HsaINT0187876 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000197619 | ZNF615
Description
zinc finger protein 615 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:24740]
Coordinates
chr19:51991345-52001908:-
Coord C1 exon
chr19:52001813-52001908
Coord A exon
chr19:51994838-52001812
Coord C2 exon
chr19:51991345-51994837
Length
6975 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTGAGT
5' ss Score
10.1
3' ss Seq
ACTGTTCTCTTCTTTCCTAGAAA
3' ss Score
10.36
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTATCAAGCCAGCAAACCAGATGCACTCTCCAAATTGGAACGAGGAGAAGAAACTTGCACAACAGAAGATGAAATCTACTCTCGAATCTGTTCTG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000197619:ENST00000376716:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.146 A=NA C2=0.083
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains