT00000015535:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.115 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF138331=EF-hand_8=PU(78.4=83.3)
A:
NA
C2:
PF138331=EF-hand_8=PD(19.6=25.0),PF134991=EF-hand_7=PU(24.3=62.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]