HsaINT0185548 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000249760 | ZFP82
Description
NA
Coordinates
chr19:36882861-36896574:-
Coord C1 exon
chr19:36896482-36896574
Coord A exon
chr19:36885013-36896481
Coord C2 exon
chr19:36882861-36885012
Length
11469 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGG
5' ss Score
10.07
3' ss Seq
GCTTTCTTGTTTTATTTTAGATT
3' ss Score
10.97
Exon sequences
Seq C1 exon
GATGCTTCATTTCTAAACCAGATGTGATTTCCTCATTGGAGCAAGGAAAAGAGCCTTGGAAAGTTGTGAGGAAAGGAAGAAGACAATATCCAG
Seq A exon
GTGAGGGCTAGTTGGGCAGGAAGAAGCCATCAACACAGGGAACCCCAGATCACTGGGGAAGAGACACATCCTTATGTTGTTTAGAAAGCCCTCTTGAAAGGTCTGTGGCCCAAGGAGGAAAGGTCTGTGGCCCAAGGAGGAAAGGTCTGTGGCCCAAGGAGGAAAGGTCTGTGACATGGGGAGCAAATTAAGGTCTTAGCTGGGGGATACTAAAAGAAGCACTTATTTGTCCCATTTACCACTCTTCTTTTTTATTATTGTTCTCTCTAGTTTTCCTCCTCCTTAATGGAGCTGAGGGGTAAGGTGGTGCTCTCTTTGGCTCACTGTTGACAACCATTGTATATTTTGATTCAGTTGCTTTCCTCCTTTGCATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTGAGATGCAGTTTCGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAATGCAATGGCACAATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGAGTTCAGGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTTCTGAGTAGCTGGGTTTACGGGCGTGTGCCACCACACCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAATTCCTGACCTCAGGTGATCTGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGAGATTACAGATGTGAGCCACTGTGCCCAGCCCCTCTTTTGCATTTATAGTGTCAGCTGAAGAATGACAAAGTTCATACATTTGGAAAGGAGAGCTTTATTTTTCATAAAGGATTGCAGCCTGCAAGGCGGTTATTCTGACAGACTGGGAAGTGTAGCCTAGGCTTCTGCCCAGAGACGGGCATTTCGAGGGAGGGAGAGGGTAAGACAGAAATGTATGCTGAATGTTAGCCAAGTATACATATTCAACAGGCTACAGGAGGAGCTATGAATACTCAGGAAAGAGACTGTGCACATGCATATTAGGTTAACATAAGTCCTATGGCCACTTTAGGGTAGAGATTTAACATTTAAATGCATTATAACTAGGACCTATGCATTAAAAGGGTAAATGTAGGACACAAGTCCATGATCTGTGTATCCTTGGGAGACCAGTCAAAACCAGTCCAAGGCTGGAAGTCGTTTATCAAGAAGAAGCTGTGGACTGGAATAGCTGTCATGTTGGAACCATAAAAACAGGAGTGTGGAGTGGTGGGGGAGTGTTCTGATGAAGTAAGCAAAAGGGTCTTTCAGCCTTTTATTTTCTCTAGCTGACTTTTGAGAAAATCTAATGATCAGAAAGGTGAAAGGGATTGGAAGCAAATGGGTCATGACCAGCCTTCTGTCCTGCCATGTGCCATGACTAGGAACATGGGGTCTTTAGCCAAAAGAGGGTCCTTCAGTCTGTCGGGGTTTAGGACTTTTACTTCGGTCTTTAATAAATAGACAGGTGGCCTTGGAGCTGGGCACTGTCACAGACACTATCAATATAGTGGTAAACAACCAATCAAGTTTCCATCCCCACGAAATTTACCTTGTAATAAGAGAAACATAATAACTATAAATAAATAGGAAATACAATGTCAGGTAATGAGAGTGCTATGAAGAAAAGTAAGCAGAGTAAGGGGATGGAGATGTGTGCTGGGAAGACTCTTTTAGTTGTCAGAGAAGCCTTTTTTCCCCCAACTTTTCTCATAAATTATTAAAGGGAAATAAAAGACTACAAAAATGATATGCTTGATAGTATAATCATATATGTTTTATCAGCAACTAAAGTTTCATATGAATTATTCTAGAAGATAGCTCCTAGTTCACAGAATATCATTCTTATTTGATTTTTCTATCTATGTATTCATCTATCTTCACATTAAGAAGAAACATGGATATAATAGACTCTAGAGAGAATGATCTCATGGTCTTTTGTTTACCTTGTCTGTGCTGTTTTCATCTCTCTTTGCAGCTCTTGTTTCAAAAGGTTTTTTTTTTTTTTTTTCTTGCGACGGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCCCTCCAGGTTTAAGCAGTTCTCTGCCTCAGCCTCTGGAGTAGCTGGGATTACGGGCGTGTGCCACTATGCCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTTGTAGAGATGGGGTTTCACCATCTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTTGTGATCCACCCGCTGGATCCCAAGGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCGCGCCTGGCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTTACTCTGTTCCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGTGATTTCAGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGTGATTCTCCTGACTCGGTCTCCTGAGCAGCTGGGATTACAGGTGCCTGCCACCATGCCTGGATAATTTTTTTTGTTGTTGTTATTGTTTTTTGTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTCACCTAGCCTGGAGTGCAGTGGCGTGATCTTGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCAGGTTCATGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGAAGCTGGAACTACAGGCGCCCGCCACCACGCCCGGCTAATTTTTTTGTATTTTTTTTTGGTAGAGTTGGGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCAATCTCCTGATCTCGTGATCTGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCTGGCCATGCCTGGCTAATTTTTATATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTAACCATGCTGCTGAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCATGATCCGCCCATCTCGGCCTCCCAGAGTACTGGAATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCCGGCCACAAAAGGTCTTTAAAAATGTTTTTATTCAGAGACATATGTTGTAATTTTGTATTTTGTTCTCTGTATATTCAGGTCTGGCTAAGGACACTTATTTTAGGGTACTAGTTCTTATTTTATAACCATAGGACCATTTCAGTGCCTACACTGTTTGTAATGTTCTATCTTCTGACTTAACCTTCTACCAAAAGAAAGAAAAACATGCTTTTTCCCTCTTATCCCTAATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTCTTCTGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGATCTCAGCTCACTTCAAGCTCCGCTTCCTGGGTTCACGCCGTTCTCTTGCCTCAGGCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTTACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTTGATCTCCTGACCTTGTGATCCGCCCACCTTGGCTTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCCGGCCTCCTAATCTATTTTAAAATTCACATTCAGGTAATTAAATGACATTTGCAATTATTAACACTCAAAATGTATTGCAGAGGTTCCAAGTGAATAAGATAATATCCATTTAGTCAGGAAGCATTTAGCCAAAATAGTAACTGTTGGCTCAGAGTTAGACATCTTAAACAAGACCATGTATTTTTTTTCTTTCTTTTCTATTCTTCCTTTAAGAAAGTTTGATTAAAGTATAAATAACATGCCTTCAGAAAAGTGGACAGATGACTTTCTTGAGGTGATATTTGAGAAGAGACATGAAGTAAGGGCTCAAGACATGTCATTTTCTGGGAAAAGAGCATTATGAGCTGATAGAAAAGGTCTGAGTGCGGCATTAGCCTTGCTAGTCTGAGGAATAACAAAGACGGCCATTATGGTCAGACCAGGGAAAGGGAAAGTAAGAAGCTGAGATCAGAGTTAGGCAAGGACCCGGTAATGTAACCACTAAGAGAAATTGAAAGCCACGGGCTGCTTGTATTCTAAAATTATTTCTCCGGTTGAGTGCAAAAGCAGGAAGCACCGATACTGAGGCAGTTTCAGTTGTTGAGTTAGACAGGGTGGTGGTTTGGATAAGAATGGCATTGTTAGGAAGTAGTAAGAAGCTGTTAGGCTCATGATGTGTATGAAGGCGCTGTCAAAAGAACATGCTGATAGGATTATAAGTGAACTAAGTGGGAAGGAGTGATATAAAAGGAGAAGAAATGAGTGTTGGCTTAAACAACTGGGTGAATAGAAGCAGAATTTACTGAAGTGAGGAAAATAGGAAGAGCAAGTTGGAAAGTTGGCACTAAGAGTTTCAGTTTAAGATATTTTAAGTTTGTGATGATTATTATCTGTCCAGTTTGAGATGTTGCGTAGGCAGTTGAATACGTACACCTGGAACTTGGAGCGATTACAGCCTGGTTTATGTTTGGCTGTCTGTATGATTGGAATTTACATTCATGGATCTGGATGTGACCAACTAGGGAAGGCAGGCAGGCCCGAGAACTGACTCATGGGTCACTCCACCCTGTAGACCTTTGAAAGAGGGAAAGAGGGACAACAAAAGAGATAAAGAAGGAGCAGCCACTAAAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAGAAGGGGCAGCCATTGAGATAAAATAAAAATAAAGGAAATGTTTCACCATGGACGGAGTAGAGAATGAGGACTGAGAATTGACCCCAGGTTCCAGCAAGATGGAGAATCCTGGTAAGCTTGTCAAGAAAGATTTTCAATGGAGTCAGGATGAAAGCCCAAGTGGAGTGACTTGATGAGAGAAGGGTTTGTGAGGCAGTAACAAGAATGAGTATAAGACAACTCTGGAGGAATTATGTATGAAGGGAAGCTGGGAAATAGGGTTGTCAGTTACACTGGGGATATGGGTTAAAAAGCAGTGTATTTTATGACATTAGGGCATGTTTGTGTGCTCATAGGAATGATTCTATCGGTGGAGGAAATCAGTGCAGTAGAGAAAGGCATAATTGTCCTTGAGACTGGAGTAAGAAAGGATCCAGTGAGTAAGGGGGAATAAAAGGGAAAAACAGTGTAGTTATGTGTGCAGGTAGGTTGCTCAGGATG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Seq C2 exon
ATTTGGAGACCAAGTATGAGACCAAGAAGTTATCTTTAGAAAATGACATTTATGAAATAAATTTATCCCAGTGGAAGATAATGGAAAGAATTGAAAACCATGGCCTTAAGGGTCTCATTTTAAAAAATGATTGGGAATCCACAGGAAAAATTGAAGGACAGGAGAGACCTCAAGAAGGATACTTCAGTAGTGTGAAAATGCCATCTGAAAAGGTGTCCTCTTACCAGAAACGCACATCTGTTACTCCACATCAGAGACTTCATTTTGTTGATAAACCCTATGAATGTAAGGAATGTGGGAAGGCGTTCAGAGTGCGCCAACAGCTTACTTTTCATCACAGAATTCATACTGGTGAAAAACCGTATGAATGTAAGGAATGTGGGATGGCCTTCAGACAGACTGCACACCTTACTCGACATCAGAGACTTCATTCTGGTGAAAAACTCTATGAATGTAAGGAATGTGGGGAAGCTTTCATATGTGGTGCAGATCTTAGAGTACATCAGAAAATGCATATTGGTGAGAAGCCCTATGAATGTAAAGAATGTGGGAAGGCTTTTAGGGTACGAGGACAACTTACTCTGCATCAGAGGATTCATACTGGTGAGAAACCCTATGTGTGTAAAGAGTGTGGAAAAGCCTTTAGACAGTACGCACACCTGACTCGGCATCAGAAGCTTAATAGTGCTGACAGGCTCTATGAATGCAAAGAATGTGGGAAGGCCTTTTTGTGTGGCTCTGGTCTTAGAGTACATCACAAACTTCATACTGGTGAGAAACCCTATGAATGTAAGGAATGCGGGAAGGCCTTTAGAGTGCGACAACAACTAACACTCCATCAGAGAATTCATACTGGTGAGAAACCCTATGAATGTAAGGAATGTGGAAAGACCTTTAGCCGTGGTTATCATCTTATTCTCCATCACAGAATTCATACTGGTGAAAAACCTTACGAATGTAAGGAATGCTGGAAAGCCTTTAGTCGCTACTCACAACTTATTTCACATCAGAGTATTCATATTGGTGTTAAGCCCTATGACTGTAAGGAATGCGGGAAGGCCTTCAGACTACTTTCACAACTCACACAGCATCAGAGTATTCATATTGGTGAGAAACCTTATAAATGTAAGGAATGTGGCAAGGCCTTTAGATTGCGCCAAAAACTTACTCTACATCAGAGCATTCATACTGGCGAAAAACCCTTTGAGTGTAAGGAATGTAGGAAGGCCTTTAGACTTAATTCATCCCTTATTCAACATCTGAGAATTCATTCTGGTGAGAAACCCTATGAATGTAAGGAATGTAAGAAGGCCTTTAGGCAACATTCACACCTTACTCATCATCTGAAAATTCATAATGTAAAAATCTAAGAAAGTCTTTTCAACTTCTGTGTTATAGAACATTCTATGAATGTAGTAATTAATCTATTTTGCTCCATACATGCAACTGCGTTGGCATTAGAGGTTTTATACCATTAAAAGAGTGTGACAATGTATTGTAGTCCATCATCACTCAAACCTGAAACTTCAGCATATTTGTTCTAAAAACTAATCCTGTTATAAGAATGAAAAAGACATTTACCGTCATCCCTATCCCATCACTTTGTGTCATACTGGACAAGACGCTTAACTGCTCTGTGCTATAATTTTTTAATTTATGACATGGTCATATAAGAGTGCAGCAGTTTGACACACTTTCAATCAAGAGGTGGAATCTACATCCCTCTGTTGTATACAGGAATCTACATCCCTCTGTGACTGCTTCGCCCAGTAGAATATGGTAGACGTACTGCTGTGCTGGTTTCTTGACTCAGACTTTACTGGTAGGGTTACTTCATCTCATGAAATGACAGAACTGTCTTGTTACAAAGTCTGGCTACTTTGCTGAAGAGACCACATGAAGAGGCCCTGAAACTACGTAGAGAGGGAGAGGCACCTGCTGAACCCTGTCTTCTTGACATCCACCAAGATACCAGACATTTGAGTGAAATTTTGGATCCACCAGACCAGCCACCAGCTAAATGCCAGTGAGCGACTTGGTAACCTGAACTGATGCCATGTAGAATGGAAGAATTGACCAGCTGAGCCCCTGGCCCAAATTTCTGACCCACAAAAACATGAGATATAATAAAATGGTTGTTGTTTTAAGCCAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000249760-ZFP82:NM_133466:4
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.037
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)