HsaINT0155883 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000162804 | SNED1
Description
sushi, nidogen and EGF like domains 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:24696]
Coordinates
chr2:240998838-241030571:+
Coord C1 exon
chr2:240998838-240999050
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr2:241030284-241030571
Length
31233 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TACGTGAGT
5' ss Score
7.77
3' ss Seq
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3' ss Score
10.21
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGAACAACAACGGGATCATCTCCTTCCTGAAGGAGGTTTCTCAGTTCACCCCAGTGGCCTTCCCCATTGCCAAGGACCGCTGCGTGGTGGCAGCCTTCTGGGCAGATGTGGACAACCGGCGTGCAGGCGACGTGTACTACCGGGAGGCCACCGACCCAGCCATGCTGCGCCGAGCCACGGAGGACGTCAGGCACTACTTCCCCGAGCTCCTGGACTTCAATGCCACCTGGGTTTTTGTTGCCACCTGGTACCGAGTGACCTTCTTTGGAGGCAGTTCCTCATCCCCT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000162804:ENST00000310397:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.090 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains