HsaINT0186056 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000132950 | ZMYM5
Description
zinc finger, MYM-type 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:13029]
Coordinates
chr13:20397624-20409829:-
Coord C1 exon
chr13:20409617-20409829
Coord A exon
chr13:20399376-20409616
Coord C2 exon
chr13:20397624-20399375
Length
10241 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAATT
5' ss Score
8.55
3' ss Seq
ATAATCCTCTTTGTCCTCAGATG
3' ss Score
10.74
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTCGCCATGAAGTCAGCGTAAATAATGTAACACATAAACTGTGCAGTAACCATTGCTTTAATAAGTACAGATTGGCCAATGGTCTAATAATGAACTGCTGTGAACACTGTGGAGAGTACATGCCTAGTAAGAGTACTGGAAACAACATCCTGGTGATTGGAGGTCAGCAGAAGAGATTTTGCTGCCAAAGTTGTATTAACGAATATAAACAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
ATGATGGAAACAAAATCAAAAAAATTAACAGCATCAGAAAATAGAAAAAGGAATGCTTTTAGAGAAGAAAATGAGAAACAATTATATGGATCGTCAAATACACTTTTGAAAAAAATAGAGGGAATCCCAGAAAAAAAGGAAAAGACTTCACAGCTACAGCTTTCAGTAGAATGTGGCACGGATACATTACTGATCCAAGAGAATGTGAATTTACCTCCTTCTTCCACGTCAACCATAGCTGATACATTTCAAGAGCAACTGGAAGAGAAAAATTTTGAAGACTCCATTGTACCAGTTGTGCTTTCCGCAGATCCAGGTACGTGGCCCCGAATTTTGAATATTAAACAACGGGACACTCTTGTTGAAAATGTTCCGCCTCAAGTAAGAAATTTTAACTTTCCAAAAGATAATACAGGGAGGAAGTTTTCAGAAACTTATTATACACGGATTCTTCCAAATGGTGAAAAAACCACTAGATCCTGGTTACTTTATTCAACCTCAAAAGATTCTGTGTTTTGTCTATATTGCAAACTCTTTGGGGAAGGAAAAAATCAACTGAAAAATGAAAATGGGTGCAAAGATTGGCAACATTTATCACATATTCTTAGTAAACATGAAGAAAGTGAAATGCACGTCAACAATAGTGTTAAGTACTCAAAATTAAAATCTGATCTGAAAAAAAATAAAGCTATTGATGCTGCAGAACACAGATTATATGAAAATGAGAAAAATGATGGTGTGCTGTTGTTGTACACGTAATATACCTGAGTTGTTTTTTGGCATGATGATCAGAATCTTACATTACTCAGAAAACATCTGTCCTGCAATAGTCAGTACTATTGTGTTGTAAGTCTCCTCTACAGAGTAACTTGCAGCAGTTCCTTAGCAATAAGTATGATAGCAAATAAATAGCAAAGAATGTTTCCATTCTAAATCTAAAACTAATTAGATTCAATCATCATTAGGCAATGACTTCATTAGGCAATGAAGATTAACAATAGGTAATTGTTAATCTTCAAAATCTATCAATTTACACCTATTTAAAAATTGGCATTTAATGACTGCCATTTGATGGGTTTGGTTAATATTCTGTTCTTGGCCGGGCGCAATGGCTCACGCCTGTAATCCAAGAACTTTGGGAGGCTCAGGCGGGTAGATCAATTGAGGTCAGAAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACGTGGCAAAACCTCGTCTTTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGTGTGGTGGCACACACCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATTGCACCACTGCAGTCCAGCCTGAGCAACAGAGCGAGAGTCAGTCTCAAAAGAAAGAAAAATATTATGTTCTAATTACCTTGAAAGAGGAAAGAAAGGCTTGAATTGATCAATACCAGTTTGAATAAGATACTTATGTGAACAAGCATTCTCAACATTATTATTAAAGTAAAACTACTCAGTTTACAGAATGGGATCTGAAACTACAGCTTTTTGCTATTAAACCAAATACTTGTGATCTACTTTGTTTGAGCAAAACAGCATTATTTGTTATGTTAATGATGGTTAATTTCCATTTTATTGGTTTTATGTTTATTTTAATTTGTAAATGTTTTAGCATTTATTATTGTATGTGAACTATATTTACCTATTTTATGTTGATAAAAATATAAAAAATATTAAAATAAGTATATATTAAGTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000132950-ZMYM5:NM_001142684:7
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.179
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF064679=zf-FCS=PD(55.0=31.0),PF064679=zf-FCS=WD(100=62.0)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)