HsaINT0186281 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000170949 | ZNF160
Description
zinc finger protein 160 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:12948]
Coordinates
chr19:53075057-53086321:-
Coord C1 exon
chr19:53086262-53086321
Coord A exon
chr19:53075184-53086261
Coord C2 exon
chr19:53075057-53075183
Length
11078 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAG
5' ss Score
9.65
3' ss Seq
AAATGTGTTTTTCATTTTAGGTA
3' ss Score
11
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAGAAGTCTGGAAGAAGAGGAAGAGGAAAGAAAAGGAGTCAGGGATGGCCCTTACTCAG
Seq A exon
GTAAAGTGATACTCCTGGTGGATTGTTCTTTTATTTCTTCCTGAAATGCCTGGCATTGGCATTGCGAATCTTCTCTGAGTCTGAAGCGTCCTGCCTGACATGTTTGCTAGCACTCACCCGCGCCTTCCCTCAGTCCCTCTCATCTCGTTTAGATTCCATCTCCCGTGATCCAGTGACATGAACTTGGGAAGAGGCTGCACTGGGCATGGTCCTGGGAAGGGCTCACACCCAGACATGGATGGAGACGGGGTGAGGGTCCTGTGGTGTCAGTGCTGTTGGGCAGCAGGGATTGCTCAGGGGCCGCATCTGGATGCACTGTCAGCGCTGTGTAAACCATGATAACAGAAGCTGCCCATGAAGTCAGGTGCACACGTACCTGCTCACTGGCATAGAAAAGAACACTAAGGGGAAAGCTTTCCTGCCTCATTGGTAACTGCATTTGAAGCCGAACAAGTGAGTCATTGGATTTCCGACTCCAAACTCGTAAAGACTGGGAACAGAATGGAAAGTTTAGACACTGACATTGGAGATAGATGATTCTTTCATTCCATCATCCATTTTAATGTATGACGTCAACATAAATGTGTAACAAGATTCATTAAACTAGTCTCAGAAGCTCTATCCCATGGAGACTGTGATGTTCTTACAAGAACCTTTGTCCGTCGGGTATTGTAGGTGAGAATGGCATATAAGCAGAACAACCTTGCCATTAGAGAGAATGGAACTGTATTTTTGTTTTACCAGTTATGAGTCAACATTTTGTTTCTTTTATTTTGAACATGGCATCATGTATATATTTCTTTTATAGTGAAATGATACATTTATGTGCCAAGAGGTAAAGCATCCCTTTTCCTGTCCAGCCTTCCACCCTCCCTCACATCTTAGTGGGGAGCCACTGTTCTCAATTCTGTGGGAAGGGTCAGTGCAAGTCCTGTAGAAATGTATTTTGACATCATTATGAGATTTAAACAAATTCCTCAGTGAATGTTTGGTTGTGATATGTTAACCTGCAAGTTTTGAACATTGACATGTTTTCGTGTTAGGAAACAGGAGCTCACTTTTCTACATCCTTGTTGGAGCATGCTGGGAATGAAGACAGGTGGATCTTTTAACTTTCTCACTTCTATAAAGAATGCCACACAGGGTGCTGCATGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTGTGGAAGCCAAGGTGGGAGGATCATTTGAGCCCCAGAGATTGAGGCTGCAGTGAGCCATGATAGTGCCACTGCACTTCAGCCTGAGTGATAGAACAAGACCTTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGTGCCACCCTGGCTGCCTGTGACCATGCCGACTTCACTATGGATCGTGGAGAGTTCCTCCAGGCTGGACGATTGGAAGAGTGATCTCTTCTAGGATGGCACATTTCCTGTGTTGCTAGATCTGGCAAGATTCTATCCCTACCCCAGGTGCAGAGGTGCCCTCTCCCACCAATGCCACGTCAGATTTCCCCCTCATTAAGCAAACTTGCCACTGTGTTCATTTTATATTATGAAAATGCGGGGATAATGCAACCCATTTTATTTTCATTTTCTTATTCCTTGTGAGTCTGAGTGGGTTGCATTACTTTGTGGATGTGTATATATGAAATGAATTTTTATACTTTGCTCCATTTTCTGTTCCTGGAATTCAGGAGCTGTGTTGTATTCTGCGGTTTATTTTCTTTTTAACTTTTACTACATTTTTTGAGACAGGGTCTCACCCTGTTGCTGGAGCGAGGCCGGAGCACGGCGGCTCTGTCACTGACATGCAGGTTCAGTTGCTCGCTGCTTGCAGAGTCCAGTTAACAAGAGCAAGGTCTGGTAGAAAGACAGTGACTTTTTATTCCAAAGCTAGCTTAGGGGAAGAAGTACAGGCTTCCTGCCGTAAGGTACTGCATTGCTTTTGGAGCAGAAAGCAGGCGCTTTTAAAAGGCGGGCTTGGCATGAATGGCACTAAGGAGAGGAAGCGAGCAGGTGGGTGTCCCCCTAACTTGCTTCTGTGCCTTACGTACCAGGGGGTTGAGCTGGCAGCCACTGGTGCCTTCGTGGGCAGAACTGGGTTGTAAAAGTGGCTGAAACTCTCCGGGTGGGAGAGAGTTTTGTAGCAGGACTTTGGGTTGTAGATTGATTGCTGTTTCTCGAGGTAACCTCCTGGCAAGTGAGATTCCCCTCTGGAGCTCGAAGCACATAGTTGGATGAACTTGCCCTGTAGAGAGTGTCTGCTGAAGGGGAGGTAAAAGGTTATAAGTGTATTTCTAAAGGGCTAAGTAGGAAGTAGGGAACAGGGGAAAATGGGGAAAGGAGAAAATAAGAGAAAAAAATAATAACTCACTCCCTTTTTCTTAGAAAAATGAGCGTACTTGGTTACAGTACAGTCATGGCTCACTGTAGCCTTGACCTCCTTGGCCTAAGCAATTGTCCCACCTCAGTCTCCTGAGTAGCTGGGACTACGGTTGTGTGCTGCCACACCCAGATAATTTTTTATGTTTTTGTTTTTTGTAGAGACAGGGTCTCACTATGTTGCCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGGGCCCAAGCCATCCTCCTGACTGTGCCTCCTAAAGTGCTGGGATTATAGGCATGAGCCATTGTGCCCGGCTTGGTTTAATTCTTTATATACGCACTGTTGTCTTCCTTTCGATTACACATTATTCTACTGTAAAAATAATCTTTCGTTGCTTACCCCTTTCTCAATTATTTGTTCAGTTTATCTTATTTTGGAAGGCCTTAACGAAATGAAATGGTATGCTTTATCTTTATCTACCAGTGGATTGTTCACATGGCCTTTGTCTTTGACCCAGTTCCTGGCATATACAGCTCCTAAAATCTATAGAGTTTCCTAAGTGTTGTCTTTTTGCATGCTGATGCATTGACTGATAGCTGGCAGCCTCCAACAAGCTTCAGGATGGGGCCTGAGTTGCCAGAATATCCAAGGCAAGATTGGAAGATTGGGGCTTTAAACTCCACTCCTCAGCTACCAGGGAGGGGGAGAGGCGACGAAGGTTAAGTTGATCACCAGTGGCCAATGGTTTAATCATGCCTACTTCATGAAGTTTCTATGAAAACACAAAAGCACATGGTTCAGAGAGCTTCAGTTTAGGTGAACACGTGGAGATTCCTGAGGGTGGCATACTCAGGGAGGGCATGGAAGTTCCAACCCCTTTTCCAATACTTCACTGTATGCATCTCTTCATATGTATTCATTGTAATATCCTTTATAATAAATGGGTAAATGTACATAAAGTGTCTCCCTGAGGTCTGTGAGGTCTAGCAAATTAATTGAACCCAATGAGGGAGTTACAGGAACCCTGATTAATAGTCAGTCTGTCAAAAGCACAGGAAAAACAACCTGGGGCTTGCTGTTGGCGCCCGAAGTGGGACTGAACCCTCAACCTGTGGGATTTGCCACTATCTCCAGGTAGATGGTATTGAAACTGAACTGGGGTTGGAGGATACCCAGGCGGTGTCTGCTGCACAATTGATTGCTTGCTGGCATAGGGGAAAACTATACATCTGTTTATTTATTATTTGTTTGTTTGTTTATTGTTTTGAGAGGCTCTTACTCTGTTGTCCAGGCTGGAGTCCAGTCGTGTGATCACAGCTGACTGCAGCCTTGATCTCTGGGGCTCAAGTGATCCTCCCACCTTAGCCTCTGGAGTAACTGAGACTATAGGCACGCACCACCATGCCCAGCTTGATTTTTTTGTAGAGATGAGGTTTCATTGTATTTCCCAGGCTGGTCTCTTGAGCTCAAGCAGTACTCCTGCCTTGGCCTCCTAAAGTGCTGGGATTATAGGCATGAGCCACTGCACCTGGCCACATCTGATTTTAGAAGCATTTTCTGAGATTATAGTAGGAAAAACAATTTCATTTTTCCACAGAATATGTCTCATGGATTTGAATTTTTTTGTGTACATTGGTACGTACTTTTATTTGATTCATTTTAAACTATTTATTTTAGATTCAGGGGGTACACGTGAGGTTTCTTACATGGGTATATTTTGTGATGTTGAGGTTTAGTCTTCCAAAGATCCCATCACCCAAGTAGTGAACATAGTACCCGATAGATAGTTTTTCAGCCCTTCCCCTCTTCCTTCCTCTTCCTTTTTGGAGTCGCCAGTGTCTGTTGTTCTCATCTTTGTGTTTGTGTGCACCCAGTGTTTAGCTGCCATTGTGAGAACATGCGGTATTTGTTCTTCTATTTGTGCATTAATTCGCTAGGGATAACGGCCTCCAGCTGCATCCATGTTGTTGCAAAGGACATGATTTTGTTTTTTTATGGCTGTATAATATTCCATAGGGTATATGTCTACTATATTTTCTTTATCCGATCCACTTGATGGTCACCAAGGTTGATTCCATGTCTTTGCTATTGTAAATGGTGCTGCAATAAACATATGAATATAGGTGTCTTTTTGATAGAACAATCTATTTTCCTTTGGGTACATATCCAGTAATGGGATTGCTGGGTTGAATTGTAATTCTATTTTTAGTCTTTGAGAAATCTCCAAACTGCTTTCCACAAGGTCTGAACAAATTTGCATTCCCATAAGTGTATGAGTGTAAAAGTGTTTCCTTTTTTCTGAAGCCTTGTCAATATTTGTTGTTTTTTTTTTACTTTTTAGTAATAGCCATTATGCCTGGTATGAAATGGTGTCTCATTATGGTTTTGATTTGCATTCTCTGATGATCGGGGTGTTGAGCATTTTTTCATACGCTTGTTGGCCAATAGTACGACTTCTTTTGAGAAGTGTCTGTTTATGCTATTTTCCCACTTTTTAGTGGGGTGATTTGTCTTCTTCTTGTTGATTTGCTTATGTTTCTTATAGATTCTGGATATTAGTTATTCGTCAGATGCGTAGTTTGCAAGTATTTTCTCCCATTCTGTAGATTGTTTACTCTGTTGATAGTTTGTTTTTCTGTGTACAAGCTCTTTAATTAAGTTCCACTTGTCTA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Seq C2 exon
GTACGGTTGACATTTAGGGATGTGGCCATAGAATTCTCTCAGGAGGAGTGGAAATGCCTGGACCCTGCTCAGAGGATCTTATACAGGGACGTGATGTTGGAGAACTACTGGAACCTTGTTTCTCTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000170949:ENST00000599056:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.100 A=NA C2=0.009
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=WD(100=95.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains