RnoINT0136802 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000022922 | Slc25a12
Description
solute carrier family 25 member 12 [Source:RGD Symbol;Acc:1305181]
Coordinates
chr3:57946208-57957346:-
Coord C1 exon
chr3:57957201-57957346
Coord A exon
chr3:57946324-57957200
Coord C2 exon
chr3:57946208-57946323
Length
10877 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTAAGG
5' ss Score
9.08
3' ss Seq
CATTTTATATTTCGTTCCAGGTT
3' ss Score
9.9
Exon sequences
Seq C1 exon
CAGTATGCCAGCACCGAGGTGGACGGAGAGCATTACATGACTCCGGAAGACTTCGTTCAACGCTACCTTGGCCTGTACAATGATCCGAACAGCAACCCAAAGATCGTGCAGCTCTTGGCAGGAGTAGCTGATCAAACCAAGGATGG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTGATCTCCTATCAAGAGTTTTTGGCATTTGAATCTGTTCTATGTGCTCCAGATTCCATGTTCATAGTGGCTTTCCAACTGTTTGACAAGAGTGGAAATGGAGAGGTGACATTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000022922:ENSRNOT00000036728:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.031 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134991=EF-hand_7=PU(79.6=87.8)
A:
NA
C2:
PF134991=EF-hand_7=PD(18.5=25.0),PF0003627=EF-hand_1=PU(65.5=47.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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INCLUSION PATTERN[edit]