HsaINT0167551 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000198586 | TLK1
Description
tousled like kinase 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11841]
Coordinates
chr2:170990823-170996760:-
Coord C1 exon
chr2:170996653-170996760
Coord A exon
chr2:170993957-170996652
Coord C2 exon
chr2:170990823-170993956
Length
2696 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATTA
5' ss Score
7.04
3' ss Seq
ATTTCCTTTCTCTTTTTGAGGCA
3' ss Score
4.41
Exon sequences
Seq C1 exon
CCATTTGGTCACAATCAATCTCAACAAGACATTCTTCAAGAAAATACAATATTAAAAGCCACAGAAGTCCAGTTCCCTGTAAAACCGGTTGTAAGCAGTGAAGCCAAG
Seq A exon
GTATTAAATTTTTGTAAATGAGTTTTGTGAAGTAACTTTTCTTTCATCAGTTGTGCTGACAACAAGGTAAGTACTTTCCAGTAAGTAAAGTCACAAGACTCGCTGCTGCAGGGGATCTGTCCAGCAGGGGCTGGTGATTTACTTTCAGAGAAGGAGTTGCATCAGCCTCTGGTTGCTATAGTTTTTATCTTTTAAGCTATGGTCTCTGATTGTTTATGTTCATCAGCTGCTACTTTGAAAATTAGGGAAAAATCACAAGATCTGGGCTCATCATTACCTTTTATGTATTATTTTATCTGCTTATGTTAATACTGAGATATATAAGTATATAAGAAATATTAAAAGTAATAATAAGGCTGGGCGTGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCGGGCAGATCATCTGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGACCAACATGGTGAAACCCGGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCGTGGTGGCACACATCTAGAGTCTCAGTTGCTTGGGAGTCTGAGGTGGGAGGATCACCTGAGCTCAGGGAGGTCAAGGCTGCAGTGAGCCATGACGATACCGCTGCACTCAAACCTGGGGGACAGAGTGACACCCTGTCTCAAAAAAACCAAATAGGCCATGCGCGGTGGCTCACACCTGTAATCCAGCAATTTGGGAGGCCCAGGCAGGCAGATTGCCTGAGCCCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGGCAACATGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCCGGTGTAGGGGCCCGTGCCTTTAGTTTCAGCTTCTCAGGATGCTGAGCTGGGAGGATCGCTTGAGACCAAGAGGTAGAGGTTGCAGTGAGGTGAGATCGCACCACTGCACTCCTGCATGGGCGACATAGCAAGACCCATTCTCAAAAAAACAAAAGAGATAAATATTCTTATTTGAAAGCAAAATGAATTATTTTTGTAAGATAAATATGACTCCTTTAAAAATATTTTAACTGTGCTGACATCTAAATCTTGTCTTATTTTCTGTCTGTAGCCTCATTGAGAACAGAAATTAAATGAATTTAGTTGATTCATGATCTGTTTGTTTAATACTGACTGAAAAGACCAGGAGGAGTGGAGTTGCCAAAGGCAAAGTCTCATTTAGCCATTCCTGGTTCTCTCCTTAGGCTCTTAATAGGCACCACAGTCACCTTTTAGAGATCTGGAATCCAGGAAGGGTTAAGGGGTTGTTGGGGGGATATAATATTAATATGATACAATTATATGATATAAATTTTAATATTTTAATGTAATATATAATATCTCTATATTCTGTATCCCTACAGAAGATACCTTTGCCAAGTACTTTCCCTGACTTGGTGTGGGCATCTTTAAGTACATTATTTGTTGCAGACTTAACCTTAACCTTGCTATTGATAGCCTTTCCACTCCTCAAACTCTAACATATCAGTCTTGATGTTTTTTTCCCTCTTAATCATTTTTCAAAGTGATCTCTGAAACTTTGTTAAAGATAAAAAAGATAAGTCCTCTAAGGGATCAGATTGACTTCCAATAAACAGTAAGCTATGGTAAAATGAGAATAGCTAGGTATATTTTTAGAGAAAAATATACTTCTAATGAATTTCAAAGCAAAGAAAGTGCAAAATAGTTACCTTTTAATGTGATTATACTTCTGTTTAATGGTATGTATTAATTTCTAGTGTCAGCATTAAGAAAGGGAAACAATTACCAGTTACCTCCTGAGAATATTTTATCTGTTCCCTCCCCCCCCAAAAAAGGATGAACCTCAAAATTTAATATTGGGTGAAAGAGGCCTGGCAAAGGAGAACATAATTTATAATTCTATTTATATAAAATTCAAACAATCAAAACTCAACTATGGTTTTAGAAGTCAAGATAAAGGTTAACCCAGGTTCGACTGGGGACAGAGCCAGTGCCTGGAACTGGGCATGAGGGGGATTCAGAGGTTCTTTTTCTTGATCTGGTTGCCAGTTACATAGATGTATTTACTTTGTGCTATGCACTTAACGATTTGTGTGCATTTCTAAAAATGTGTTACACTTCAGGAAAGGTTTTTTTTTTTTTTGTAAGAGGCTATTCTCAAAGAAAAACTGAGTAAAATTGGTTTGAGAAAAAAAAAATAGTGATTATATTCTGTTTATTTAGCTTTTCCAGGAGTGTAATGATGCATAGGGTTAACCTGGGAAACAATGTCCCTAATGAAAGTGTCCCTTCAGTGATCTCTTCATCTAAAGAAAGTCTTTATGTCAGTAGGAAAAAAAAATAATGGTTGAAAATGGCATCTTACCCTTTGCTAAACTGAAGTGATAACAAAATGGGATGAGGGTGGGAGGACTGTTTAGCAGAAGAAAAATGCTAGAAAAAAGTCTTCAGAATTTCGTAAGCAGAAACAACTTTCCAGTATAAGTTCAAATGGTTGCAGTAGTAATTTAGACTGTAAAGTGAACCACTGCAGGGGCTTCAAGCAGTGAGTTGCATTTGGAGTGAGAATTTTCTAGCTACAGAATTTTTTTTTTAAGGTTTGAACTTCCAATAAAATGAGATCTACTTATGTCTTAAATGTGTCCATCCTTCTGCTGATTCAGTTGATTGATATTTAGAAGGGAAAAAGATCATTAATTGCTAACATTTCCTTTCTCTTTTTGAG
Seq C2 exon
GCATTTATAAGACGCTGTTTGGCATATCGAAAAGAAGATCGATTTGATGTGCACCAGCTGGCAAATGACCCATACCTTCTCCCACACATGAGAAGATCAAATTCTTCAGGAAACCTACACATGGCTGGGCTGACAGCATCCCCTACACCCCCTTCTTCAAGCATAATTACTTACTGACTTTCCTCCAAGATTGGCATGATATCTTTGAATTTGCTTCCAGATGCACACTTAAGTTTGAGAGCATTTGAGTGTTTGTTTTCTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTACACAAGACGTGGTTAAGAACTGTTTGTGAACTGAAGTTCCTCATAGTGTCATTTGTATGAGAGAGGATCATGGACAATGAATAAATGCACACTTCTGACTATAATTTTGAGCAGTGAAGGAAGGATGACTGCCTGTTACACAGAAACAGGAATACCATGTTAAGATAGAGGAAAAAAATTTTGTTTATTTGGGGGAACACTGTAAATAACGTTTATAATACTTAAATACATTTGGTTGTTACTAGAGAGTTCTAATATGAAGGGTAGTTTTTCATTATTTAAAAACACATGGAAAAATATGAGACATATTTCTAACATACGAACTATAGTGCCTGGATACATTCTTCAGCATTTGGCAGTTAATCTGCTGAAACCAAAGTAAGAACTGAATGACAGTGACAGTTGTGTTTTATAGTAATAGAATGTGAGAGTTAGAATCTTTGGACAAAGTTAGGCTTTGTCATTTGCCTATTCAGACTTTTACCAAGTTGTACCTCGAGATCACATGTCCGTTTTCTTTCACTGGTTATATTAAAGGGAGAGCTATTATTTCTAAATACTTTACACCTTTGACAAAATGAGCTGCTTGTGTTGAAATCAGTTGAATTCACTAAATTATAATATTGCCAGTGTTTTCAACACGTTAGAATTGATAACAGGTATTTTTCTTTTGTTACCAGGCCTTGTTCATCAAAACAGGTGACAGTGAGTAACCAAATGCAGACCAGTTCTATGCAGGATAATGATAAATTCCCTTCTAGCTCTATTGTAAATTGTTGTACAGATGTCATATTTCAATTACTAAGTTTCAGCAGCTTATTCTTGTACAAATGTTTAAAATATGGCTTTTCTAATTGGATATTGTATTTTTTTTAAGTCTTCTTGAAGGCACTCTAATTGCTGCTAAATGATGTTGCTTCTTTGCTAAAAAATTAAATGACCTAGAAGGTGCAAGTTGACTGTACATCATAGATATTAAAAAGCAGACAGTCATTAACAATCAAGATGTAAAAGTGATCCATGTTGGACATAATTGAGTTTTTAAATCAGTTTATTGGGTTCTAGGGCTGTAGAACACATAGATACTAGATTTTTAATTTGTTCATGGTTATTCTACATTTCTAGAAAGTTCTTATCAGCAAGATGGTCCCATAAGCAAATTTCTTGTGGTTTGTACAGATTTGTTAAAATGTGAACGTTTTCTAACTGCCTCGTAGGGTAGAAACCAATATTTTTCAGGATGCTGTATTTCACTCCTGTAAGGACTTTTTCTTTATTGTCACATTCATAATGCTGATACTTACATGTAAGTTGTTCATGTTGCAGAAAAAGGTTATACGTACCACGGATTCTCTTTAATATTGTACAGTTAAACTGTATTTCTGATGTTGCAAGCCATTTTGTTTTTTCATTGTACATAGACACATTGTCTCTTTAAAATGCTGCTGAAATTGTAGAGAGTATAGCCAAAACAGTAATAAACAATGACAGTTAAAATGTAAAGACTATGAAAATTACATTGGAAGGGAGCTTTCAAGATGGTAGGATATTGACTAACTGAGCTCCTTCACTTAAAAATCAGCTGAATAAATTCCTTAAGTATACTTCAAGACAAGTGTAAATTGTTTCAAGCTGTTAAAGTTAAACCTAATAACCATTATCAAGGCAACTCCTGGGTAAGTAACACTTAGAACCATCAAGAGTGGTTTAAGGGGCTGGCTATACCCATTCCTCTGTAGAGCACAGAGAAATCCTATTAAAAAAAAAATACTACATGGTAATGAAATCTTAGCATTGATTGAGTGCTTTACGTGCTGCCTGCAAGTTTTCAGTTTTGTTGTTAGAGTTTTCGTCTTTATGAATGATAAAGTCCTATGTTCATAAAGTAACATTTAAATTCCTGAACTAAAAGGAAATGCCTGTTGTGCTTAAAATTTTGGGGAGATACGAAGTGAATGTGTAAATCTAACTTTGAGGTTCAGTAAGTTAAGTAGTATAGACCTAGAGATCACTGCTTTACCATTTTACTTTCAAATGAATGAGAGCGACTGCTAGTGGCAGAACGCAGAAAAGGGGAAAAACAAGCCATGAAATGAAGTTGCTTTCCTGACCTGGGTTTAGGTCATCATTTTAAAATCAAAGATGTGTAGGAGATGAATCAACTTATAGACCCATATTTTCCTTCTAAAAGTTTCCCAAAGAAATGTTATAGATTTTGAATAACATGCCAGTGACCCAGCAGGTCCAAGATGGCTAACCAAGATGGCTAATTTAGCCACATTGAATAACTTACTTTTACCCTCACATGGAAAGTTGGTATCTATTGCTAAATGATTTCAAGGTCACTCTGACAGTCTTTGACACTGTTTTTTTTAGGGTTTTATTGTTTTCTGGTCTCCTGGTGTCTGTCCTCAGAATTAAAGCATGTCCTGCATCCCTAAGATGATAGCCAAGGCCTCTCTTTTATTAAGAGTCAGCACTGATGTAGGGTAAAATCAACAGTTTTTGCATATGATTTTAAAATCTTTCTTTGATTTGAATTTGCTTTAGTGTGTGCATGTTGAGAGGAAGTAAGTGTAGAAACCACCCTAATTTGTAAGTTGGGAGTTGGAGATACTTGGTGGTTTTTCAAAAATAAAGACTCAATCTTTTTTTTTTTTTTAAACACTCACTACCATCTCCTTCTAAAACAACTCTGTCAGTTTAAATGGCATATAAAATGTGAACAAACACCTCATTACATGAAGTCAAAATGGTGAAGAGCTTCAGTGAAACATTTAAAGAGTATATTGTGTGTTGTTTTGCTGTTCATCATTACTTATTAAATGCAGTAATGTTGATTGCC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000198586:ENST00000431350:20
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.138
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006920=Pkinase=FE(12.5=100)
A:
NA
C2:
PF0006920=Pkinase=PD(9.0=42.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains