HsaINT0187320 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000178187 | ZNF454
Description
zinc finger protein 454 [Source:HGNC Symbol;Acc:21200]
Coordinates
chr5:178373898-178393218:+
Coord C1 exon
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Length
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Sequences
Splice sites
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Seq C2 exon
ACTGGATGACTATGCCTGCCAGTAAGAAATCTACTGTCAAGGCAGAGATTCCTGAAGAAGAATTGGATCAATGGACAATAAAGGAAAGATTCAGTAGCAGTAGTCACTGGAAGTGTGCTAGCCTGCTGGAGTGGCAATGTGGAGGCCAGGAGATCAGTTTGCAGCGAGTGGTACTCACTCACCCCAACACCCCATCACAGGAATGTGATGAATCCGGGAGCACTATGAGCTCATCTCTTCACAGTGATCAAAGTCAGGGATTTCAACCTAGCAAAAATGCCTTTGAGTGTAGTGAGTGTGGAAAAGTCTTCTCTAAGAGTTCAACTCTTAATAAACATCAGAAAATTCATAATGAAAAAAATGCAAATCAGAAAATTCATATTAAGGAGAAAAGATATGAATGTAGAGAATGTGGGAAAGCCTTTCACCAGAGTACGCACCTTATCCATCACCAAAGAATTCACACTGGCGAGAAACCCTATGAATGTAAGGAATGTGGCAAGGCCTTCTCAGTGAGCTCCTCACTTACGTACCATCAGAAAATTCATACTGGAGAGAAGCCTTTTGAATGCAACTTATGTGGAAAAGCTTTTATCCGAAATATACACCTTGCCCATCATCATAGAATACATACTGGAGAGAAACCTTTTAAATGTAACATTTGTGAAAAAGCCTTTGTGTGCAGGGCACACCTTACCAAACACCAGAATATCCACAGTGGAGAGAAACCCTATAAATGCAATGAATGTGGAAAAGCCTTTAATCAGAGTACAAGTTTCCTTCAGCATCAGAGAATTCACACTGGAGAGAAACCCTTTGAATGTAATGAATGTGGGAAGGCCTTCAGGGTGAACTCTTCCCTTACTGAACATCAGAGAATTCATACTGGAGAGAAACCTTATAAATGTAATGAATGTGGGAAAGCTTTCAGGGATAATTCATCCTTTGCACGACATCGGAAAATTCACACTGGAGAGAAACCTTACAGATGTGGCTTGTGTGAGAAAGCCTTTCGGGACCAATCAGCACTAGCCCAACATCAGAGAATTCATACTGGGGAAAAACCTTATACATGTAACATATGTGAAAAAGCCTTCAGTGACCATTCAGCCCTTACCCAACATAAGAGAATTCATACTAGGGAAAAACCTTACAAATGTAAAATCTGTGAGAAAGCCTTTATCCGAAGCACTCACCTGACTCAACATCAGAGGATTCACACAGGAGAGAAACCCTATAAATGTAATAAATGTGGGAAAGCTTTTAACCAGACTGCAAACCTCATTCAGCATCAGAGACATCATATTGGAGAGAAGTGATATGAATGCAGTTTGTATGGAAGACCTTTGAGACTGAGTAGATGAATTATTGAATGTGAGATAATCCGTTCTAGAGAATAACTATGAAAGCTTGCATCAAGATAGTCACTTTATTTACTGAGGGTCAGGTTTCACAGTGTCATGGGGTTTGGGCATTTAAGAATGGCAAACACTCGGCTGGGCACAGTGGCTCACGTCTGTAATCTTTGGGAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGCGGATCACG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000178187-ZNF454:NM_001178089:4
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.161 A=NA C2=0.178
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF0009621=zf-C2H2=WD(100=5.2),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.7),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.7),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.7),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)