MmuINT0173984 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000031600 | Vps37a
Description
vacuolar protein sorting 37A [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1261835]
Coordinates
chr8:40544944-40551134:+
Coord C1 exon
chr8:40544944-40545024
Coord A exon
chr8:40545025-40546275
Coord C2 exon
chr8:40546276-40551134
Length
1251 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTATGC
5' ss Score
7.53
3' ss Seq
TGACATTTTTTTCATTTCAGATT
3' ss Score
10.42
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTTGCCACTGTAGAAGAGCTAAAGAAGAGAAGCTTCACCAGGTGATAGCGATGCACAGCCAATTTCATGCTCCTCTCTAG
Seq A exon
GTATGCATTTCTAGCTAGTGTCTCAAGGCTGTTATACAAGTGTGCTTTAACTTAATAGTTCTTAACAGTGCCTGCTCACTGCTTTAACATGATTCTACCATTATAGTTGTTGATTGTTCTAAAATGTTGACAATTATAAACATGACCATATAAGTACATCTATAACCAGTAAGAACTCTGTAGATAATTTCTCAGTACTTCTGTATCCTTAGTGAGAGTGTGCGTTTCTCCTAAGGGTAGCTTACAGTCATGCTTCTACCATTAGGAATGTCTTGTTTACAGAAGAAAACCTTGCCCCGTATTCAATTGCTGTGATAAAATACCATGACGAAGGTATCTTACAGATGGAAGAAGTTATTTGTGTTTATTGTTGGTGAGGGAGAATCCATAATGGTGAGGCAGGCTTAGCATCAGGCAGCTGGAGCGGGAAGCTGAGGGTTCACATCTTTAACCACAACATGAAGCAGAGAGCAGACTATTAATACAGTGTGTTGTGACCTCTCAAAGTCCACCCATAGTGACTTACAAGCAAGGCTGCACCACCTCCCAAGACAGCACCAGGTGGTCAGCTACCCAGGTCTATTGGGGTAGCTTTCTTTCAAACCACACAAACTGAAATAAGAGCTTGTTAACTGAAGGAGAACACAAAGTTAAGGAAAGTGCAGCCCAGTTACTGAGACAGACGAAGCCTCTCAGTAACCAAAACGCATCTTCCTTCTCAGGCTGGCTGTTTCCGCTTTCTGCATGAAGTCTGATCAGACCCATTGCTTTCCATGTATTCAGCAAGCACTGACCTACATCACCAGTTCCATTTTTTAGTCACCCATCAACCACAGCAGCTGCTGTGCACTGAGAGTCTTGAGTTGCAGTACTAATCCCTAGGAGAGGATGAATCAGCTGCATGCAGCCATCTGGCTGAAGGAGAGGACTTTAAGGAGGAGCATGGGGGATTCTTTTGAAAAGGGATGGAGTAATAGGCATTTCTTATCTCGAGTTTTTATTCCATTAGTATCGCCTCTGAATTGTGTTACGTCTTAATTTCCAAACTGAGATAATTTTTATACTACTTGTGTTTATCCCAGATCCCAGCCCAAGCAGTAGAAATAGATTATTGAAAGGAGCACACTGTAATCTTTTCCTTGCCCAGTTCCTTCCCAGTCAAGTTACAATACCTTAACAGGAAGGCAGTATAAAGGATCAGGGTTGATAATCTTAAATTAAATCTTAAATTTGACATTTTTTTCATTTCAG
Seq C2 exon
ATTTTCCTGAAACCATGAACTACCAAGAGAGAAATGGGACACAGGCCTAAGCACATTGTTTTCTATTTATGACTTAGGGATGGGCACTTGAAACCATGGCTGAGGTCCAGATGCGATGTAGATTGTCTATCACCTGAGACTGATTCCGTACAGATTAGAATGACTGCTATATTTGACAAAACTTTCTGCACTATTTGCACTAAAGATGTTTATTGTTGACAAATCCTGTATTTAAGTTCCTCTATTTCTGATTAAACATCTATGCATGTAATTCTAGCTAATTTTTAATATTTTTAAAAACTACTGATTTACATTTTTAGTTTTAACTTGAAGCTGCCTCATTTATCAAGAGTGCTTATTACTTAGATTCTTCTTCCTGTCAGCCTTTTCTTTCAAAACCTATTTTCAGCTGTGAAAAGGTCATCTAGCCCACCCCGATACACACACACACATACACACACAGACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACCCCTTTCTTTCTAGATGATGAAACTGTCCAGAGCAGTTTGTTTTCAGATATTCAGTGTCAGGAAACAGCAGTCCTGCCAAGGTGCCATCTCAAGAAAGCAACCTGTAATACCTGCAGTAAATAAGAGTGAAGAATCTACTTTCTTACAGTTTCACTTTCAGACTAAAGATACATTTAGGCAGCGATACAGGTCAATGCATTGGTTGTATTTTGTTCTGGAACAGGTTGCACTGTGTAGCCCACTCTAGCCTCAAACTTGTGCTTCTCCTCCCTGAGTACAGGGTTACAGACAGGTGCCATCATCTCATAAATAGATATTTTACTTATTTTTAAAACTGTCTTTCACTTAAACCAGTACAATACAGACTTCCATGCTAACTAAAATAAATAAGTATATATGGGTTTTGGGTAAATGATACTCCTTTTATATTCCAAATGTAAAAACAAACAATTCCTTTTGTTAAGAAATGGTAAATCTAGGCAGAAATAGTAAAATTTTAATACTTTGACTTGACTTTTTAAACATTTTTTTTCCTAAGAAAGCTTTATAATAACAAGTAATGTCTTAATTTTTAATGAATTTAATTTTCTAATTGTAGATGTATTCAGCAATTTGTTTCTGTATTTTGTCACAGAGCTAAAGAAGAAAATGAGTACATATCTGAGGTTGGTAAGTTAGGACCTAAATCACTAAATACCATAACACATAATTGCTCAGTTTTCATCCGTGACTGTCATTCCAAAGCCTGCATACATTATGGATTGTCTTCATTTTTCTTACTCTACATATTTTTGGTAATGGAGTTTTAAGAAAGTCATAAATATTTTCTTATTGAAAATTTTTTTCATGTTTGTGGAAGACATATTCCTGTGACTATAAAGATTATCCCGTGCTGGGTATGCACCATGATAGCTGCCTGTCTTGCTGGCGCTAATGTTAAGGGTATGCTATGGAATCCTCAGGCAGACCTACAGATATAGGTGAGATAACAGGTGGAGTCATGTTTCACATTTGTGACCAACTTGGGGGCATTCAGAGACTTCTGAGTGTACTGGTATTTGTGTTTAACATTCCCAGCAGTCACCATAGTCAGTGGAGAATTTGCCAGTCACAGTCTAGTTGCTTTCTTAAAAAACCAGGGATATCCCAGAACAAGAGACCAGCAGTCTTCTTATTAAGGTTTCTGCTAGACACCTCACTCAGTATTGTAGAAAGACTACCCAGAGACAACACAAGTGTGACACACAAACACAAACACACACCACACTTGCTCACCCAGGCCAGGGCATGCTTTTCTTTAAATTTGTATTATCCAAGTTTCATTGTCAATTAATGAAGCATAATTTCTCCCTAAAAATTCAGAGAGCCTCTTTACAATCCAGACATTAAACCAAGACATTTGACCACAGTTGCTTGCCTTTAGCAAGTTGACAAACTAGTTCAGACATGTTTATTACTTGTAGTGAATATCTGAATATGCCAGTGTGAATTTGCATTCTTTATTTGCAGGAGACAGAGTACATGGTTGTAATTTTATGGCCATATTTTTTCTTTGTAAAAATTGGCTATAGATCTGAATACCAAACACATACTCGGATTTTACTTTAGTATAAAGGAAAGCTTAGGAATTACTAGACTACCTAGGTAGAATTTGTCAAGGATATTTAAAGGTAAGCTGTAACAAGTCGGGAAAGTCAAAGTTGGGTGAAAACTTCAGATTAAATGAACAGAGTATAGAACAAAGGTTGTTTGACCACAGTTTATATATTTAAATTGCAGGACAGCTAAGATTCTGTTGTAGGAGAAAGAAGTAAATTGAAGTTGTGCTTTCTGTTCTTTTAAGGCAGGGTTTCTAGCCCAGACTGCGCTCTAACTTTGATGTAACTGAGGATGACCTGGCTGTCGGGTCTTCCACCTCTTGAGTACTAGGAGCCTAAGCATGTATCACCAACCCCAGTCCTGTGGAGCTTGGGGACTGAGCTCAGGGCTTCATGCCTGGAAGGAAGGCACTCTTATCTATTGGCCGACCTGCATCCTCTTAAGGAATGAAAACTTGGGCTGGGGAGGTGGCTAAGTGCTAACTTGTGTGTCATGCAAGCATGAGGGACCCGATTCAAATTCTTAGGACCTATATAAAAACCTGGTACATGGTAGAACAGGCCTGAAATTCCATCACTCCTATACAGGAGAGGAATGAGAGACTTGTCCCAGGAAGCTTTGCAGGCCAATTTATATAGTAGGCAGAATGGCAGCCAGTGAGGCCCTTGTTACAAACAAGGTCGGGGCACGGCCTGACACCTGTTGTTCAGTGTTCCTCTCACTTCAGCACTGAAGGTTGCTGGGAGGTTTTGTTTTGTTTAAATTGCCAAATGACTTGTTCAAACATGATCAAAATTACTAATCAATTGAGCTGTAACTATTAAAGGTTGGGAAGTAATGTCCTGAATAAGTTATATATTTTGAAGTATTCTCTGAACACTGCACTAAATAATAAAACACCTCACAACTGAAGCTTCATTTAGAGTGAACATGTAGTACTAGAGGTTTCTAGTTGAATCGACCATGACTTATCCAGGGACTCTGAAAGGCAGGCTGCAGTGAGCATGTGTAGCTTCAGTATTGACTTGTAAAAAAAATAAAAATGACTCCATGAACATACCTAAATTATGTCTTGTAAAGGGATGGAGGGAACAAAAAGCGTGTGGCTCTGATGCTAATAAAGGTGTCACATTAAAAAGTAAAAAATTTAAATACATACATACTGCTTGTTTTTCCAAATATGTAGTACAGATGATGTTTTATCTTTGTTGTTGACCTATTGTCTAAAGAGCAGGTACTATACAAATGGCGAAACAGCCAGGCGTCATGACACACACCTTCAATGCCAGCACTTAGGTGGCAAAAGCAGGCAGGTCCCTGAGTTTGAGGTCAGCCAGGGCTACAGAGTCAGATGTTGTCTTAAAAAAAGAAAGAAAGAAAGAAAATAAGTGATTTATGTTATAAAGCTGTAAAAGCCATTCCCACTATATTCCATATGTTTATTAGCTATTCTATAGGAAATGAGTAAATATTCCTTAGGCTTACTTGGGAAACTTTCCAACAGAAAATGCTCAATTTAACATCTAAAGGAATTACACTTGCTTTATTTTTGTATTAATAATATTTTTATATTACAGGCCTTTAGTATATTAAATTCATTCTGTCTTCAAATGTGAGCATTATTATATTGTATGACATTATGTGATGTGTGTGTATAACTCACACTATGTTTTAAGTCTCTTATCCTTTCATATTACTGTATTTCTATTTCCAAAAAAATTGAATACATTATCTGATAAAAATTTTCACACTTTAAAGTACTGTTATAAAAAACTAAGATTAAATGTATCTCTTTATTAGAATGTACTTACACTGTAAAATCATATAATAAGAACATTTCAGTATGTTCAAACACAGCAACATTTCTCCATTAAGAGTTTTCAGATCAAAAGCTCAATTCAAATCCTGTTTTAAATGCATTTTAACAGAAACTTCAGAATTGCCATCCAGTAGTCCATGGTCATGAGATATTGCTAATGTTACAGAAAACATTAGCTTTCTATAGAATTTGTAAAATGAAAAGTGCTGTAACCTTTATTCCCTGTGTTTAGCAGATGGGTTGGGGGTTTGAAGAATGGCTCCCAAAGGCTCATCTATTTGAATGCTCTGTTCCTGGTTGGTGGAACTGTTTAGGAGGGATTAGGAGATGTGGCCTTGTGGGAGGGGGTTTGTTCCTGGGAGCTGCCTTTAAATTTTCAAAAAGCCCATGCCTTTTCTAGTTAGCTCTCACTGCCTCTTGGTTATGTCTTGAAATGTGAGCTGTCAGCTGCTGCTCCAATGCCATACCTGCTTGGCTGATACCATGCCTTCCACCATGATGGTTGTAGATTCTAACCCTCTGAAACTGTAAGTCCTAATAAATCCTTTATTCTAGTTGCCTTGGTTGTGGTGTCTTATCACAGAAAGCATGCGATAACTACATGATAAGCAAATTCCCTCGTTCTTGACCTTTTCCCTTGTTGATGTATCACTACCTACTGCATTTAGAGTGTTGTAGTTTGCAATCAGGTTGGCTGGCTCACAGTTTTGTTATGTGTAATCTCTGAAAGAGTAGTAAAAGGCTACTAAGAGCTAATGTCTGGACTCAGATTCGAGATGGAGAAAATGAATCCAGCTTCAGCTTAATAGGTTCTACATTCATGGTAAAGAAAGACAGACATTTTTTTGAGAAGCAGAAGATGCTCCACAGGGGAAAAATAAAATGATTACATTTATAACAGAAAAGGGTACTCTCCATATTTATTTCTTTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000031600:ENSMUST00000098817:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
3' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF072008=Mod_r=PD(7.3=40.7)
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
TGCCACTGTAGAAGAGCTAAAGA
R:
AGCTAGAATTACATGCATAGATGTTT
Band lengths:
357-1608
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types