HsaINT0167551 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000198586 | TLK1
Description
tousled-like kinase 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:11841]
Coordinates
chr2:171847333-171853270:-
Coord C1 exon
chr2:171853163-171853270
Coord A exon
chr2:171850467-171853162
Coord C2 exon
chr2:171847333-171850466
Length
2696 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATTA
5' ss Score
7.04
3' ss Seq
ATTTCCTTTCTCTTTTTGAGGCA
3' ss Score
4.41
Exon sequences
Seq C1 exon
CCATTTGGTCACAATCAATCTCAACAAGACATTCTTCAAGAAAATACAATATTAAAAGCCACAGAAGTCCAGTTCCCTGTAAAACCGGTTGTAAGCAGTGAAGCCAAG
Seq A exon
GTATTAAATTTTTGTAAATGAGTTTTGTGAAGTAACTTTTCTTTCATCAGTTGTGCTGACAACAAGGTAAGTACTTTCCAGTAAGTAAAGTCACAAGACTCGCTGCTGCAGGGGATCTGTCCAGCAGGGGCTGGTGATTTACTTTCAGAGAAGGAGTTGCATCAGCCTCTGGTTGCTATAGTTTTTATCTTTTAAGCTATGGTCTCTGATTGTTTATGTTCATCAGCTGCTACTTTGAAAATTAGGGAAAAATCACAAGATCTGGGCTCATCATTACCTTTTATGTATTATTTTATCTGCTTATGTTAATACTGAGATATATAAGTATATAAGAAATATTAAAAGTAATAATAAGGCTGGGCGTGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCGGGCAGATCATCTGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGACCAACATGGTGAAACCCGGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCGTGGTGGCACACATCTAGAGTCTCAGTTGCTTGGGAGTCTGAGGTGGGAGGATCACCTGAGCTCAGGGAGGTCAAGGCTGCAGTGAGCCATGACGATACCGCTGCACTCAAACCTGGGGGACAGAGTGACACCCTGTCTCAAAAAAACCAAATAGGCCATGCGCGGTGGCTCACACCTGTAATCCAGCAATTTGGGAGGCCCAGGCAGGCAGATTGCCTGAGCCCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGGCAACATGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCCGGTGTAGGGGCCCGTGCCTTTAGTTTCAGCTTCTCAGGATGCTGAGCTGGGAGGATCGCTTGAGACCAAGAGGTAGAGGTTGCAGTGAGGTGAGATCGCACCACTGCACTCCTGCATGGGCGACATAGCAAGACCCATTCTCAAAAAAACAAAAGAGATAAATATTCTTATTTGAAAGCAAAATGAATTATTTTTGTAAGATAAATATGACTCCTTTAAAAATATTTTAACTGTGCTGACATCTAAATCTTGTCTTATTTTCTGTCTGTAGCCTCATTGAGAACAGAAATTAAATGAATTTAGTTGATTCATGATCTGTTTGTTTAATACTGACTGAAAAGACCAGGAGGAGTGGAGTTGCCAAAGGCAAAGTCTCATTTAGCCATTCCTGGTTCTCTCCTTAGGCTCTTAATAGGCACCACAGTCACCTTTTAGAGATCTGGAATCCAGGAAGGGTTAAGGGGTTGTTGGGGGGATATAATATTAATATGATACAATTATATGATATAAATTTTAATATTTTAATGTAATATATAATATCTCTATATTCTGTATCCCTACAGAAGATACCTTTGCCAAGTACTTTCCCTGACTTGGTGTGGGCATCTTTAAGTACATTATTTGTTGCAGACTTAACCTTAACCTTGCTATTGATAGCCTTTCCACTCCTCAAACTCTAACATATCAGTCTTGATGTTTTTTTCCCTCTTAATCATTTTTCAAAGTGATCTCTGAAACTTTGTTAAAGATAAAAAAGATAAGTCCTCTAAGGGATCAGATTGACTTCCAATAAACAGTAAGCTATGGTAAAATGAGAATAGCTAGGTATATTTTTAGAGAAAAATATACTTCTAATGAATTTCAAAGCAAAGAAAGTGCAAAATAGTTACCTTTTAATGTGATTATACTTCTGTTTAATGGTATGTATTAATTTCTAGTGTCAGCATTAAGAAAGGGAAACAATTACCAGTTACCTCCTGAGAATATTTTATCTGTTCCCTCCCCCCCCAAAAAAGGATGAACCTCAAAATTTAATATTGGGTGAAAGAGGCCTGGCAAAGGAGAACATAATTTATAATTCTATTTATATAAAATTCAAACAATCAAAACTCAACTATGGTTTTAGAAGTCAAGATAAAGGTTAACCCAGGTTCGACTGGGGACAGAGCCAGTGCCTGGAACTGGGCATGAGGGGGATTCAGAGGTTCTTTTTCTTGATCTGGTTGCCAGTTACATAGATGTATTTACTTTGTGCTATGCACTTAACGATTTGTGTGCATTTCTAAAAATGTGTTACACTTCAGGAAAGGTTTTTTTTTTTTTTGTAAGAGGCTATTCTCAAAGAAAAACTGAGTAAAATTGGTTTGAGAAAAAAAAAATAGTGATTATATTCTGTTTATTTAGCTTTTCCAGGAGTGTAATGATGCATAGGGTTAACCTGGGAAACAATGTCCCTAATGAAAGTGTCCCTTCAGTGATCTCTTCATCTAAAGAAAGTCTTTATGTCAGTAGGAAAAAAAAATAATGGTTGAAAATGGCATCTTACCCTTTGCTAAACTGAAGTGATAACAAAATGGGATGAGGGTGGGAGGACTGTTTAGCAGAAGAAAAATGCTAGAAAAAAGTCTTCAGAATTTCGTAAGCAGAAACAACTTTCCAGTATAAGTTCAAATGGTTGCAGTAGTAATTTAGACTGTAAAGTGAACCACTGCAGGGGCTTCAAGCAGTGAGTTGCATTTGGAGTGAGAATTTTCTAGCTACAGAATTTTTTTTTTAAGGTTTGAACTTCCAATAAAATGAGATCTACTTATGTCTTAAATGTGTCCATCCTTCTGCTGATTCAGTTGATTGATATTTAGAAGGGAAAAAGATCATTAATTGCTAACATTTCCTTTCTCTTTTTGAG
Seq C2 exon
GCATTTATAAGACGCTGTTTGGCATATCGAAAAGAAGATCGATTTGATGTGCACCAGCTGGCAAATGACCCATACCTTCTCCCACACATGAGAAGATCAAATTCTTCAGGAAACCTACACATGGCTGGGCTGACAGCATCCCCTACACCCCCTTCTTCAAGCATAATTACTTACTGACTTTCCTCCAAGATTGGCATGATATCTTTGAATTTGCTTCCAGATGCACACTTAAGTTTGAGAGCATTTGAGTGTTTGTTTTCTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTACACAAGACGTGGTTAAGAACTGTTTGTGAACTGAAGTTCCTCATAGTGTCATTTGTATGAGAGAGGATCATGGACAATGAATAAATGCACACTTCTGACTATAATTTTGAGCAGTGAAGGAAGGATGACTGCCTGTTACACAGAAACAGGAATACCATGTTAAGATAGAGGAAAAAAATTTTGTTTATTTGGGGGAACACTGTAAATAACGTTTATAATACTTAAATACATTTGGTTGTTACTAGAGAGTTCTAATATGAAGGGTAGTTTTTCATTATTTAAAAACACATGGAAAAATATGAGACATATTTCTAACATACGAACTATAGTGCCTGGATACATTCTTCAGCATTTGGCAGTTAATCTGCTGAAACCAAAGTAAGAACTGAATGACAGTGACAGTTGTGTTTTATAGTAATAGAATGTGAGAGTTAGAATCTTTGGACAAAGTTAGGCTTTGTCATTTGCCTATTCAGACTTTTACCAAGTTGTACCTCGAGATCACATGTCCGTTTTCTTTCACTGGTTATATTAAAGGGAGAGCTATTATTTCTAAATACTTTACACCTTTGACAAAATGAGCTGCTTGTGTTGAAATCAGTTGAATTCACTAAATTATAATATTGCCAGTGTTTTCAACACGTTAGAATTGATAACAGGTATTTTTCTTTTGTTACCAGGCCTTGTTCATCAAAACAGGTGACAGTGAGTAACCAAATGCAGACCAGTTCTATGCAGGATAATGATAAATTCCCTTCTAGCTCTATTGTAAATTGTTGTACAGATGTCATATTTCAATTACTAAGTTTCAGCAGCTTATTCTTGTACAAATGTTTAAAATATGGCTTTTCTAATTGGATATTGTATTTTTTTTAAGTCTTCTTGAAGGCACTCTAATTGCTGCTAAATGATGTTGCTTCTTTGCTAAAAAATTAAATGACCTAGAAGGTGCAAGTTGACTGTACATCATAGATATTAAAAAGCAGACAGTCATTAACAATCAAGATGTAAAAGTGATCCATGTTGGACATAATTGAGTTTTTAAATCAGTTTATTGGGTTCTAGGGCTGTAGAACACATAGATACTAGATTTTTAATTTGTTCATGGTTATTCTACATTTCTAGAAAGTTCTTATCAGCAAGATGGTCCCATAAGCAAATTTCTTGTGGTTTGTACAGATTTGTTAAAATGTGAACGTTTTCTAACTGCCTCGTAGGGTAGAAACCAATATTTTTCAGGATGCTGTATTTCACTCCTGTAAGGACTTTTTCTTTATTGTCACATTCATAATGCTGATACTTACATGTAAGTTGTTCATGTTGCAGAAAAAGGTTATACGTACCACGGATTCTCTTTAATATTGTACAGTTAAACTGTATTTCTGATGTTGCAAGCCATTTTGTTTTTTCATTGTACATAGACACATTGTCTCTTTAAAATGCTGCTGAAATTGTAGAGAGTATAGCCAAAACAGTAATAAACAATGACAGTTAAAATGTAAAGACTATGAAAATTACATTGGAAGGGAGCTTTCAAGATGGTAGGATATTGACTAACTGAGCTCCTTCACTTAAAAATCAGCTGAATAAATTCCTTAAGTATACTTCAAGACAAGTGTAAATTGTTTCAAGCTGTTAAAGTTAAACCTAATAACCATTATCAAGGCAACTCCTGGGTAAGTAACACTTAGAACCATCAAGAGTGGTTTAAGGGGCTGGCTATACCCATTCCTCTGTAGAGCACAGAGAAATCCTATTAAAAAAAAAATACTACATGGTAATGAAATCTTAGCATTGATTGAGTGCTTTACGTGCTGCCTGCAAGTTTTCAGTTTTGTTGTTAGAGTTTTCGTCTTTATGAATGATAAAGTCCTATGTTCATAAAGTAACATTTAAATTCCTGAACTAAAAGGAAATGCCTGTTGTGCTTAAAATTTTGGGGAGATACGAAGTGAATGTGTAAATCTAACTTTGAGGTTCAGTAAGTTAAGTAGTATAGACCTAGAGATCACTGCTTTACCATTTTACTTTCAAATGAATGAGAGCGACTGCTAGTGGCAGAACGCAGAAAAGGGGAAAAACAAGCCATGAAATGAAGTTGCTTTCCTGACCTGGGTTTAGGTCATCATTTTAAAATCAAAGATGTGTAGGAGATGAATCAACTTATAGACCCATATTTTCCTTCTAAAAGTTTCCCAAAGAAATGTTATAGATTTTGAATAACATGCCAGTGACCCAGCAGGTCCAAGATGGCTAACCAAGATGGCTAATTTAGCCACATTGAATAACTTACTTTTACCCTCACATGGAAAGTTGGTATCTATTGCTAAATGATTTCAAGGTCACTCTGACAGTCTTTGACACTGTTTTTTTTAGGGTTTTATTGTTTTCTGGTCTCCTGGTGTCTGTCCTCAGAATTAAAGCATGTCCTGCATCCCTAAGATGATAGCCAAGGCCTCTCTTTTATTAAGAGTCAGCACTGATGTAGGGTAAAATCAACAGTTTTTGCATATGATTTTAAAATCTTTCTTTGATTTGAATTTGCTTTAGTGTGTGCATGTTGAGAGGAAGTAAGTGTAGAAACCACCCTAATTTGTAAGTTGGGAGTTGGAGATACTTGGTGGTTTTTCAAAAATAAAGACTCAATCTTTTTTTTTTTTTTAAACACTCACTACCATCTCCTTCTAAAACAACTCTGTCAGTTTAAATGGCATATAAAATGTGAACAAACACCTCATTACATGAAGTCAAAATGGTGAAGAGCTTCAGTGAAACATTTAAAGAGTATATTGTGTGTTGTTTTGCTGTTCATCATTACTTATTAAATGCAGTAATGTTGATTGCC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000198586-TLK1:NM_012290:20
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.138
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006920=Pkinase=FE(12.5=100)
A:
NA
C2:
PF0006920=Pkinase=PD(9.0=42.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)