HsaINT0180806 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000155975 | VPS37A
Description
VPS37A, ESCRT-I subunit [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:24928]
Coordinates
chr8:17286347-17298024:+
Coord C1 exon
chr8:17286347-17286427
Coord A exon
chr8:17286428-17294986
Coord C2 exon
chr8:17294987-17298024
Length
8559 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAAAT
5' ss Score
6.62
3' ss Seq
TTTTATTGTTTTCTTTCTAGATT
3' ss Score
10.86
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATTTTCCTGGAAACATGAACTGCCAAGAGAGGAATGGGACACAAAACCAAACACTGTTTTATATTTATGGTTTGCAAACTGGCATTTCATCAGTGGCTAAATTCACAGATATCCTATATAGATTGTATACAGAACTGAGACTGATTTTGTACCGATTAGAATGATTGCTATGATCTTTGAGAAATTTTTCTGCACTATTTGCACTGAAATGTTTATTTATTGTTGATAAATTGTATCATATTTAAGTTCCACTGCTGTTCCTCTTACCTTGATTAAATGCCTATGCATGTACTTTTAGCTAGTTTTTAATATTTTATAAAACTTCATTTAAATTTGTATTTTTAACTTGAAGTTCCATTTCTTTATCAAGGATGGTATTTAGATTTTTTTCCTCTTAACCTTTTTTCAAAAACTATTTTCAACTGTGAGGAAACCCTTATTTTTCTTTCTTTGTGGATAAAACTTTCAAAAGCAATTTAAGATATTCATAGTGTTAGGAAACACCAAACCTGCCTATGTGCCATCTCACAAAAGAAACTTTTAATACCTACAATAAATCAAAAGAATAAACCAGCTGTTCTTATATATTGTTTCATTTTTAAAACTAAAGATGCATTTAAGAAGCAATACAAGTAAATATTTTACCTAATAGGAAAAAAAAAAGTTGCCTTTCATTTAAACCATTCCAACAGAAATTCTTATGCTAATTTAAAACATATATATATCTGGTAGGTTTGTGGTTGGATAGGTTTTCTAAATTCCTAATGTTAAAAACAATCTTTATGTTAATATACACTAAATCTATACACAAAAAAAGTCAGTGAACTTTTCTGACCTTTACTGTGAGTTACCTTTTCCTAAGAGGAAAGCTATAGTAATAAGTAAAATTTAATTTTTAGGCAATCCTGATTTTTAATGAATTTAATTGAGTGTTCTTGTATACTACATTGAGCAGTTTGCTTCTATACCGTGTCACAAAATTCATGTATTTCTTGAGAAGCCCTAAAAGCTCATAAAGGAAAATGCCGTGAACTATGTAGCTCAGGCTTGGTAAGGTGCCATCTAAATTACAAAACAAACTAATGCATAATTTTGCTTAAATTTCATCCCAGTATGATTGTCTTCCCAACACCAGCATATAGTATAGATTGTCTGTCTTTTTTATATTTTTTAGTTCTTCCTGTACATGTTTTTGGCAATAAAGTTATAGGAAGAACAAAATTATTTTGTTAGAATTAAAACATGCTTAATATTTAGTCTGTTTGTGGAGGGCAGGTATTCACGTGGACTGAGATACAATGTTGGATACAGAAAATAACTTTCATTGTCTTCCTGACACTGTGCTAAGGACATGCTGTTAAAGCTTCAAAGTGACCAGATGAGGAAGGAATAATTAATTATTACTCCTGATTTGTAGATAACTGAGGTAAGAGTGTTTCAAATTTATGATAGTCTTTTGGGTATTCAGAAACCTTTCCTTATACTGCACTGGCCACCAGAGCTTAATTTTCCCAGCAGTTACAGCAATGGGAGATAGAACAGTCTCAATCTTTTGCCAACCATCAGGTTCCTAGAAACCAGGTAGGTGTATCCCATAACAAGGGAGGAGCATACCACAGCCCCTCATTTGATTAATTCATTTGATCTATCTATGTTATTAAGTACCTACTAGGAATAAGGCATTGTGGAAATACTATACAAAGATAAACATTGTTTAGATGCTTATCTACTTTCCTTTTCACCAGAAAAACAGAAAAAAAAGAAACATTTTCTTACAGAGTAAAAATGTTCTACATAATCACATGAGTAGTTCATCTCAGTGTTTTTTATTCTTTAAAGTTGAACTATCCCAGTTTCATTCTATACCATTCATTGGATAACCTTGTTACAACCCAGTCATGAAACAGAGCAGTGTGATCAGTTATCTGCATTTAACAAATAGACAAATCAGTTTACATAAAGGTTATGTATGTCACCCACGATGAAAAGAATCTGCATTTGAATATGCCCGTATGAATGTGGGTTCTGTTTTTGCAACAGAGATTAAGTGACCATTTTTTCTAATTTTATGGCTATATATTTTCTTCATAAAAATTGGTCACATCGGAGAAGCAGTGCCACAGGAAAAATGAAATGCATGTGAAAGTTTGTATTCTGATTTTACAAGATGAGATAGAAATCAGAATTAAAGAGGAATACTTAGGAGTTACTAGGCTAATCAGTGTACGAATTTGTCATAGGTAGAGATTTAAAGGTTAATATCTTAAAATAGAAGAAAATTCTAAATCAATCAATCAGTGAGATATAAACTAAACAGACCCACTTCAAAGTTGAAAGAAATTTCTAGGCATAAATTGAGACTAGGAAATTTATATCAGAATAGAGGGTGCTTGACACATATATATGCTTAAATTGAAGGACAGCTCAGATTCATTTTTAGGAGAAGAAAGTAAACTAATGTGCTCTTAAAGAATAAAAATTTATTCTATGGTTTCTGTCTCTGATCATCACCTTCCATTCTATAAAAAGCTCAGTTACTGATTTGCTGGGTCATGGTCAAAATTCTTACCTATTTATTTCATATCAACTTTAAAAAATAAATTACTTGCATTCTATATATTACTAATTGGGAAGTAATATGCCTCAAATCAGTTTTATACTGGATTATTCCCTATGCTTTAAACCACTGCTCTCAATAAAACACTTCCTGATTAATGTTTGATTATTAGATATTTTAGTCTTGTTGGGGATATTTTAGTCTTGTTGGGTTAGCCATGCTCTGAAGAATCTGTGAAAGTACAGTAAAGTTTTAATAAGCAATAAATGTAACCTTTTATATAAATCTCAGTGCTAGGTTAACTTCTAATAAGCAGACGAACATGTTACATAAATTATAATGTCTGTCTTGTAAAAAAGTTGAGGGGACTAAAAGTTTATGACTCTGATATGGAAGTTGTCATATTAAAAAACTACATTTTAAAACATCAAATATTTATACTATTTGCTTTTCAAATAAAAGCATAGTGCTGTTTGGCATA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000155975:ENST00000324849:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
3' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.038 A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF072008=Mod_r=PD(7.3=40.7)
A:
NA
C2:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains