HsaINT0186743 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000137871 | ZNF280D
Description
zinc finger protein 280D [Source:HGNC Symbol;Acc:25953]
Coordinates
chr15:56922374-56927448:-
Coord C1 exon
chr15:56927393-56927448
Coord A exon
chr15:56924321-56927392
Coord C2 exon
chr15:56922374-56924320
Length
3072 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAT
5' ss Score
8.88
3' ss Seq
TAAATGACTTTATTTTTCAGTAA
3' ss Score
6.86
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAATTGCAAGACCTAACATGGCTGAAAGAGAAACAGAAACATCAAATTCTGAAAG
Seq A exon
GTAAATATAAGGAAAAACTGAATTTCATAAAATTCAAGTATACAAAATAACACTTGAGCTGCATTATTTCACAGTTAACTGGCAAAGGACTATTTAAATGTTTGTATATAGTGCTATTTTCTGTAATGGCTCTTAATTAAAATAAAACTTAAAAACTTTAATCCAAGAAAAATATTCTCTATATCCTTTGTTTTTAAATCTTTTAAACATATAGAGCATATTTTATGTTGTTAAATTTTTGAGAAACTACTTACTAGCAAGTAAAATGTTGGCAGATTTTCTTTGCCCCTATTAAATGAAAACATTTACAAGATGCTGCATGTTACTGGACAGGAACAGTTGTTGCACATAGGTAATCTTAAGATTTTTTAAAGTATTTTCAAAAAGCTATAAGACTACTTATATGGTAGGATCACAATAGTTTCAAAACTCAGGGTTTGGCTTTTAAAATTTTCATACTTTGGTAGAATGTTAAAGAACACAAGATGTTTCACAGTCTTTTAGCAGAAGAGAATCTGAACATTCCAATTAGAACTTTATTCCAAAGAAGGGTAATTTTATTTTGTCTTTTAAGTAATTTGACCCATTTATATCTGTATGCTATATATTTTACTGTAGGTTGCCTGTTAGTCTGTTGAGATTAATCTTTTGTCCCTAAAAGCAAGTTATGGATTAAGTTCCTATGAAGGTGTTTCTTATACTTCAATAGTAAAGTTATCTCGCCCTTTCTTCACCTTGAATTTTTTGTAAGTTCTTGGGGGAATGTTAACAAAAAATCAACTAAGGAGTTAGAAAATGCGGACTGGTCATCTCTGTATTATTTAACATTTTACGTAAATTGTAGTTAGTCCATTATGATCTGAACAAAACTAAGAATTATACAAATTTGAAATGAGGAAAAAATAATTTTTTCCATATGTAATTGACCAGTTAAGATCCAAAAAATGAGTTAAGTGATTGAAATTAATGAGAGTATTGATTAAAGTAGCCTGGTGTAAAAATCAGAATCTTTCTACCACTAACATATGATTACAAAATATAGTGGACAGACTCACTCAATCATAATGTAACAAAAATGATACAAATAATTGATCACAGCCAGTTGCAGAGTTCTTTGTTCCTTCTCCATTCCCACTGATTCACTTGACTAGCCTTAAAAATATCTATATCTATATATAGAGAGAGAAATGGCCAGGATCCAGATGAAGAAAAGCAAAATTTTCCATGATAAAAAATAATATATTAACTACATGATAGACTATTTTACAAATTAAATTATGAATTTAATAAACATGGGATTTGTTTTGGAAACTGACAAACTTAAAAAAAGATTTATATTTTTCTCACTATTAATACCATAATGTATTTAATCATTCCTTTCTTGCTGGATAACATACTAGGTTTTTGGCTGGGCGCTGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCACGAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGACCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATATAAAAATTAGCCGGGCTTGGTGGCACGTGCCTGTAATCCCAGCTATTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACCTGAACCCGGGAGGCAGAGGTTGCAATGAGCCGAGATCATGCCACTGCACCCCACCCTGGACGTCACAGTGAGACTGTCCCCCCTCAAAAAAAAAAAGATAAAAAGATATTAGATTTTTTATATTTACTATTTTAAACATTGTTTTAATGAGCATCCTTGATAAATATCTTTTACATATTAAAAGTATGAAATTTATGGGGAAGAGTTGTAGATTGTAGGTGATTTGTTTAGTTCTAAAGTATATTGTTAATCAATAATTGTTAAAACTGGGTGCTACTGGTTTAGGAATAGTCTAAAGACAAATCAGTAGAACAAAACAAATAGCAGAGAAATAGCCTTATATAAATAGTAATTTAGTAAATAATAAATTACCTTTTGGAAATGTTGCTAGGATATTTGTGCAATTCATTGGGAATACGTCTAAATGTCAGATTAAATGTAAGAAATAAGGTATATGTAATCATTAAATTTATTTTCATAAAATAAGCATCCTTAGATCTAGATAATGGACTGATGATCTTCTTAGAAATCTTGTTTCTCATATTTTGTGATTCACTAGATAGTTTCTGTTAACACTTCAGGGCCAGAAGAAACACACAGAAGCACACATATATATATGTGTACAAACATGCACACACACTTAGATGTGTATGTATGTTATATATTTACATATACTTTTTCAGGCATGTGTTTTTTTTTTAAATTGGGCTATTAAAAATTAGAAAAATATGTTTGAATGCTTATCTGATTTTATGTATGGAAAGACATTCTAAACATAAGAAGCTATTTAAATCATAAAGGAGACTGGGCATGGTGGCTCATACCTGTAATCCCAGCCCTTTGGGAGCCAAGGCAAGAGGATTGCTTGAGCCCAGGAGACCAGCCTGGGCAACATGGCAAAACCTTGTCTCTATGAAATATAAAAAAAATAGCTGGGCTTGGTGGTGTGCACCTATATTCCTAGCTACTTGGGAGGCTGAGGTGGGAGGATCACTTGAGCCCAGGAGGTCAAAGCTGCAGTGAGATATTTGCACCACTGTGTTCCTGTCTGGGTGACAGAGCAAGACCCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCATAAAAAAATATAGATTTTTTTCCAAATATATTTTTTTATTTTAGGTACTTTTACAAGTTAATAAAAATACTTAAATTTAAACTAGAAACAGGCAAGAGATATGAACAGATGAAAATAATGACAGCCAGGACTAAAACTAGTTGATAGATATCTTTTAGTATGTGATTCCAGAGTTTCTCAGAATCTTGCCTAAGAAAATGGCCTCCTCCTAAATTTTACTGCCATAGCGAGGATTGGGAACTTGGACTGTTTTCCTTTTTGGTGGGCAAATGTACCTTGACTTTTTATTTTTTAGAACACGTCTTTATTTTGACAGTGTTCAAAAACATTGCTTTATGAAGAAATACATAATAAATGACTTTATTTTTCAG
Seq C2 exon
TAAACAAGATAAAGCTGCTTCTTCAAAAGAAAAAAATGGATGTAATGCAAATTCATTTGAAGGCTCATCAACAACAAAAAGTGAAGAAAGCATAACAGTTTCAGATAAGGAAAATGAAACCTGTCTTGCAGACCAGGAAACTGGCTCAAAAAACATCGTCAGTTGTGATTCAAATATTGGTGCAGATAAAGTGGAAAAGAAAAAACAAATACAACACGTTTGTCAGGAAATGGAGTTGAAGATGTGCCAAAGTTCAGAAAACATAATCTTATCTGATCAGATTAAAGATCACAACTCCAGTGAAGCCAGATTTTCTTCAAAGAATATTAAGGATTTGCGATTAGCATCAGATAATGTAAGCATTGATCAGTTTTTGAGAAAAAGACATGAACCTGAATCTGTTAGTTCTGATGTTAGCGAGCAAGGCAGTATTCATTTGGAACCTCTGACTCCATCCGAGGTACTTGAGTATGAAGCCACAGAGATTCTTCAGAAAGGTAGTGGTGATCCTTCAGCCAAGACTGATGAAGTAGTGTCTGATCAAACAGATGACATTCCTGGAGGAAATAACCCTAGCACAACAGAGGCAACAGTAGACCTGGAAGACGAAAAAGAAAGAAGTTGAAATTAGTCATTTTAAGTTTCAGTGTACCAACGATAAGGGCATTTGGAACAGTGCTATCAGGTGAGCTCAGTGGTGCTGTTGTAGGTTCAGAAATGGAAATATGTAAGGGAGGTCACACATACACTTTACCTGTATGTTCAACCTATGTTATCAAACAAATCAATTCACCAATAATAGCATGATTAGTAGGGATTCCCAAAAAGTTTTTAAAAACACGAACAGGATTTTAATGATAATTAAATTTGCAGTGGAAAGGTCTCATTTAATGGTTTTCAAGGAAATGGGATTTGGTTGCTGACATGAATTGATGATATTAGTAATATTTATAAAGCCTTTCAAACTTCCATCAATCCTAAGCTAAAAATCTTTATTACCTGTATATCCTTTTCAGTTAACTGAGAGGAAGGGATTTGGAAACCATGTACTTTTGGGGAGTAATTGATTAAAAACAATGGCTGATTGGCATTGTTAATGAAGGCTTTATTTGTGAGGATGATGCTGGTAAATGGAGCATGCTTAGAGTACTAAATTGATCTAATGAGAATTTGGATGAACATAAACTTAATTTTGGATTTAATATAACATTCCAGTCAGACGCATGTAAACAGAATATTTGAATCTTTGTACCTCCATACAAGTGTTAGCCTGCCAGGCTGTAAGCTTACCTTAATTAAACTTTCAGTGAAAGTGGAATTATTAAGATATAAATTTATATTTGTGCTTTTTGTCAGTGTGTAAGCTGTGTAGAAATTCTTTGATGTATTAGTTGTATTAATGTAAAGTAGAAACCCATTGTTGAAACTCCTGTAGCTATTATGCTTTTAATATTGTTTTAATGATCTTCCTTAGAAATAGGCCCATAAAAATGGTCTGGAAGCCAAACCAAAGTATGGTATAATGTAGATATTGTAAAGCAGTAAACTGAAAACATGTCCTGGCATGTATTCAGCCATGTTTAAGTGACTTTTCTGTAATTGTAAAATAAAAACTTCAAATGGGACCTAAAACAGTGATGTAAAAGAACTGGTTTTGGAAATTTAGCCTAATTTATCTATAAGATGGCTGCTAAATTGATTTTTCAGTTCTTTTTATCATCTAGAATATAATAGATATAGAAATGAATAATATGAAGAACAGTAGTTTGCTTTGAAATACTAATAAACTTTTATTTAAAATGCTTCATTTTTACTTCTTAAAATGTGCTTTGGATTCTTAAATTTTGTTTCACTGAATGTTCAATGTTTTAAATGGCGATTAAAATACTCTGCTGTATATAGTAGTTTTTGAGTAAATATTTGCAATAAAAATCTGCCCCCGAATAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000137871-ZNF280D:NM_001002843:20
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.806
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)