MmuINT0145582 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026819 | Slc25a25
Description
solute carrier family 25 (mitochondrial carrier, phosphate carrier), member 25 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1915913]
Coordinates
chr2:32421473-32451445:-
Coord C1 exon
chr2:32451067-32451445
Coord A exon
chr2:32421600-32451066
Coord C2 exon
chr2:32421473-32421599
Length
29467 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTAAGT
5' ss Score
10.75
3' ss Seq
TCCTTATTTTGGTTCTCTAGAAA
3' ss Score
8.31
Exon sequences
Seq C1 exon
TCCAGTCGGCCGGCTTCTCGGAGCCCGCGCTCGCTGTCTGAGGAAAGCCGGCGTGCTTCCGCGCTCGGGTCGCTCTCCTGCCGCCTTCAGCCCGGCGTCCGGCGCCCCCGCCTCGCGCCCGATGGTGAGCAGTGTGTTGTGCCGCTGCGTGGCCTCCCCGCCGCCGGACGCCGCCGCCACCGCCTCGTCGTCCGCCTCGTCGCCGGCTTCTGTAGGGGACCCGTGCGGCGGCGCCGTCTGTGGCGGCCCGGACCACCAGCTACGCCTGTGGAGCCTCTTCCAGACACTCGACGTCAACCGCGACGGCGGCCTGTGTGTCAACGACCTGGCGGTGGGGCTGCGGCGCCTGGGACTGCACCGCACGGAGGGCGAGCTCCGG
Seq A exon
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Seq C2 exon
AAAATTGTGCAAGCAGGTGACAAGGACCTTGATGGGCAACTGGACTTTGAAGAGTTTGTACATTACCTCCAAGATCATGAGAAAAAACTGAGGCTGGTGTTCAAGAGTCTGGACAAAAAGAATGATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000026819:ENSMUST00000113310:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.140 A=NA C2=0.013
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134991=EF-hand_7=PU(63.1=47.7)
A:
NA
C2:
PF0003627=EF-hand_1=PD(92.6=58.1),PF134991=EF-hand_7=PU(24.1=44.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types