HsaINT0163977 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000108239 | TBC1D12
Description
TBC1 domain family, member 12 [Source:HGNC Symbol;Acc:29082]
Coordinates
chr10:96290959-96296089:+
Coord C1 exon
chr10:96290959-96291217
Coord A exon
chr10:96291218-96292784
Coord C2 exon
chr10:96292785-96296089
Length
1567 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGAG
5' ss Score
7.1
3' ss Seq
TTATTTTATATAATTTTCAGGTC
3' ss Score
9.78
Exon sequences
Seq C1 exon
GATCTTCACACTATATAGCAAATCACTACCACTTGATCTGGCCTGTCGAGTCTGGGATGTATTTTGCAGAGATGGGGAAGAATTTTTATTTAGGACTGGATTAGGAATCCTCCGATTATATGAAGATATTCTCCTGCAGATGGACTTTATTCATATAGCACAGTTTCTAACTAAATTGCCAGAAGATATCACATCGGAAAAGCTGTTCAGTTGTATTGCAGCCATTCAGATGCAGAATAGCACCAAAAAATGGACTCAG
Seq A exon
GTAGAGTGACATTTTCTTATCTTTAATAGATGTGTTAAAGCAGTTGACTTATTGTAAAAAAGTTAGGTATTTCTTAAAAGTTAGTACTTAAAAATATGTCTTTTAAAAATAATTTTTGACTTCTAAGAAGCAAGAGTTTAAATCAAATTGCCCACTTTGCAGCTATCCAAACATAGGGCTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATGTTATTTTATGTTATGTTATTTTATGTTATTTTATGTTATTTTATGTTATGTTATTTTATGTTATTTTATTTTATTTTATTTTATGTTATTTTATTTTATGTTATTTTATTTTATGTTATTTTATTTTATGTTATTTTATTTTATGTTATTTTATTTTATGTTATTTTATTTTATATGTTATGTTATGTTATGTTATGTTATGTTATGTTATGTTATGTTATTTTATTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGTGATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCACCTCCTGGGTTCACACCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCCGCCACCACGCCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACTGTGTTAGCCAGGATTGTCTCAATCTCCTGACCTTGTGATCCACTCGTCTTGGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCGTCAGTCACCGCGCCTGGCCTATTTTATTTTATTTTGAGACGGAGTCTCACTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGTGATCTTGGCTCACTACAACCACCGTCTCCCGGGTTCAAGCAATTCTTTTGCTGCAGTCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCACATGCCACCACGCCCAGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTTGTGATCTGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGTGATTACAGGCATGAGCCACTGCACTTGACTGGGCTTTATTTTATTTAAGTCCAGTATTATCAATTTAGTGAAGTACAACCCACAGTAGTCATTTATTTGCCAGAGTAGTTATTATTTTGGTATTTCAAATAGACAACAATTTTATTATATTAAATACCTACTGTGTACTAGGGTTTGTAGTTGAAAGAATATATAATGTATGGTCCTGGCTTTTAGATGCTTAGTCTTGTTAGGAAAGTAAAAGCATTGGCAATCTAAGTTAAGTGACATAAAAGGATAGCAGTATCACTCAATCCATGAATGATATAAACAATTGGCATTATTAAATTCACAGTCTTATTGGTTCAGAAAATGTTATGTTACCAAATAGTAATTTCAGAATAGTTGGCAATTGGTAAAAATTGGAATCTAATCATATTTCATGATTAGAAAAAAATAAAGGGGATTTGAGAATGACACACTTTCGGGGACAGTGTTAAGTATAATAAAGCTTTTTCATGTTTATGAACTATAGTTATTTAAATCTCTTTAATCTGGGTGGTAGTTTTTGAGGATTAATCTTTATTTTATATAATTTTCAG
Seq C2 exon
GTCTTTGCATCTGTAATGAAGGATATTAAAGAAGGAGACAAGAACAGTAGTCCTGCTTTGAAAAGCTAGTCTTCAAAATTGACAGACTAACTGACATAGAAAAAGTGGTTTTTGGATAAAGGTTTTTTGTTTCCTATGTAAAAGGCGTGGAAGAAAATGTTGGAGATACCTAAAAGAATCAAGAGGTGGAAAACTGCTGATTTTACATTTTATGGCTGAAGTAAATGAAATAAGTAACTTATTGACAGTATTAATAAACTATTATTTTGTAGGTAGAGTCATTTTTCAAAGGAAAAAGTTTAAGTGGTGAGTTTATATTCCACAATTTGGAGTAAACAAAATGCAATAAATTTTTAAAATAGCTTTGAAGATACTTCAAATTTTTACATCTTTTCTTTTGTAACAGTTACCACAAAGATATTCTGGAGGCTAGAGTAGGATTGTTAAATACTACTGTTAACCTCCAAAGTACTATAGTACAGACATTGTTTCCAGTTCTGACCTTTTGAAGATATTATAGACCAGTAATGAACAGATTTGGTTGTAAATTATTTAAGTCACTGAAGATGTCATTTATCTTCATTCACAAGTTGGGGCAAATTCGAGTTACCTAGGAACTGGAAATGTTGGTGGGAGATTGTTTATTGTTTGTTTAGATGTTTTTCCATAGTATGGTGTCCATTTGTTTTTTAAGGGAAATTTTTTGTCTTCCTTAAGGAATTCCTATCACTCAGAGAATTTTAGCCATTCTGGTTCTAGTCTAACAAATTATTCATCTAATAATTTGACATTAAGAAAACTATAAATAACTGGTAGAAGGAAAGTGCTTTGCACTTCAGTGGATTGAAGACTTGACTTTGAGAGTAAGTCCAAAAACATATATGATGTTTCTCAGTGATAAGAGTAAAAAGTAATGAATCCTGAGAGTTCTTAAACAGCATGCTACTTGGCAAGACTTCATATTTTTTAGTTACAATTCTTCCACTGTTTAACTCCAGTTTGAAATTTGAAATCTAATATGTAGCTAAATCTGTGACTTGTAAAACTCTATGCATAATTTTTCCTAATCAGTGGAAATAAGAATAAAAGAAAAAGGTAAAGTTAATTTTTTTTCTAAGTCTACATCCTATCTCTTGATTCAGTTGCCTGAAGAAGCTGGGTAAGGAGATTAGTCTTGTTATTGATTCTTTTATGTGTCAGTGCCATCTTAATCTCTTCACATGGTACACTAAATGCTGCCTATAACCCATCCTCATCTTCTTTACTCATCATTGCTTTCTTCAAGGAAGGTCTTGATACTGCCCTCGTCTACCTCACTATCCGCTAGTCTAGATAGTGACTCTTTGGAAAATTGGTAGCCTCTGAATGAGTTATCCAACTTCTGCTTCCTCACATTGGCCACTTTGCATAGGTTCGGGAACTTAGCAGGTTTTAAATCATCATGCCCATGGAGGTGAAATACTTTGAGGAATGGGAACATCTCTTCACTGTGTTTTTGGATCAGCCTTCTCTCAACCGCCAAGAAATGCATGATTTCCCTGCCAACTCTAGGAAGTAGTGCTGCATGATTGAATCATTATTTGATGAATTCTTTCATTGTAACATAGGGAGTCATTTTCAAAAAGGTAGATATGAACTTAAATTAAATTGACTTATGAATGCTTTGCCTGTGGGCCCAACAGTGTCATGACCCTCCAATTGAAACATAGCATGAATTATTTTTATGTCGAGTTCTTGAACTGCTAATCAGGTGTGTGTTTCCTTGAAGTCCAGAGCAGGATCCAGGTCAGATGAAGGAGGTGGTATGCCTGGCTTAACTGCTGAAAATAGAGCATTGAAACTCTTCACAATGTGCTGCATTGGGTTTCTGCTTGGCTTTCTCACTGAAAAGTAAATTGGGGAAAATGCTGCTTTTACTATTTTGCATTTTATAGCAACATTAACAGTCTTTTCCCAGTCAGGTGCTGTCCAGGGAACATGTTTCCCTTGGGAGGTCTGAACAGAGTGACCTGGCTTGATGTATTTCCTGAGCTCTAGTACCATATCATAGAATTAGTTAAATGTAGTCAACAGCAATGTCAGAACAATTGACATTGTCTTTCCAAGAGTGAATGCATTGGCTTTCGGAACTGCTACTAGAGACATACATGAGGCAGCGAACACATCTTTAGGTGGGGGCAAGGCTATATCTGATTGACAGAGATCTCTGATCTCTAATGACATATTGCTATTGTCCTATTATGTTTAAATTTGAACCTAAATCACTTGAGTGTTATGAGTGATGGCTATATAACATGCTGTTTGGTTAGATTTACAGTGTGTTTTTATGTTGCAGTTTAGTTTGAAACAACACTTAAGCACACTATTTCTGTTAGTGTATATAGTTTTCAAACTAACAAGCCTGCGATCCTTGTTAGTGTAGTGACTGCCTCTTTAGGAGTATGGGGCCCTAGGGTGTCCATATATTTTTACCCCATGGGTCATTCTAGTCTAAGGACTACTAGTAGAACCCTCAAAAGGTAATTGCTATTATAGGGACTTACTTATTGGAGACTGGTAATATAATAAAATATTGAAGGAGTGGCCATGGTCTTAGCAGGTTTTAGAATGACCTTTTAACTCCAGTAACTACTTCCTTGGTATTGGTATCCTTGATAGAGGGAATATAACATCTGGCAGTAATCTCATTCAGGTTATACTACCTGACTAAATTTAATCATACTTTCATGTATTTGTTTCCTCAGTTGGACCTAAGTTACTGTATTTGTTTTTCTTATTTTTTTATTATTGTACAGTTTCTTTACCTTTCAAGTATAAATGTGTATATAAAATGTAAATACAAAGAATTCACTAAAAACCACTCATAACAATTACTGTGTAAATAAAACTGGTAAGCAGAGTAATTACTTGAAATGAGTCTTCATTACTTTGGGGATATCTGTTTTATTTAACTGCATCTCAAGGAAACAAAGGAAATAATCTTTGTTTTTGTTTGCCAAATTTGTCTTCCAAGGAATGCACTAAGCCTTCAGTCTTTTTAGACTGACAGTACTGGCAGCTAAAATATTGTACTGTATCTTCTCTTGAGCCCAGTATGTAGGAAATATGTGATAATTCACATGGTCAGTATATGGCAGTTTTTGTTGTTGTTGTTACAGTATATTTTCAATTAAAAAAAAACTTTTCCTAAAATACTCAAAATAATGTGAAATTTAATATGGTGTTTCATTTGTTTGTCTACTCAATATATATATTTCTTACTTAATGTTCCTTTAGTCCAGGTCTACAATGCCTTATTTAAATGC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000108239-TBC1D12:NM_015188:12
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.136
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0056613=RabGAP-TBC=PD(19.9=51.7)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
TGCAGAGATGGGGAAGAATTT
R:
CCAACATTTTCTTCCACGCCT
Band lengths:
358-1925
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)