HsaINT0176073 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000033178 | UBA6
Description
ubiquitin-like modifier activating enzyme 6 [Source:HGNC Symbol;Acc:25581]
Coordinates
chr4:68514786-68527973:-
Coord C1 exon
chr4:68527907-68527973
Coord A exon
chr4:68514930-68527906
Coord C2 exon
chr4:68514786-68514929
Length
12977 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGACT
5' ss Score
6.64
3' ss Seq
TTTTATGGCTTTTGTTTTAGCCT
3' ss Score
8.25
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGCCAACAAGATTCAGAAGAACTGTTGAAACTAGCAACATCTATAAGTGAAACCTTGGAAGAGAAG
Seq A exon
GTGACTATTGAAATTTATGGCTGTCCGAATATTTGTTTGTTAATACATAAGTGTTCTGTATATTAGTATTCTCTTATCCTTCACATCCAGCTTTGCTACTCTGTGGCATTAGACAACTTTTTTCAGTTTGTTCTGTTTTAATTTATAAATCTATAAAATAGAGTTAACCTACCTTCATAGGGTTATTGTGAACATTAAATAATTTAATTTTGTAAAGTACTTAGAAATGCCATGTGACATATAGTAATTAATATTTGCTGCTATTTTTTTAACTGTTACTATTATTCTTTATTATTCTGTTATGATTTACTTGATTTGTTAACTTAAACTTATATATGTTAGCTTTCTTATATAAGTCACCTGTTTTATATATTATACATTCATATCTCTTTATCACATTTCGTACATCAGATTTAGATTTAAACATTTCACCTAGAAAATGGTTTTTTTGTGTGTGTTATGATGCCAGTGCCTGCTTGTCAACAGTTTTATTTGAGCAGCTATAAACATGGTGATGTTTGTGCAATTATTTGAAGATTCTATTATTTTTGTTCTTATTTTATAAAAATGAGAGGGAACTGTATTAGTCCATTCTCACACTGCTATGAAGAAATCCTGAGGCGGGTTATTTGTAAAGGAAAGAGGTTTAATTGACTCACAGTTCCTCATGGTTGGGGAGGCCTCAGGAAACTTACAATCATGGCAGGAGACAAAGGAGAAGCAGGCACCTCTTCACAGGGTGGCAGGACAGTGTGAGTACAAGCAGGGGAACTGCCAGGTTCTTACAAAACCATCAGATCTCATGAGACTCACTCACTATCACTCACTGATTACCTCCACGTGGTCCTGCCCTTGACATGTGGCAATTATGGGGATAACAATTCAAGATGAGATTTTGGGTGGGGACACAGCCAAAATGTATCATTTCATCCCTGGTACCCCCTGAATCTCATGTACTCACGTTTCAAAACACAGTCACACCTTTCCAACAGTCCCCCAAAGTCTTAGCTCATTCCAGCATTAATCCAGAAGTCCATGTCCAAAGTCTTATCTGAGCAAGGCAAGTCCCTTCCACCTATGAGCCTGTAAAATCAGAAGCAAGTTAGTTACTTCCTAGATACAGTGAGGGTACAGACATTAGATAAATGCTTCCATTCCAAATGGGAGAAATTGGACAAAACAAAGGGACTTCAGGCCCCATGCACTATAAAATCCCATAGGGCAATCATTAAATCTTAAGGTTCCAAAATGATCTTCTTTGACTCCATGTCTCACATCCAGGTCACGCTGATGCAAGAGGTGGGTTCCCATGGTCTTGGGCAGCTTCACCCTGTGGTTATGCAAGGTACAGCCCCCCTTCCGACTGCTTTCATGAGTTGGCATTGAGTGTTGCAGCTTTTCCGGATTCATGGTCCAAGCTTTCGTTGGATCTACCATTCCGGGATCTGGAGGACTGTGGCACTCTTCTCACAGCTCTACTAGGCAGTGCCAATGGGGACTCTCTGTGGGGGCTCCAACCCCACATTATCCTTCTGCACTGCCTTAGCAAGAAGTTCTCCATGAGGGCCCCACCCCTGCAGTAAACTTCTACCTGGACATCCAGGTGTTTTCATACATCCTCTAAAAGCTAGGCAGAGGTTCCCAAATCTCGCTTGACTTCTGTGCACCCACAGCCCAACACCATGTGTAAGCCACCAAGGCTTAGGGCTTGTCCCCTCTGAAGCAACAGCCTGAGCTGTACATTGGCCCCTTTTAGCCACAGCTGGGACACAGGGCACCATGTCCTGACACTGCACAAAGTAGCAAGGCCCTGGGCCCACCCCACAAAACCATTTTTTCCTATTAGGCCTCCAGGTCTGTGATGGGAGCAGCTTCCTTGAAGACCTCTGACATTCCCTGGAGACATTTTCCCATTGTCTTGGCAATTAACATTTGGCTGCTTGTTATTTATGGAAATTTCTGCAGCTGACTTGAATTTCTCCTCAGAAAATGGATTTTTCTTTTCTATTGTATCATCAGGCTGCAAATTTTCCAAACTTTTATGCTCTGCTTCTCTTTTAAACATAAATTCCAATTCCAAACCATCTTTTTGTGAATGCATAAAACTTAATGCTTTTAAGAGCACCCAAGTCACCCCTTGAATGCTTTGCTGCTTAGACATTTCTCTACCAGATACCCTAAATCATCTCTCTCAAGTTCAACTTTCCACAGATCTCTAGGGCAGGGGCAAAATGCCACCAGTCTCTTTACTAAAGCATAATAAGAGTCACCTTTATTCTAGTCCCAACAGGTTCCTCGTCTCCATCTGAGACCGCCTCAGGCTGGACTTCATTGTCCATATCACTATCAGCATTTTGGTCAAAACTGATAAGTTCCAAACTTTCCCACATCTTCCTTTCTTACGAGCCCTCCAAACTATTCCAACCTCTGCGTTTTCCAGTTCCAAAGTCACTTCCACACTTTTGGGTATCTTTATCTCAGCACCCCACTCTCTACAGTACCAATTTACTGTATTAGTCTGTTGTCACACTGCATATGCTATATAAAATATATGTATTTTATATATTCCTATATAAAATACCCAGTTTTGGGTATTTTATATAGGAAAGAGGTAATTGACTCACAGTTTCACATGACTGGGGAGGCCTCAGGAAACTATACCATCATGGCAGAAGGCACAGGAGAAGCAGGCAGCTTCTTCACAGGGTGGCAAGACAGAGTGAGTGCAAGCAGGGGATCTACCAGACGCTTATAAAACTGTCAGATCTCGTGAAACTCACTATCATCAGAACAGCATGGGAGAACCACCCCCACCATCCAGTTACTTCCACCTGGTCCCACCTTGACATGTGGTGATTATGGGGATTACAATTCAAGATGAGATTTTGGGTGGTGACACAGCCAAACCATCTCAGGAAGTGAGAGTCTTAACATCAGTGGTAAAAGCTTTAATATCATATGTTCTATAATTACACAAAGAAAGAAATAATAAATGTACTGAAAACAGTGACTCACTAGCCATAATGAAAGACCTTTTATTGCATATATAGTGCTTTGAGAAAATAAAATGTATGAAAAGCTAGAAATAGATTGTAGAAGTCTGTGATTAAACAGAAGAATGTGATTAGGGATTTATCAAGTTTATTGATGGGAAATTTACATAAAGTAAATTTTTCACTCTTTGGGTGTGTAGTTATAAAAAATTTTGTACACAATCAATTCAGATGTACGCAGTTAATTCAAAGTGTACAGTAATGGGTCCACCACTACAATCAAATGTAAACCATTCCGTAATGCAAAAAAGTTCCCTCAGGCCTTTTTATAATTACCTCCCTAGCCCATAACCAAACCTTAGCATCCACTATAGATTTTTTCTTTTCTAGAATGTCATATAAATGGAATCATATAGTATGTGTAGTCTTTTGAGTCTGGTTTCTATCACTAAATATAATTAACTTGAGTTTTATCCATTTTGTTACATGTTCATTTCATTTTTTTTAACTTTTAACTTTAGGGTTACATGTACAAGTTTGTTATATAGGTAAATTTGCATCATGGGGGTTTGTCATACATATTATTTCATCACCCAGGTATTAAGCCTAGTACCTGTTAGTCATTTCCGCCCCCTCTTCCCACCCTCCAGTAGGCCCCAGTGCGTGTTGTTCCCCTCAGTGTATCCATGTGTTCTCATCATTTAGCTTCCACTTCTAAGTGAGAACACGTGGTATTTGGTTTTCTGTTTCATTGTGTAGATGTACTACAGTTTGTTTTTACATCACTTGATGGAAGATATGGGCTGTTTTCAGTCTGAGCAATTATGAATACAGTTATTACAAATACTTGCATATAGATTTTGATGTGGACATATATCTTTGTTTCTCTTATATACCTACCCTACCTACTTGGTTCCAAGTTTGCTATAGTGAATAGTGCCACAATAAACATACGTGTGAATTTGTCTTTATAGTAGCATGATTTATAATCCTTTGGGTGTATACCCAGTAATGGCATTCCTGGGTCAAATGGTATTTCTAGTTCTAGATCCTTGAGGAATTGCCACACTATCTTCCACAATGGTTTAACTGATTTACACTCCCACCAACAGTGTAAAAGCGTTCCTGTTTCTCCACATCCTCTCCAGCATCTGTAGTTTCCTTTTTAATGATCGCCATTCTAACTGGCATGAGATGGTATCTCATTGTGGTTTTGATTTGCATGTCTCTGATGACCAGTGATGATGAGCATTTTTGCATGTGTCTGGTGGCTGAATAAATGTCTTCTTTTGAGAAGTGTCTATTCATATCCTTTGCCCACTTTTTGATGGGGTTGTTTGTTTTTTGTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTGTAAATTTGTTTAAGTTCTTTGTAGATTCTGGATATTAGCCCTTTGTCAGATGGGTAGATTGCAAAAATTTTCTCCCATTCTGTAGGTTGCTGTTCACTCTGATGATAGTTTCTTTTGCTGTGCAGAAGCTCTTTAGTTTAATTAGATCCCATTTGTCAATTTTGGCTTTTGTTGCCATTGCTTTTGGTGTTTTAGTCATGAAGTCTTCCTCCATGCCTATGTTCTGAATGGTATTGCCTAGGTTTTCTTCTAGGGTTTTTATAGTTTTAGATCTTACATTTAATTCTTTAATCCATCTTGAGTTAATTTTTCTATAAGGTGTAAGGAAGGGATCCAGTTTCAGCTTTCTACATATGGCTAATCCCAGCACCATTTATTAAATAGGGAATCCTTTCCCCATTTCTTGTTTTTGTCAGGTTTCTCAAAGATCAGATGGTTGTAGATGTGTGGTGTTATTTCTGAGGCCTCTGTTCTGTTCCATTGGTCTCTATGTCTGTTCTGGTACCAGTACCATGCTGTTCTGGTTACTGTAGGCTTAAAGTATAATTTGAAGTCAGATAGTATGATGCTTCCAGCTTTGTTCTCTTTGCTTAGGATTGTCTTGGCTATGCAGGCTCTTTTGTGGTTCCATATGAAC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Seq C2 exon
CCTGATGTAAATGCTGACATTGTGCATTGGCTCTCTTGGACTGCCCAAGGCTTTTTATCTCCACTTGCTGCAGCAGTAGGAGGTGTTGCCAGCCAAGAAGTATTGAAAGCTGTAACAGGAAAATTTTCTCCTTTGTGCCAGTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000033178-UBA6:NM_018227:13
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)