HsaINT0153499 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000050438 | SLC4A8
Description
solute carrier family 4 member 8 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11034]
Coordinates
chr12:51505835-51515763:+
Coord C1 exon
chr12:51505835-51505930
Coord A exon
chr12:51505931-51507425
Coord C2 exon
chr12:51507426-51515763
Length
1495 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAAG
5' ss Score
8.27
3' ss Seq
ATTGTAACACTTTTATTCAGTCT
3' ss Score
2.6
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGTGACCCCTCTGAGATTAATATATCTGATGAAATGCCTAAAACTACAGTTTGGAAAGCTCTCAGTATGAATTCTGGAAATGCAAAGGAAAAGAG
Seq A exon
GTAAAGAGAACTGTAACATCTGGTTTTTATTTATTTCTGGCTTTTGACAATGGCGATATTGAAGGTAAAATGTGTTTTAGTTGTAAAATGGAATTTGTGTAATAAATAGCACTTCCAGGAACTGCCGCTAACCACATAAGAATAGCTATAAGCCTTAAAAAAGTAAAAATGTTTTCTAAATATTTGGTCAGGGTGTTTTAAGCAGCCCGTTTACACAGGTCCAAGGTCAGGAAGGGATTATTTTGGCATATAAATTTGCTTTGCCTGTTTATTTCCTTTAATCCTCTTTCTAGTTCTCATTTCAGAATCTGAAGGGCATGTCTCTGGTTACTGCAACCACACAAAGTAGGAAATTGCTAAAATATTCAGATAGTGTTGATAGTACTGATACATTCTTTAACCTATTTCACTTGTTACATAATGAGAACTAACAACAAGTAAAGATTTTTGAAATATTAAATTGTAACTGGTTTTTTTTTTCTTTCTTTCTTTTTCTTTTCCTTTTTTTCTTTTTTTGTTTTTTTGAGACGGTCAGTCTCTGTCTCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCACAATCTCAGCTCACTGTAATCTCTGCCATCCGGGCTCAAGCAATCCTTCTGCCTCAGCCTTCCAAGTAGCTGGGAGTACAGGTGCATGCCACCCCTGCCAGATAACTTTTGCATTTTTATAGAGATGAGGATTTACTGTGTTGCCCAGGCTGGTCTGGAACTCCTGGACTCAAGGGATCCTCCTACCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGGGCCACTGCACCCGGCCGTAACTGTTTTTCTGTTTTGAAACCAAATACCGTATATCATTTACTAATAGCATAGATCAACCTTAATCAGGTTAATGAAGAAAATGGAAGAACTTGAGGCATTTTTGCCTGCATTGAGGTAGGCTATATGCCAAAATTTCTTGAATAATTTAGTCCAAATACCATTTAAATATAAGTAAATAACTGAAGACAAAATCTGAGGCCTTCCTAAAGTCAACTTTTCTAGTTAAAAAAAAAAAGCTAGGAATTAGGAGACCTAGTCCTTCGATTAATTCCTTGTATAACTTGGCAGACCACTGTTTCTGGTGTTCAGTTTACTCAGCAGGAAAATGGAGATAATAATAACTAACTGCCCCACTCCTGAGGCTGCTCCAAGGAGAAACTGAAGTGCTCTGAAAAGTCACAGCCACCAGTGGGTGGTAGTGGTGATTTATGTCTTCATCGAATGGGTTAAAATGAATCTCTGCTGAATGTGAGTGAAATATAGAATCTTGTTTCCTTCGGAGGAAAATCCAGGCAGCTGTCGAAATGTATAACGCACATGGTTATTTTTAGTTGAGAACTAGTCTACTTGTAAATGAACTTAAAATATAGCCAGATCCAAATTGTGGTGACATCTTCAAAGTATTGTGTTAAAAGGAGGAATGAATCATATGTTCCCTTTTTGTCTAATTGTAACACTTTTATTCAG
Seq C2 exon
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TCAAACAATAGCCAGCCTCATTTCTGCTTCATCTCTGTGGTAGGAACCATTCCCTACTCTTACTCCCTCCTCTTGTCCAACTTCCACCAAACACTCAATCCGAGTCCTGGCTGCTTTCTTGCTTAGGTCTGTGGCTGGTCACTGTGGTGAAAGAGTCAAGGTGGGCAGTGTTTGGGGTAGGAAATGAGTAGTGGTGAAGCAGCAGCAGTGTGTGTGTGGGTGTGGGTGTGTGTGCATGCGTGTGCATTTGCATGTGTGTATGTTGACAAATGAGAGTGTAGCCATAAGATTTCATTGTTACTACTAGTCTTTGTGTACCTATCTGGAGGGACATTAAAAAAATATGGCCATTCTCCCATCTAGGGGGTTCCCATCTCAGACTTCTCTGATAAGAGTAATTTGAGAACAAATACAGATTCATCTATGGGAAAAGATGTTTAAACTCAGCATGAAGGAGAAACAAATTTAGGAGTGGAAAGCAAGGCAGGTAGTTAGGTGATTTCCATGACCACATTTGCTTGGGCCAGGGAAGTGGTGCACCTCTTTTATAACAATGGGAGATTTCAGAAACAGTTTGAGTGTTGGCAGACCAATGCCCTGATAAGCTTGTGGTATAGAGGTAGGAAGGGAGGGAGGCCAGAGATTAGATAAAATGATGGTGGGTGGGATCTTAGCTCTAAATGAAAAGAACTGGACTTACTAAGTGGGTGGATTACTTGCTAGCCATAACTTTTAGGGAAGGGTAGGTCTGGAGAGAAGGTGAAGACCAGCAGAAATATACTGTGAAATTGCCAAATATGTTTGGTTGCAGAAAACACAGCCTGGCTCTTTGTGGCTAGATGTGACTTCCAACTTCTGAAGACAGGATTGCCAAGAGATGTGATCTTTCCACATACAGCTCCTGTCCCCATCTCTTTATGTGTAGAGACCTGGATTTGGGGTAGTGGGGTAGTAAACCATATATTTCCAAAAGATGGTGTGAAGAGTCGTTTCTCTTCGTCTGGGATGTGATTGGCTTTTGTTTTTTGTTTTTTGTTTTTGAGACGGAGTCTCGCTCTGTCGCTTTGTCACCAGGCTGGAGTGCAATGGCACAATCTCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCTGGCTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTATAGGCGCGCACCACCATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGATTTCACCATGTTGGCCAGGATGGTCTTGATCTCTTGACCTCATGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCTTGAGCTACTGCGCCCGGCCAGTGATTGGCTTTTAAATTAATCACAAATGTTTGATAAAATTCTGGTATGTGCTAAGTCCCAGGCTTGGTTGATATCTCAGACTATGATAGCTGTGACCTTCAAGAAATTTCTGGCTTGGGGAATCTGTAGTTTCTGGTTGTCCAAAAAAGATAGTTCTTAGTCCTACTTTATTTTCTACCCACTCAACTCTCCAGACTTCCCTCTTAGTAAAGGAATTCATAATTCTCCCTGCATCTTCTCTGTTTATTTCAATGTCCATGTTCTGAGTCTCAAGTTTTCCTGAAGCACAGGAGCAGGCTTGGCCCCAGAGCCCCTGGCTTTTTCAACGAGCATCAGAAATGCTATCAATATATTCTCTCTGTTGCTTTATCAGCTTCTCTAAATTTATTTTGTAAGGAAGTTAGCACCTCCTTCCAGGACTTTAAACAGTTGTCTTTGCCAATTTGTTCCTGGATTTTCCTTGAACTTCTCAGGTTTCCAAGCCACATCCTAGCAGGGCATCCAGGAGCCTTGCACTGAACCTCTCAGCTCTTTTGACTTTCTTCTGGTCATAGGTGTTGGGCCTCCCATTAGGTAGAAGTCCTTTGAGCAGACCCGAAATGGCCAAATGAGACATCATCCAAGTTCCTCCCTCCTTTACTGTCTCGGCTTTTTCAAGCACCCCTTTCACCTCTCTTTTCTGCCTTTTCCTCAGTCTGTCAAGTTCTTTGGAGGAAAGAAGTTCTTGGTCAGAGGTCCTAAAACCACCACCAGCTGGGGGTGCTGAGAATGGTGAGGAGTTGGACAGTCCCGGGGCTTTTTTGAAAGGGGACTTTATGGTCATTTCCCCTGTTTAGGGTGAGGGACTAAGAATTCTCAAGCCTTCAGTTTCATCCATATTTCAATGTAAGCAGAAAAGCACATCTCAAAGCCAAATAGAAATGATTTTCTACTAAGCCTATCCTTTGTGATTCTTGGTTCCCTTGGTCTCTTAATATTAATTATAGAGAATGGGCAGTTGAGTCAGTTAACATCTTTTCATCAGAAAGGAGGGTAATATTCATAACCAAAAGAGATGTAAAGGAAGTATATTACTGCTTGAAGTGTGAAAAGAGGAAAGGAGTGTTATGTGAACCTTTTCAGTAGGGAAATTCAGAAAATGGAATGATTCATCCATAGGCATAATTCTTTTAGGAGATTCTGTGCTCAAAGGGAAGGGAATGGTTTCTGATCCTTCTGAAGAGAAAAGGAATAGCATTTTTCTTAAACCTAACCCAGTTTCAGCATTGGAGAATACAGAACTTTTTCTTCTAGCTGATGGCATTAATATTTCTTGAGAGAGAGAACTCACCCATGGCACTTTTCTGAGCCCAGCAGAAATCAGCGGAGCTTGGGCTTCGCTTAGCAGGTTTGCAATTGACTTCAACATGCAGGCTTTTCACATGTGCAATAATGCTGGAAACAGAAGCACCAAACTGATTGTGCAATTACTCCTTTTGTAGAAGAGGCCAAAATCCTCCTCCTCCTTCCTTTCTCCTATATTCACTCCTCCAGGATCATAAAGCCTCCCTCTTGTTTATCTGTGTCTGTCTGTCTGATTGGTTAGATTTGGCTGCCCTTCCAAGCTAATGGTGTCAGGTGGAGAACAGAGCAACCTTCCCTCGGAAGGAGACAATTCGAGGTGCTGGTACATTTCCCTTGTTTTCTATGTTCTTCTTTCTAGTGGGTCTCATGTAGAGATAGAGATATTTTTTTGTTTTAGAGATTCCAAAGTATATATTTTTAGTGTAAGAAATGTACCCTCTCCACACTCCATGATGTAAATAGAACCAGGAATAAATGTGTCATTGTGATAATCCCATAGCAATTTATGGTAAGAACAAGACCCCTTTCCCTCACCACCGAGTCTCGTGGTCTGTGTCTGTGAACCAGGGCAGGTAATTGTGACACTGCATCTCATAGAACTCTGCCTGCCCAGATTTTTGTGTGCTCACCTCAATGGGTGAAAAATAAAGTCTGTGTAAACTGTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000050438:ENST00000453097:24
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.129 A=NA C2=0.750
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
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(bosTau6)
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Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
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F:
ACAGTTTGGAAAGCTCTCAGT
R:
GTCTTCAATGGTGGCCGTTCT
Band lengths:
355-1850
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INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains