HsaINT0151754 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000148339 | SLC25A25
Description
solute carrier family 25 (mitochondrial carrier; phosphate carrier), member 25 [Source:HGNC Symbol;Acc:20663]
Coordinates
chr9:130830479-130863501:+
Coord C1 exon
chr9:130830479-130830859
Coord A exon
chr9:130830860-130863374
Coord C2 exon
chr9:130863375-130863501
Length
32515 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGC
5' ss Score
9.88
3' ss Seq
ATGTTACCTTTCTTTTCTAGAAA
3' ss Score
10.5
Exon sequences
Seq C1 exon
TTGCCGGCGTCTCCGAGCCCGCGCTCCCAGCTGCAGAGCGCCTGGCTTGCCTCCCGCGCGGTCACCGCCGGCCCGCCGCCCCCGCTCCCGCCCGCGCCCGGAGCCCCTGCCTCGCGCCCGATGGTGAGCAGTGTGTTGTGCCGCTGTGTGGCCTCCCCGCCGCCGGACGCCGCCGCCACCGCCGCCTCTTCGTCTGCCTCATCGCCGGCGTCCGTGGGGGACCCCTGCGGCGGCGCTATCTGCGGGGGCCCGGACCACCGGCTGCGCCTGTGGAGACTCTTTCAGACGCTCGACGTCAACCGGGACGGCGGCCTGTGTGTCAACGACCTGGCGGTGGGGCTGCGGCGCCTGGGACTGCACCGCACCGAGGGCGAGCTCCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.115 A=NA C2=0.019
Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
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Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)