HsaINT0188087 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000197928 | ZNF677
Description
zinc finger protein 677 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:28730]
Coordinates
chr19:53243744-53251605:-
Coord C1 exon
chr19:53251536-53251605
Coord A exon
chr19:53243898-53251535
Coord C2 exon
chr19:53243744-53243897
Length
7638 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAA
5' ss Score
8.59
3' ss Seq
GAAGTGTGTTTTTATTTCAGGGA
3' ss Score
8.38
Exon sequences
Seq C1 exon
ACTGACTTACCTGAGAAAGAAACTCAGAGGAAGAGGAAAGAAAGAAGAGGAGGGAATGGCTCTTTCTCAG
Seq A exon
GTAAAAGTTATATTCTTGGTTCACTGTTTTGTCCTCTCCTTCCTGAAATGCCATATTTTGGACTTGCTAATTTTATCTGACTCTGAAGTGTCCTGACTAATATGTATATTCACACCCAGGGCTTTCCCTCAATTCCATCTCCACATAGATTCCATCTCACTGTGACCCGGTAACACGGAACTTTGGAAAAGGCTCCGTTTAGATGATTGTTCTGGAAAGGGTTTTATGCCTAGGCATGGATTGGGTATGGGGGGCAGGCTCCATGGTGTCAGTGAGGTTGGGTGGTAGTGACTGTTTAGAGACTTCATTTGGATACCCTTTCATCTCTTTATAAACCAGGATTAAAGAAGCTGCATATGGAAGTGATATATTAATGTGCACAAATACCTGGAAAACTTTGAAAAAGAAGACTGTTGGGGGAAACTTGCTTAGCTTGAGTTTATAATACATTTGTAGCTAAACAATTGAATCAGTGTGTTTCTGGCTCTAAAATATTAATTTGAAATAGAATGGGAAGTTCAGAAGTAGACATTGGGGATGGAGAAGGTAGTCTTTTTTCATAATTGGTTTTAAAATATTAAATCAACATAGTTGTCTTAACAGCAGGAGGTTCTTTAAATTCTTCACAGTGCATCCATCTCATGAAGACTCTCCTGTTCATTTGGGAATTCTCATGCAGTGGGTGTTTAGATAAAAATGTCTGTAATTTATTATTTTTCTTAATTTTAGTCCAGGGGTAGGTTTGTTATATAGCTAAACTTGTGTCATGGGAGTTTGTTGGACAGATTATTTCATCATCCAGATATTAAACCTCGTACCCATTAGTTATTTTTCCTGATCCTCTCCCTCCTCCCACCCTCCATCCCTGATAGGCTCCAGTGTGTGTTGTTTCCCTCTATGTGTCCATGTGTTCTCATAATTTAGCTCCCACTTGTGAGAACATGCAGCATTTAGTTTTCTGTTCCTGTGTTAGTTTGCTAAAGATAGTGGGCTCAAGCTCTGTCCATGTCCCTGCAGAGGACATGATCTCTTTTTTTATGGCTACATAGTATTCCGTGGTGTATGTGTACCACATTTTCTTTATTCAGTCCACCATTGGTGGGCATTTAGGTTGATTCCATGTCTTCGCTATTGTGACTAGTGCTGCAGTGAACATATGCACGTATGTGTATGTTCATGCACGCATGATGGGATTGCTGGGTTGAATGGTAATTCTGTTTTTCGATCTTTGAGGAATCACCACACTGTCTTCCAGGATGGTTGAACTAATTTACACTTCCACCAATGGTGTGTAAGTGTTCCTTTTTCTCCACAACCTCACCAGCATCTGTTATTTTTTTGACTTTTTAATAATAGCTAAAAGGGGCTGGGTGCAGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGACGGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGACCAACATGGTGAAATCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAATTAGCTGGGCATGGTGGCACGTGCCTGTAATCCCAGCTACTCGAGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAACTAAGATTGTGCCGTTGCACTCCAGCCTGAGCAACAAGAGCAAAACTCCATCTCAAAAAAATAATAATAATAATTAAAAAATAATAGCCAAAAGATGGCTATAATATAGCTAAGACCTGTGAGCAGAACTTTCTGTCATCAGAGAGGCAGGAGCCAAATTCTGATTACACTACTTGTTAAATACTACATTTCTTTTGTAGTAAACATCACATGATATATATATTTTTTATGATAAAATGTCATGCAGTGATGCTTAGGGACTAAAAAGTAAAACATTATGTTGTCCAGTCCACCATCACCCACTATCTCCATCAGGAACTACTGATCATTCTTTTCAATGGAAGAGAAGTCGTAAAAATCATAATTTAATTTTAGAAAATGTTTAGTGAATATTTTGTTGTGATATTCTGTTTTGCAAAATTGTATATTTGTATACTGTATGTCTTTGTTTTGGTTTTTTGCTGGTAAACAGAGACAGCTTGAGTTTTTACTTTCTCATTGGAGCATTCTCTTACTGAAGACACATTGGTTGTTTACAGTTTTTCTCCATTACAAAGAATCCGCATTGGCTGCCTCTGAGCAGGCCAACTGTACTACAGCTGTGTGAGGATTCCTCCAGGTTGGGCAATTTGAAGCATGATTACTGGCTTAATGATGCTTCTGAGGAAGCTCAGACATTACACTTACTAAAAAATACTTTAAATCAACTATCTTAACCATGCTTAGAGAGCTGAAGTAAACGGTGGACAAAGAACTAAAGGAAAGTAGGACAACAGTGTTTCAACGAATATCAGTAAAAACATAGAAATTATTAAAAAGAAGTGAAATAGAAGTTTTGGAGCTGAAAAGTATAACGTGAAAATTTCAACTATAAAGTTTCAAGAGTAGAGTGACAGAATACAGAATCAGCTAACCTAAACTTTAGGTTAATTGAAATTATTTAATCTGAGCAGAAGAAAGGGAAGAAAAATACAATATAAGAAAGCTTTGGGACACCATGAAGCATATGTATGTATGCTTAATAAGAATTTTCCAAGAAAAGGAGAAAGCAAAAGGCAGAAAGAATATTTGAAGAAATAAGAACTGAAACCTCCCAAATATATAAAGAACATGAATCTGTATACCTAGGAAACTCAGTGAACTTTAATTGTGATAAACTTATAGAGATCCACAGCAAGACACATAATCAAACTGTGGAAGGAAAAGAGAATCATGATAGTAGCAACATAGAAATAATTTGTCATGTACAGTGACCCTCAAAAAGATTAAGAGCCAAATTCTCATCAGAAACTATGGAGGCTAGACATTAGTGGAATGACATATTCAAAGTTTGAAACGAAAGAACTATCCAGCAGGAATTCAGTATCAGGCAAATTATCCTTCAGAATTGACAGTGAAATTGAGATCCCCAGATAAACAAGAGCTGAGGGAGTTTGCATTAGTGGACTTACCCTGCATGAAATGTTAAGCAAAGTCTTTTAGGCTGAAGTAAAAGGACACCAGCAGTACCTTAAAGCCATAAAAACAAATTAATACAGGTAAAACACCTACGTAGGTACAAATACAAAAGCCAATATTACTGGTTTTTTAAAAACTTTTTTTCTATATGATTTAAAAATGTATAAAACAGTAATTGTAAATCTGTTACTGGCTATAAAATGCATAGAGAAGTAATTTTTGACATTATAAAGAGAACCAGCCAGAGCTATATAGAAACAGAAGTTGTTATGCAATTGAAGCCAACTTAGCATCGATTGAAACTTAATTATTATCAGCTTCTGATGGAAATTTTAATTCCCAGGGCAACCGTTAAGAAAATAACAAAAATGTAAAGAAGGGAACCGAAATGATATACACACACAAACTTATACACACAAAGAAGCAAGTAAGGGAATAATTACAAAACAAAAAAGATAGGCATGTGAAAAACAAGTAGCAAAATGGTAAAAGTGGTTCTTTTATCAGTAGTTACTTTAAATATAAGTGGATTAAATTCTCCTTTAAAAGGCACTTATTGGAGGAATAATTTTTTAAAACTATGATTTCACTATATAATGTTTATAAAAGACTTCCTTTAGAGCTAAACACAAATAGCCTGGAAAGTATAATAAAAGGATGTAAAAAGGTATTTCATGCAAATATTAAACCTAGCTGGATAGCTACATAGATAGCAGACCAAATAAACTTTAAGTCAAAAATTGATACCAGAGATGTTGAAGGACAGTAAATATTGGGGTTAATCCATCAAGAACATGTAACTGCTATAAAAAATATGGATCAAATATCAACACCCCAAATATTTTGGAACAAAAATTACAAGGAGATACAGTCCTGCTATAATAGTTGGAGAATTCTATGCTCTCTGTTTAATAATGGATAGAACAGCCAGACAGAAGATTAGTAAGGAAATAAAGGGCTTGAGCAACACTTTAAACCAAGATTATCTAACCCACGGACCACAGACTGCATGTGGCTCAGGATGGCTTTGAATGTGACACAACACAAATTTTTAAACTTTCTTAAAACATGAGATTTTTTTGTGATTTTTTTTTTTTTAAGGTCATCAGCTGTCATTAGTGTTAGTGTATTTTATGTGTGGCCCAAAACAATTCTTCCTCTTCCAGTGTGGCCCAGGGAAGCCAAAAGGTTGGACACTGCTGCTGTAAACTACACCAAACAAGCACGGAAAGAAAACTGCACCCAGCAAAAACGGAATCTGCACTCTTGTCTAGTGCACATAGCATATTCTCCAGGATGGACCACATGTCAGGCCACAGAACAAGTCTCAATACATTTTAAAAAGCTACAACTTATAAAACTATTCTCACACCACAATCGAGTGAAACTGGAAATCAATAAAAGGAAAACTGAAAAATTCAGTTTTAAATGAATTTTAACTTCCTTATTGAGGTATGATTGACATAAAAACCTATACATATGTAATGTATACAATTTGATGAGTTTGGAGATCAGTATATACCTCTGACACCACCACTACAATCTGTCATAAACATATCCATTGCCTCAGAAAGTTTTTTTCTTGCTGTCTTTATTATTTCATATTTTTATAAGAATACAACCTAAGAACTACTGTCTTAACAAATTTTTAAGTATACAATACAGGATTAACTATAAGCACTGTGTTATTCAGGAGATCTCTAAGACTTTTTCATCTTGTGTAACTGAAACTGATTACTACCTCACCATTTCCCCACTCAGCACCTAGCAACCACCATTCTATTCTCTGTTTCTATGAGTTTTACTGTTTTCAGTTCCTCATATAAGTGGAGTCATGTATTTGTTCTCTGTGTGGCCTATTTCACTTACATAACATACTCCATTTTCATTCAGGTAGTCTATAGCAAATAGGATTTCCTTCTTTTTAAAGGCTGAATAATATTCGTGTGT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Seq C2 exon
GGACTGTTTACATTCAAGGATGTGGCCATAGAATTCTCTCAAGAGGAGTGGGAGTGCCTGGACCCTGCCCAGAGGGCCTTGTACAGGGACGTGATGTTGGAGAACTACAGGAACCTGCTTTCTCTCGATGAGGATAACATCCCTCCAGAAGATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000197928:ENST00000598513:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.040
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=WD(100=78.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains