DreINT0150007 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000035468 | slc25a25b
Description
solute carrier family 25 (mitochondrial carrier; phosphate carrier), member 25b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060526-340]
Coordinates
chr5:31179758-31193497:+
Coord C1 exon
chr5:31179758-31180081
Coord A exon
chr5:31180082-31193370
Coord C2 exon
chr5:31193371-31193497
Length
13289 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTGAGC
5' ss Score
8.27
3' ss Seq
TTTTTCACTATGTGTTTTAGAAA
3' ss Score
8.17
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AAAGTCGTCAAGGCTGGAGACAAAGACCTGGATGGTCAGTTGGACTTTGAGGAGTTTGTGCACTACCTGAGGGACCACGAAAAGAAACTCAGGCTGGTCTTCAAGAGTCTTGATAAAAAGAACGATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000035468:ENSDART00000098163:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.241 A=NA C2=0.008
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134991=EF-hand_7=PU(62.5=37.0)
A:
NA
C2:
PF0003627=EF-hand_1=PD(92.6=58.1),PF134991=EF-hand_7=PU(29.9=46.5),PF118483=DUF3368=PU(15.8=14.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]