HsaINT0174182 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000123607 | TTC21B
Description
tetratricopeptide repeat domain 21B [Source:HGNC Symbol;Acc:25660]
Coordinates
chr2:166758232-166764294:-
Coord C1 exon
chr2:166764188-166764294
Coord A exon
chr2:166758421-166764187
Coord C2 exon
chr2:166758232-166758420
Length
5767 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAC
5' ss Score
7.82
3' ss Seq
TTTATACTGATTTTTTCTAGGCT
3' ss Score
8.61
Exon sequences
Seq C1 exon
TAAATGAACTGTCAGCTCTCATGGAGGATGGACGTTGTCAAGTTCTTCTAGCAAAAGTTTATAGTAAAATGGAAAAACTTGGTGATGCGATCACTGCATTACAACAG
Seq A exon
GTAAACACATTTGTCTGTGAGTGTGGTCATGAGGTAGGAGATGGATGCAGAAGGAAATATGCCATGTATAAGAGGAAAGCAATCTCTTTTGGCCAAACAGCTACAGAAAATATGTCAAAATCAAAATACTTATTGAATGCTTATGAATTATACATTTTAAATATACTATTACTACTATTATAACAATTTGGGAAGGTTGGAATTTTTTAATCCCATTTTATAGCTGAGGAGACTTGATTAACTTGTGTGAAGTCATATGAATAGTGTCATCAGGATTTGAACTTAGTGCTTTCTTCCTCCATTTATTTAGATCTTCTTTTTTCTCTTAATATTTTGTGGTTCTCAGTGTAGAGGTTTTACACAGATTTCCTTAGGTATGTTCCCAAGTGGTTGATGTTTTTTTAATGATGATTCAGTTTCTGATTTGCTAACAACTTCTTTATAAGTGACTTGAATTATTATCAAATATACTATCTGCATCTATCAAGATGATCATATGTCTTTCCTCCTGTTTTCCTTTTCAAATGTGGTATATTAAATTGACTTATTTTCAAATGTTAAAACACCTTATATCTCTGAAATAAATGTCACTTTGATATAATTTTTAAAAAGATATTGCTGGAATTTAAAGATGTTTTATAATATTTTGTTCAGGATTTCTGCATCTGTGTTCAACAAATTGATGCTAATTCTTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTTTTGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGTAATGGCATGATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCAGGTTGAAGCGATTCTGTTGTCTCAGCCTCCTGAGTTGCTGGGATTACAGATGCTCACCACCATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTATTTTTAGCAGAGACAGGGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCAGGTGATTCCCCCTGCCACGGCCTTCCAACGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCCGGCTGCTAATTCTTTGATGTTTGGAATAATTCATTGTTGCAGGCCTTGAGACCTCTTTGAAGGAAAGTTTTTAATAGATTTCAGACTGATCATTTTCAAATTGTTTCTTATATCAATTTGGAATTTTTTAAGTACTCAGTTTATTGTTAAATTTATTAACATAAACTTGTTTATTATATCTTTTCTTTTGAATGTCTACAAATGCAGTGAAAAAGGTCCCTTTTACAAACCTGATATTAGTAATTTTTTCTTCTTTAATAATCAGTTATGCTAGGGGTTATCTTATTAATATTTTCAAAGGGTCAACTTTTGCCTTTTCTGGCTTCATTAAATGTTTTAACCTCATAATTAATTTCTTCTACACTCTTTGGGTTTGGTTTACTAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGCCTCTTGAAATAGTATGTTAGGTAATGGATTTCGAGCTTTTGTTATTTTCCTATTCATTTGAAGCAGTAAATTTCTCTCTCAACACTGGTTTATCAGCATTCCACAAGTTTATTATTATTTAGTGTAAAACATTTCCTCATTTTCACTTTGATTGCTTCTTGGACCGGTGGGTTATTTAAAAGTGTAACATTGAATTTTTATGGAGTTCTGATTTGCTTGTTATCTTTTTGATACTGACTTCTAGTACACTTCTGCTGTGCCAAGACATACTTTGAATGATTCAATCCTTTGCAATTTGTTGAAGCTTGCTTTACATCCTACATTATAATCAGTTTTGGTAAAGGTTCCATGTGGACTTGAAATAATGTGTTTCTAACATTACTGTAACCACAATTACTTTTGCACCAACCTAATAAATACTTAGTTCAACCGTATGTCAATTAGGTCAGGTTTGTTGACTGATTTCTGTACATCTTCCCTGTTCTTAGTGTTTGGTCGTTATTTGTTTGCTTGGTTTTGGTCTATTTGTATGAGAGGGGTGTTAAAGTCTTTCAGTGTAATTGTGGATTTCTTTTTTTTCCATTTAGTTCTATGTATTTTTGCTTCATTTATTTAGAAGATACATTATTGAATGATCCAGATTTAGAATTACAATATCTTCCTGGTGAATTAAGTTATTTAAAATAATAAAATGGCCTTCTTCATTTCTAGTAATGCTTCTTGCTTTAAAATCTCCTTTGTCTTGTGTTATTATAGCTAACTCCAGTTTCCTTTTAGTACTTGCATGGTATATCTCCTGCATTCTTTTACTTTCAATTTTACGTGTCCTTATGTTTAAGATCTGTCAGCATACAATTTTTTTCTTGACAATCTAAATCTATTATAGTTTTTTTAACATTTAATATAGTTATGAATTATATTTGCATTTGGATTTGCCATCTTACAATCTGTTTTTTTCTAAATTTTCTTGACTTTTATCTGAGTTAAATTATTCTTATTCCACTTTCCCCTCTATTGTGTTATTTATACCTCCTTTTATTATTTTTCGGTGTTAGCTACAACACACATTTCTTCTTATCCAAATTCTATTATTCTATCTTTGCCTTTTCTATTATTGTTGTCATGCATTTTAAATTAGTTGTTTGAAACTTTGTTTATAGGGAACACAATGTGATATATTTTATTTCAGTATCAGACACTGGAAGATTTTTAGAGAAATCTTCTAGGTTCTCCCTCTCATTTAAGCGATTTTGCCTATCTGCCCTATCTATTATGTGTTGATTTTGCAGCTTACTTCTGAGAGGGATGATCTTACTTCCCAAGTTCCCTGGAGGCACTTTACTGTTCCCCAGATAGGATCCATAATATTGGTTTGTTTTGCAGTTGTCTAGTTTCTGGATATAAAAGTGAAATCATCACTTACCTTCTTAATACTTTATATTTTTTAAAAAGGACCCCCATTATTTTTATCTCATTCTGTTTATTCTGTGTCTGTAAGCCCCTGTGATATGTTGGAAGCAACAGGTCTGTGAGGTAAGCAAACAGTTTATGTATTACTGTGCTTATTTTCCCACAGAGAGTGTTTGTCCAAGATTATACAGCTGGTTACTAGAAGAGTTTGAAGTGGAATGCAGATGCCTCAGTCCTAACCCTTTGTGCTTTCCAGGATACTATACTAGTCACCTTTTGACTAGATTCCTGTGTACCCAGAAGAGTTCTGCATTCTGCAATTAATTTGTAGTGTTTTGGTTTTGAGATTTAACTGACAGGGGTGTGTGTATGTGTGTGTGCACGTGTGTGTGCATGCATGTGCGTGCATACCCAAGTTTCAGTAGACAGTCCCAAAATTTTTTTGTTCTAATTGTGAATGAATTGAGCTTGGATTATTAGATTTCTGTGATATCTATCTAAGTTTATGATATCATTAAAATATGTAATCTTAAACAATATTAATATCTTATCCTTAATTATTGGTACATTTTAGCTCTTATTTTCTGAATCACATGATAGAGAATTGCACCCAGCCATAGGTTAGTTACCAGAAGCTACAAGGAAAGTGTAATCTTTGGTAAAGGTGACTTTTAAAACATTTTAGAAATAAATTTAGCTTAGTTCACTCCTTTATGAATATCATTAGTCCCAGTCACCATGGTCCCATGAGCCTCTGTGTTATAAAAGCAGACATATGAAGCAACATCAAAAAACAGCATGCCATGGCTAGACAATGCCAGCACCCCAAACTATAATCAATTTTGAGTTTATATGTTAGATCCCAGGGATTATTCATCTTTAATAAGGTTTGAAGAATTATAACATTCTTCCCACTAATGACATGCTGTATATTCTGAATGACAAAGAGACAAATCTTAAGATGCAATTCAAACAGAAACCTATAAGTGGAGTCAAAGTTTTTGATATTTTCTGTTCATTTATTCAGCAACCATTTATTGAGCTTAATTCTCCACATTATGTAACTTAGGGGTTCTGTCATAGTGTTTTTGCAAAGTTGCTAAACATTTTTGGCAATGACGGAAATGGTAAATTTAGGGAAATCTCAAGTCTTAGGAATTTTGCTTTCTAAACATTTCAGACTTTTCCAATAACTCCGCATTTCCGTAGCCCTCTCTGTCATCTTTTAGCTGACTCCATCGTTATTTCTTGCTTACGGTCCTGAAGTAGCCTCCTGATTGATCCCAGTCTCATTTCCCTCTAGTCAGTTCTTCACAGTGACACCAGGGTGATGGTTCCCAAAGGCAACCTGATCCTGTCATGCCAATGCCTATAAACATGGCATAGTAGCTTCCCATGGGCTCTAGGATAAAATGTAGATTATTTAACAGGCTTACCTGTTGTATATTCTCTATATCTTTCCAGCCATTTTTTCTTCTAATTATTTGATCAGGCAGTGTATCCCTCATTCTCTTTCCTTCACATGTGATTCCTAATGCCTATGAGCCATTCCATCTCTTCATCCCATCTGTTTTTCCCCAACTCACCAGGGTGTAACTACTAACCATTCTTTAATTCTTACCTGACTTCCAAGACTGAGTTAGATTTTCTATTATGTACTCCCATGGCAACAGCATTTTCCACTTAACTTGTTGGAAAAGGGACAACTGTCCTCTGGGGGCTCTGTTGCCAATATTTGTTCCACTTTCTCTTTCATTTTCACTTTCTTCCTTACACTTGCAATCCAGAGTCCAGATGTAAAACAGTGTAGGGCCATAAGTGATGGGACATCTCTAACAAAATTCTTGGAGGCTGCTGCCTGGAAACTTGTGTCCTTGGGATGGTACCCTTACCCCTGAGGTGCTAGGGATGGGCCCCAGGGTCTTTCCCTGCTTTCTACTTTCCTAATGGCTAAGTGATGTCAGAGGACAACATCTTGATGTGTAGAGGTACAAGAATTCAGGGATGCAAGGATGCCTTCCTGCAAGACAGAGATCATTCTATCTAAACCAATTGTTTTCAGGTTTTTTACTAGGAGCACATGCATGAATGTGTATATATGTGTATAGCTATGCAAAAACATGAACAGATGTATGCATGTGTATAATCTAAAACACATAAAGGT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Seq C2 exon
GCTCGAGAATTACAAGCTCGGGTACTAAAACGTGTTCAGATGGAACAGCCAGATGCAGTTCCTGCACAGAAACATTTAGCAGCTGAAATTTGTGCAGAGATTGCAAAACATTCTGTTGCTCAGCGAGACTATGAAAAAGCAATTAAGTTTTATAGAGAGGCTCTGGTTCACTGCGAAACAGATAATAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000123607-TTC21B:NM_024753:19
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134241=TPR_12=FE(44.9=100)
A:
NA
C2:
PF134241=TPR_12=PD(7.7=9.5),PF145591=TPR_19=PU(36.8=39.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)