HsaINT0185551 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000184939 | ZFP90
Description
ZFP90 zinc finger protein [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:23329]
Coordinates
chr16:68558473-68567131:+
Coord C1 exon
chr16:68558473-68558568
Coord A exon
chr16:68558569-68563043
Coord C2 exon
chr16:68563044-68567131
Length
4475 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAT
5' ss Score
8.76
3' ss Seq
GTACTTTGGATTTCTTTCAGACT
3' ss Score
7.39
Exon sequences
Seq C1 exon
GATATCAAGTTTCCAAGCCAGAGGTGATCTTCAAATTGGAGCAAGGAGAAGAGCCATGGATATCAGAGGGAGAAATCCAACGACCTTTCTATCCAG
Seq A exon
GTAAATGAGTGAGAGTCAGGCATTAGGAATGAATGCAGTTAATGGCACAACTTAGGGAGGGGGAGATACCCTCCAGCAGCTGGCTTGCGATCTCCTAGATCTGCATAGGAGGCTGAAGCCATCGCCTGGCCGACACCTTGTAGGTCTCTCTTCAAAAGGGTGCTCATGCTCTTGCTGGATTATTTTTCCTCTGGTGGCCTCTGATTCCCTTCATTAATTAGAGATCCCTTCTCTTACTCATTCAGAATTGAACTCCCATATTTCTTCCCTGAATTGAACTCCCGTATCTCTTTGTTGTGTTGATCTCCCCCATCTTTTCCTTGTTTAGTCTTGCTGCTTTCACTGTCAGATGCCCCAGACTTGTAGGAAACACCCACAGCCTTCCTTGATTCTCTCTCCCTTGATAACCTGCCTTCAGACTATGTGCCTTGCCACCATCTTCCTTCCATCTCATGTTCATGCTGCTTTGACTCATTACCTCCCTCCACAGTTCTGTAGTATCCTCATCTCCCAGTTCCTCGCTTGTTAAGAGCTGCTTAGCTTTAGGTCTTTAGCTTTTCTTGCTTTTCTGCCTAAGTGACCCTGCCTTAAGGAACCTGCCTTCTAGCCTCCTTTCTTGATTACCTCCTTAACAGAGTACCTGCCTCCTGGTAGTTGCAGCTCTTTATTCTATGCCATAGACTCAGAAGTCTTCCTTATTTGTACCATGGTTACTTTTATCCTTCTCAGAAGTCACATAGTTCATATTAAATACATAAAATCTAAATCCGTCACCTTTCATCCCCCACCAGTATGTTTTGCTACCTTGCCTATTTCTCATTTCTACCCTTGCCTATTAGAATCCAAAGGATTTTTAATTGCTCAGGCTGGATACCCTAATTAGTTTAGTCTTTTATTTCAACCCAGGTTGTTTTCTTCCTATGAGAAGTAGCTTAGATTTTCTTGCCTTTTAACTTCTACTGGTGGCACTGTAAACCAGGGCCCAGATTTTTAAATTAATTAATTAATAATTTTATTGAGACAGGATCTCACTCTGTCACCCACGCTGGAGTGCAGTGGTGTGATCTCGGCTCACTGCAGTCTCTGCCTCCCGGGCTCAAGCAATCCTCCCACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTAGGACTATAGATATGTGCCACCACACCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTGAGGAAGAAACGAGGTTTCACCATGTTGCCCAGGTGGTCTTGAACTCCTGAGCTCAAGCAATCCACCCACCTTGGCCTCCCAAAGTTCTGGGATTACAAGCATGAGTGACCACACCAGCCTAATTTTTTTATTTTGAGACAGGGTCTTGCTCTGTCACCCAGGGTGCAGTGCAGTGTCTCTATCACAGCTCCCTGCAGCCTTGACCTCCTGGGCTCAAGCAATCCTCTTCCCTTTGCTTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGCTGAGGTCCCAGATTTAGATTGCTATAATTTCCAGTTGGAATAGCTCACTCTGTTTTTTCTTTTTATAAATCAAATGGATTTTTAAAATTGTAGCTTTATTGAGGTATAATTCACATACCATGAGATTCACCCCTTTAGAGCATAGAGGTCAGTGGTTTTTTCATATATTCAGATAGTTGTACAAACAGCAACACTATCTAATTTCAGAACATTTTCCTCACACCAGCAAGAAATGTCATACCCATTAACAGTTACTCCCCATTCCCCACTCCTCTCAGTACCTGGTAACCATTAATCTAATTTCTATTTCTATGGATTTGTATATCCTGGATAGTTTGTATAAATGGAATCATATAATATGGCACTGGCTTCTTTCACTTAGCATGATGTTTTCAAGGTTCAATCATGTTCTAGCATGTATCAGTACATCATTCTTTTTTACCATTGAGGAATATTCCATTGTATGGATATATCACATTTTGTTATTCATCAGTTGCTGAACCACACTGGATTTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTTGAGACAGAATCTCACTCTGTCACCCAGGTTGGAATGCAGTGGCTGTGATCTGAGGTCACTGTAACCTCCACCTCCTGGGCTCAAGCAGTTCTCATGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGCACGCACCAACTCGCCTGGCTAGTTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCTACTAAACTGCTATTGGCCAGCCTGGTCTCAAACTCCTAGCCTAATATGTTCATCCCACCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAAGCCTGAGCCACCATGCCCAGCCACTGGATTTTAATGCTTTATCTTCTTTTTTTTTTCCGAGATGGAATCTCACTCTGTCACCCAGGCTGGAGTACAATGGCATGATGCAGTGGCATGATCTCGTCTCACTGCAACCTCCACCTCCCGGGTTCAAGCAATGCTCCTGCCTCAGCCATCTGAGTAGCTGGGACTACAGGCACACGCCACCATGCCCGGCTAATTTTTTGTATTTTAATAGAGACAGGGTTTCACCGTGTTGCCCAGGCTGGTTGCGAACTCCTGAGCTCAGGCAATGTGCCCACCTAGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCGCCCAGCCTAATGCTTTATCTTCTTAAAATTTCTGACAAACCATTGCTATTACTCTCTGTACTTTACTATAGAAAATAGAAACTCCCTGATTTAAAAGTTCCCTATCGTACTTCCAGTATTATCCTTCTATTCCTGCTAAAACAGATCCCCTTAGGTTGAACTTCTCTTAATATTCTCTGTATGCAGCATATCTTTTTCCTCATTAGGCAATATATTCTGCCTATCCAAAGCCATTTGTTCTTTGAGTTCAAAATCTATCTAATCCATGAGATGTGATATATACTAATATTTATTTCTTCCTTTCCTGACAACAAATATCATTTATATCATCTACACTATAAAAACTCAGATTTAATAATATGCCATCTGATGGTTTTACCCTTTTCTAGTTGCCAAAAGATTGTCTTGTTTCTCTTCAAGCTCTGTTTATTATGGTATTTTAATATATTTTATCTGTGTGGCAGAGCATATAGAAAGCAATCAGAACATACTTGACTGATCAGTAAGAAATCTGGTTAGCAAGAAAACTTTTCTCATTTAATCATTTCCACAAGCATTTTTTGCATGTCCCACTGAGAACAATTCTTAAAAAAATTACAAGGCATTCTCTGTCCTCAGGAGTTGAGTTGATTCTTATTGCAGGGTAAGGAGTTTGGGGATTTAGGGTCTTATTGTGATTTCCTCTCTCAACATTTTATTAGGAACATTTTCAAATAGGAAAGTTGAAAAAAATTTTACAGTCAATACCACATACCTACCACCAAGATTATCACATTTGTTGTTGTTAACATGTTATTTTATTTGCTTTGTTAACATGTGTTTTATTTGCTTTATCATGTATTTCTTTAGCCATCTATCAATCCATCTTACTTTTTGATGCATTTCCAAGTAAGTTGCAGGCATAATTACATTTCACCCCTACACTTTTAGTATGTATGTCGTTAACTAGAATTCAATTTTTTTCAGTTTTTAAAAGAAAATGTTATATGCAGTGAAATGTACAAGTCTTATATGTACCATCCAGTTGGTTTTGACAAATGCATTCACTTGCCTAACCCAAATTCCTATTGACATAGAACATTTCCATCACTCCAAAAAGCTCTCTGCCCTTAGTTTTTAAAGGTTATCGTTCTTAAACCCTAAAAATCAATTTGCTTGTATCAGTGTTCTGAAGTAAAAACAGGGACTTAAAGATCAATTTATTAGCCAGATTGAAATAAATTTTTTGGTCAAAGGAGGTAATTAGTGTAGAACCGGAGCTCAAATAGATGAAAACCACAGTACCAGTTGTAAAGACAAAGATGATTTGCCTCCTGATCAAGGACCTCCTTGATCTCCAAGGGTTATACTTTACAAACTGAGAAAATGCAGTATTTCAAATAATCTTTTCAGTTGTATCACTGGGTACAGATTTTCTCTGCAGCATTTGGAGACCTGGAACCTGAGAGTTGACAGTAAAGAAATTATGAAATGGATATATTAGGAAGACAGATTTTGTGGTGGTTTATAAAAGGATAGGAGGCATGGAGAGCATATAGGATCCTAAGATGGGCTGTGATCCTGTTCCATTTGTATCTGTGCCTAACACAGTCCTGCTCACTTATTTCCTTATTTTCTAACCAACCCTCCTAGATGGGCTTTCCTCATTCTCTGGACTTACCACATACTCTGAATCTGCAGTCTTTGCTATCATTTCTTCACTTTTCCTTTTCTCCATTTTGGGTCGTCTTCTCAGGATACAGGAGTAATTTCAAAACAGAGTCATATGTAACTTATATGTCTTTCTTCATTCCTACTCTAGCAGTGTATTTCAACAGGAAGGAATAGGGGACTTTTGTACTTTGGATTTCTTTCAG
Seq C2 exon
ACTGGAAGACCAGGCCTGAAGTCAAATCATCACATTTGCAGCAGGATGTATCAGAAGTATCCCACTGCACACATGATCTCTTACATGCTACATTAGAAGACTCCTGGGATGTTAGCAGCCAGTTAGACAGGCAACAGGAAAACTGGAAGAGACATCTGGGATCAGAGGCATCCACCCAGAAGAAAATAATTACACCACAAGAAAATTTTGAGCAAAATAAATTTGGTGAAAATTCTAGATTGAACACCAATTTGGTTACACAACTGAACATTCCTGCAAGAATAAGGCCTAGTGAATGTGAGACCCTTGGAAGCAATTTGGGACATAATGCAGACTTACTTAATGAGAATAATATTCTTGCAAAAAAGAAACCCTATAAGTGTGATAAATGTAGAAAAGCCTTTATTCATAGATCATCGCTTACTAAACATGAGAAAACACATAAAGGAGAGGGAGCTTTCCCTAATGGAACAGATCAAGGAATTTATCCTGGAAAGAAACACCATGAATGTACCGACTGTGGGAAAACCTTTCTCTGGAAGACACAGCTTACTGAGCATCAGAGAATTCACACTGGGGAGAAACCCTTTGAATGCAATGTATGTGGAAAGGCCTTCAGGCATAGCTCATCTCTTGGTCAGCATGAGAATGCTCATACCGGAGAGAAACCCTATCAGTGTAGTCTCTGTGGGAAAGCCTTCCAGCGCAGCTCCTCCCTTGTTCAACACCAGCGAATTCACACTGGAGAGAAACCCTATCGATGTAATCTATGTGGGAGGTCCTTTAGGCATGGCACATCCCTCACTCAACACGAGGTCACACACAGTGGAGAGAAGCCCTTCCAGTGTAAGGAATGTGGGAAAGCCTTTAGTCGATGTTCTTCCCTTGTCCAACATGAGAGGACTCATACTGGAGAGAAACCTTTTGAATGTAGCATATGTGGGAGGGCTTTTGGTCAGAGCCCATCCCTTTATAAACATATGAGGATTCATAAGAGAGGCAAACCTTACCAAAGCAGTAACTACAGCATAGATTTCAAGCACAGCACATCTCTCACTCAAGATGAAAGCACTCTTACCGAAGTGAAATCCTACCATTGTAATGACTGTGGGGAAGACTTTAGTCACATTACAGACTTTACTGACCATCAGAGGATCCATACTGCAGAGAACCCCTATGATTGTGAGCAGGCTTTTAGTCAGCAAGCTATTTCTCATCCTGGAGAGAAACCCTATCAATGTAATGTATGTGGGAAAGCTTTCAAAAGGAGTACAAGTTTCATAGAGCATCACAGAATTCATACTGGAGAGAAACCCTATGAATGTAATGAGTGTGGAGAAGCCTTTAGTCGACGCTCATCGCTTACTCAACATGAGAGAACCCACACTGGAGAGAAACCCTATGAATGTATTGACTGTGGGAAAGCCTTTAGTCAAAGTTCATCTCTCATTCAGCATGAGAGAACTCATACTGGAGAGAAGCCCTATGAATGTAATGAATGTGGGAGAGCCTTCCGAAAAAAAACCAACCTGCATGATCATCAGAGAATTCATACTGGAGAAAAACCCTATTCTTGTAAGGAATGTGGGAAAAACTTCAGCCGAAGTTCAGCTCTTACTAAACACCAGAGAATTCATACTCGAAATAAACTCTAGGAACCGTGAAATTAAGGAATTTGCAGAATGCTTTAGCTAAAATGTTCTGATTCAGGATCAGAGGATTCTTAGAGAGCTTGGGAATGTAATGAATTACGTGTGTGTTTATACGTTGTGTGTGGAGAAAACTGCCAGTAGACAGATTTTTTTTTTTTAACATAAAGACACATTCTCAGATCTGATTACAGACTAGTGTAAAAACAGCTACATGTATGTAGCTGGTTGGGGATGATATGCCTGTATGTTGGACTTTGCTTTTGAATATATGTATGCAGGATATCATCAAGTTTCAACATCTTGACTTGTGACCCCCAATGTCAACAGCTTTTTTAAAAAGCAAATTCCTGCAGTAATGACCAAAACCCATTTTAAAAATTGCTTGACAACTGCACTCAACTGCAGCTCTTACATTAACTTCACCATGGAAACCAGTTCCAACTCCAGGAAGTCACCATTCAAAGAATTAGATCAACTAGCCCAACCACTTCATTGTACAGATGAAGACTGAAAGCCAAAGATGTGAAGTGGTTTCCACAGTATGATACAGCCTATAAGGGTAAAGCTGGGTTAAAAATGCAGGTTTCCTGGATTTGGGGCCCCATGGCCTTGCCAGTGAAAAGGTTATTTTTGGACTCAGAGGGCTTTAAAATAAATTTTAAGATGTATCAGATACACAAACATTTAATGGGCACCTATGGGTTGGACACTTTGAGAATTCTTAAAAGTATAAGTGGGAGCAAAATGTATGCAAATTTATCACAAACTATTTAAAGCAACTTCTTGGAGGCTTACAAACCACAATTTAACAGAAACTGTAGATGGTTGAACTACTAGTGACTTTTTTCCCCTTTTCCCAGTTACAATTATACTTTCAGCTAACATATGCCAGTTTCACAGAACTATTAAGTCCCCTTATTGTACTTTTTATGGCATGCCCATGAAAAAGCACTTTCTTAAGCCTACAGTATCAGATCAATGGGAAAACAACAGAAAACTAAGAGGAGAATTTTCCCGTTAATTTTCTTGCAGAAAAGTTAAGTCTAATTGCCCATTGCCATAAATTTTGCCTTGTACTCAGAGAAGCAACATGCACTGGCTCATTTTATGTGCAAAGAAAAGATTTCACCATTAAAAAAATTAACTTGGCTAGGTATGGTGTCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGTGGCTAAGGCAGATAGACTGCTTGAACCCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGACAACATGGTGAAACCCCATCTCTTTAAAAAAAAAAAAAAATCCAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGCATGCAGTGGTAGTCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGTGGGAGGATCACTGGAACCCGGGAGCAGAGACTGCAGTGAGCTGAGATCACACTACTGCATTCCAGCCTGAGCAACAGAGCAAGACACACACACATCAATTTATTTTAGTTGTATAATGCTTTTCTATTAGTAAAGCATCAGCTAAGCTTCAGTGGCCTGCTCCATCCCCTAATGACTCCCATGGGCTATCCTAAAGGAACTTCCAGAACCTTTGTTGGTGTGTTGACATTGACCATGCAGACCAATTTGGGCACAACTGGACATTGATTCCTTTTACACAAGAGCTGCCTCCCAAAGATAGATAAATTTTCCCAGCCCTAAATATGAATCATGGGGCAAGATATTGGTCGTATTGATGGTGAACCTTTCCTACTGGATTCTTTGCATGCCACATAGCAGGATTCATTGCCTTTCTCTCATCATGGATGGCATGCAGCAGCACCCAAGTATTCTTCATTCTTTGCAGGGAAAAAATTGTGCATGGGGGCTGAAATGTAATATGTGTAGCTCAATTAGTCTCTCCTCTGTGATGCAAAATGGAATATTCAATGGCAGATCTGCCCTTCTGAGATGCTGACCATCCAAAACACCTTGTTTATGGTGCACCATGATTAGCTCACACACAATGCCAAGGCTGTGCTTCTATTATCTGATACATAGTTTGACAATGGGTAATTCTACTCAGACCCTCCCTACTGATTGGCTAGGATGCCTGTCAGGAACTCATTATGCTACTGGTTGTTTGGGGATCCCCATAGTGGACTACTTTCAGGAATGGCATGAATTGTAACCAACTGAGTGCTGCCCCCACTGTTACGGAAGTTTATAAAACCTTAGTTCCAGAAGACCCAAAGGAGAGTACTGGTTTGTGTTTGGTGCTTGGCCTAGATCCAGCCACCACTCTGAAACTCAGCACATCTTCATTGACAGGGAGGGAGCCCAGGACATATGTGTGGCTCATTGACCAGAAGGCTTTCTTAGTCCCAACAGCCATGAACCATGCACTTATGGATACCCAGCCTTTTAGGGCTACGTGAAATGCATCCTTGTAACATCATTGTATTCTTTCAATAAATAGCCTTCTGAGTTGAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000184939:ENST00000570495:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.022 A=NA C2=0.249
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF0009621=zf-C2H2=WD(100=4.2),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.7),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.7),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.7),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.7),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.7),PF0009621=zf-C2H2=WD(100=4.2),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.8),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.7),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.7),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.7),PF0009621=zf-C2H2=WD(100=4.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains