HsaINT0185548 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000181007 | ZFP82
Description
ZFP82 zinc finger protein [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:28682]
Coordinates
chr19:36391960-36405672:-
Coord C1 exon
chr19:36405580-36405672
Coord A exon
chr19:36394111-36405579
Coord C2 exon
chr19:36391960-36394110
Length
11469 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGG
5' ss Score
10.07
3' ss Seq
GCTTTCTTGTTTTATTTTAGATT
3' ss Score
10.97
Exon sequences
Seq C1 exon
GATGCTTCATTTCTAAACCAGATGTGATTTCCTCATTGGAGCAAGGAAAAGAGCCTTGGAAAGTTGTGAGGAAAGGAAGAAGACAATATCCAG
Seq A exon
GTGAGGGCTAGTTGGGCAGGAAGAAGCCATCAACACAGGGAACCCCAGATCACTGGGGAAGAGACACATCCTTATGTTGTTTAGAAAGCCCTCTTGAAAGGTCTGTGGCCCAAGGAGGAAAGGTCTGTGGCCCAAGGAGGAAAGGTCTGTGGCCCAAGGAGGAAAGGTCTGTGACATGGGGAGCAAATTAAGGTCTTAGCTGGGGGATACTAAAAGAAGCACTTATTTGTCCCATTTACCACTCTTCTTTTTTATTATTGTTCTCTCTAGTTTTCCTCCTCCTTAATGGAGCTGAGGGGTAAGGTGGTGCTCTCTTTGGCTCACTGTTGACAACCATTGTATATTTTGATTCAGTTGCTTTCCTCCTTTGCATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTGAGATGCAGTTTCGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAATGCAATGGCACAATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGAGTTCAGGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTTCTGAGTAGCTGGGTTTACGGGCGTGTGCCACCACACCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAATTCCTGACCTCAGGTGATCTGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGAGATTACAGATGTGAGCCACTGTGCCCAGCCCCTCTTTTGCATTTATAGTGTCAGCTGAAGAATGACAAAGTTCATACATTTGGAAAGGAGAGCTTTATTTTTCATAAAGGATTGCAGCCTGCAAGGCGGTTATTCTGACAGACTGGGAAGTGTAGCCTAGGCTTCTGCCCAGAGACGGGCATTTCGAGGGAGGGAGAGGGTAAGACAGAAATGTATGCTGAATGTTAGCCAAGTATACATATTCAACAGGCTACAGGAGGAGCTATGAATACTCAGGAAAGAGACTGTGCACATGCATATTAGGTTAACATAAGTCCTATGGCCACTTTAGGGTAGAGATTTAACATTTAAATGCATTATAACTAGGACCTATGCATTAAAAGGGTAAATGTAGGACACAAGTCCATGATCTGTGTATCCTTGGGAGACCAGTCAAAACCAGTCCAAGGCTGGAAGTCGTTTATCAAGAAGAAGCTGTGGACTGGAATAGCTGTCATGTTGGAACCATAAAAACAGGAGTGTGGAGTGGTGGGGGAGTGTTCTGATGAAGTAAGCAAAAGGGTCTTTCAGCCTTTTATTTTCTCTAGCTGACTTTTGAGAAAATCTAATGATCAGAAAGGTGAAAGGGATTGGAAGCAAATGGGTCATGACCAGCCTTCTGTCCTGCCATGTGCCATGACTAGGAACATGGGGTCTTTAGCCAAAAGAGGGTCCTTCAGTCTGTCGGGGTTTAGGACTTTTACTTCGGTCTTTAATAAATAGACAGGTGGCCTTGGAGCTGGGCACTGTCACAGACACTATCAATATAGTGGTAAACAACCAATCAAGTTTCCATCCCCACGAAATTTACCTTGTAATAAGAGAAACATAATAACTATAAATAAATAGGAAATACAATGTCAGGTAATGAGAGTGCTATGAAGAAAAGTAAGCAGAGTAAGGGGATGGAGATGTGTGCTGGGAAGACTCTTTTAGTTGTCAGAGAAGCCTTTTTTCCCCCAACTTTTCTCATAAATTATTAAAGGGAAATAAAAGACTACAAAAATGATATGCTTGATAGTATAATCATATATGTTTTATCAGCAACTAAAGTTTCATATGAATTATTCTAGAAGATAGCTCCTAGTTCACAGAATATCATTCTTATTTGATTTTTCTATCTATGTATTCATCTATCTTCACATTAAGAAGAAACATGGATATAATAGACTCTAGAGAGAATGATCTCATGGTCTTTTGTTTACCTTGTCTGTGCTGTTTTCATCTCTCTTTGCAGCTCTTGTTTCAAAAGGTTTTTTTTTTTTTTTTTCTTGCGACGGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCCCTCCAGGTTTAAGCAGTTCTCTGCCTCAGCCTCTGGAGTAGCTGGGATTACGGGCGTGTGCCACTATGCCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTTGTAGAGATGGGGTTTCACCATCTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTTGTGATCCACCCGCTGGATCCCAAGGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCGCGCCTGGCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTTACTCTGTTCCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGTGATTTCAGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGTGATTCTCCTGACTCGGTCTCCTGAGCAGCTGGGATTACAGGTGCCTGCCACCATGCCTGGATAATTTTTTTTGTTGTTGTTATTGTTTTTTGTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTCACCTAGCCTGGAGTGCAGTGGCGTGATCTTGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCAGGTTCATGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGAAGCTGGAACTACAGGCGCCCGCCACCACGCCCGGCTAATTTTTTTGTATTTTTTTTTGGTAGAGTTGGGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCAATCTCCTGATCTCGTGATCTGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCTGGCCATGCCTGGCTAATTTTTATATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTAACCATGCTGCTGAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCATGATCCGCCCATCTCGGCCTCCCAGAGTACTGGAATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCCGGCCACAAAAGGTCTTTAAAAATGTTTTTATTCAGAGACATATGTTGTAATTTTGTATTTTGTTCTCTGTATATTCAGGTCTGGCTAAGGACACTTATTTTAGGGTACTAGTTCTTATTTTATAACCATAGGACCATTTCAGTGCCTACACTGTTTGTAATGTTCTATCTTCTGACTTAACCTTCTACCAAAAGAAAGAAAAACATGCTTTTTCCCTCTTATCCCTAATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTCTTCTGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGATCTCAGCTCACTTCAAGCTCCGCTTCCTGGGTTCACGCCGTTCTCTTGCCTCAGGCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTTACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTTGATCTCCTGACCTTGTGATCCGCCCACCTTGGCTTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCCGGCCTCCTAATCTATTTTAAAATTCACATTCAGGTAATTAAATGACATTTGCAATTATTAACACTCAAAATGTATTGCAGAGGTTCCAAGTGAATAAGATAATATCCATTTAGTCAGGAAGCATTTAGCCAAAATAGTAACTGTTGGCTCAGAGTTAGACATCTTAAACAAGACCATGTATTTTTTTTCTTTCTTTTCTATTCTTCCTTTAAGAAAGTTTGATTAAAGTATAAATAACATGCCTTCAGAAAAGTGGACAGATGACTTTCTTGAGGTGATATTTGAGAAGAGACATGAAGTAAGGGCTCAAGACATGTCATTTTCTGGGAAAAGAGCATTATGAGCTGATAGAAAAGGTCTGAGTGCGGCATTAGCCTTGCTAGTCTGAGGAATAACAAAGACGGCCATTATGGTCAGACCAGGGAAAGGGAAAGTAAGAAGCTGAGATCAGAGTTAGGCAAGGACCCGGTAATGTAACCACTAAGAGAAATTGAAAGCCACGGGCTGCTTGTATTCTAAAATTATTTCTCCGGTTGAGTGCAAAAGCAGGAAGCACCGATACTGAGGCAGTTTCAGTTGTTGAGTTAGACAGGGTGGTGGTTTGGATAAGAATGGCATTGTTAGGAAGTAGTAAGAAGCTGTTAGGCTCATGATGTGTATGAAGGCGCTGTCAAAAGAACATGCTGATAGGATTATAAGTGAACTAAGTGGGAAGGAGTGATATAAAAGGAGAAGAAATGAGTGTTGGCTTAAACAACTGGGTGAATAGAAGCAGAATTTACTGAAGTGAGGAAAATAGGAAGAGCAAGTTGGAAAGTTGGCACTAAGAGTTTCAGTTTAAGATATTTTAAGTTTGTGATGATTATTATCTGTCCAGTTTGAGATGTTGCGTAGGCAGTTGAATACGTACACCTGGAACTTGGAGCGATTACAGCCTGGTTTATGTTTGGCTGTCTGTATGATTGGAATTTACATTCATGGATCTGGATGTGACCAACTAGGGAAGGCAGGCAGGCCCGAGAACTGACTCATGGGTCACTCCACCCTGTAGACCTTTGAAAGAGGGAAAGAGGGACAACAAAAGAGATAAAGAAGGAGCAGCCACTAAAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAGAAGGGGCAGCCATTGAGATAAAATAAAAATAAAGGAAATGTTTCACCATGGACGGAGTAGAGAATGAGGACTGAGAATTGACCCCAGGTTCCAGCAAGATGGAGAATCCTGGTAAGCTTGTCAAGAAAGATTTTCAATGGAGTCAGGATGAAAGCCCAAGTGGAGTGACTTGATGAGAGAAGGGTTTGTGAGGCAGTAACAAGAATGAGTATAAGACAACTCTGGAGGAATTATGTATGAAGGGAAGCTGGGAAATAGGGTTGTCAGTTACACTGGGGATATGGGTTAAAAAGCAGTGTATTTTATGACATTAGGGCATGTTTGTGTGCTCATAGGAATGATTCTATCGGTGGAGGAAATCAGTGCAGTAGAGAAAGGCATAATTGTCCTTGAGACTGGAGTAAGAAAGGATCCAGTGAGTAAGGGGGAATAAAAGGGAAAAACAGTGTAGTTATGTGTGCAGGTAGGTTGCTCAGGATG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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000181007:ENST00000392161:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.005 A=NA C2=0.038
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains