HsaINT0188265 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000185252 | ZNF74
Description
zinc finger protein 74 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13144]
Coordinates
chr22:20395333-20400758:+
Coord C1 exon
chr22:20395333-20395418
Coord A exon
chr22:20395419-20400631
Coord C2 exon
chr22:20400632-20400758
Length
5213 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
GAACCTATATGTCATTTCAGGAA
3' ss Score
6.14
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCTTTCCTCTCAGGATCCTGCTCTTTCCCTGAAAGAGAATCTCGAGGATATATCGGGTTGGGGTCTTCCCGAAGCCAGGTCCAAG
Seq A exon
GTGAGTGGCTGTGTGTTCTTCCTTCTTTATGAAGAGGGTTGGCACATTCCCTCCCCAGCCCTGGATCGTCAGCCTTCCACAGACCTTCACCCGGGTACCTGCTGGCCAGTCCTCAGGAAGCTCTGGGCAGTGGGAACAGCTCCAAGTGAAGAGTCCAGATGTTGCCCGAGGTGTGCCCTCGAGATGTGCTCTATTGAATGTCTCGCCCAGTCCAATTCAGTGGGTCAGTTGCTGGGGATCTCTCTGCCCAGCGCTGTGCTGGGAGCTCTGAGGAGTGGTTTTAGTGGAATCTGAGAAAGTAGTTGACGGCTCACATGGGGTCGCTTTGCCTATCCACGTGCTGGCCAGGGGTTGGTGCAGGATGTTTGCACGGTTGGTTTACTGGGACTGGAATCAGACAGGGGCACGTGGAGCAGCTCAGGAAGGGCTGGATTGCAGCACTTGGTTAAGAGTGGCGGTAGGGGACACATCCCTGTGTGCTTTCCTCTGTACCCAGCCCCTGGCATGGGGCCTTCATGGAGAGTCCTGGAGATTTAGAGAATCTGGGGGCTCAGCAAGGAATTGGCCCTGGGAACTTCTGCAGCCAAATGGGACCCAGATCCCTCCTTTTACAGACTGTGAACTCTGTTCCTCATTTTGTTTTTCTACCGCAACCACCTCACCCCATGGTTGTATTTAGAAGGGTGCAGTTGACAAAGAGAGCACAGTAGAGTGAAAGATGTGGAGGAATAAGGGGTCTTTGGGTTTTTGTTTTTTTTTTAGCATTTTGTGATTTTGTCAGTCTGCCACTCAAAAGAGGTGATGGCAGATTATAGCCAGCTAGAAACAGCTGCAAAACGTGTATTGTGAGCTGTGCCTCACTTCTGTAGTGTGTCACAATGCTTTATAGTCCTCAAGAAACTTGACAGTCAAATGCAATGCATGTTCCTTGCTTAGGGGATAGATCCAAAAAAATTGATAAAGGGCAGTTTGGGACAAGAGGAAATTTGAAAATGGGCTGTATCTTAGGTCATATTGTATCAATATGAAATTTATTGCATGTGATAATAGTACTGTGATTATGTAAGAGAATATCCACAGGAGATACAAGCTGAAGACTGTAGAGTGAGACATCATGATGTCTGCAACTTACCTTCAAATGGTTCAGCAAAAAAAAATGTGTGTGCATGTATGTATGTCTGTATGTGTCTGTGCAGCTCCGTCTAGGTGGTAGGGCCCTCATGCATGTGTTATTCCTATTCCTAAAATATTAGCTTGTTAGATCTTTGAATAACCAGTTGACTCTCCTGAGTACACATCAGCTTTGGCATTTTCTCTTGACAGTCTCATTCTCACTCACAGTTCAAGTTGTTCTGTCTCCTGGGACATCTTGTGTGGTCTGTTCTGACTTCTCTGCTAGTGTCATTACCACATCAGCATCTGATTCCAATGCATACTGTCTGGGTTTTTTATTCCTTTCCCTGCAGAATGATGACACATTAGACATGGACTTCTCCCAGTGGCCAGAAATACCCATCAAAAAGGCCTGTGCGGGCCTCAGACCCTACCCTACTCTTGCTGGTTTTGCTCCCCACACTGAAGCCATGTAGCCTCTGACAGCCTCACTGGCCAACACCATATTCTGATACCTGTGGAGCTATTTTTTTGTTTTTCTTTCTTTTTCTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTTGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACAATCATAGCTCACTGCAGCCTTCAACTCCTGGGCTCAAGCAAATCCCCCACCTCGGCCTCCTAAGTAGTTGGGACCAACGTGTGTGCCCCCACACCTGGCTTGGAGCCTTGTTTCAGCCCATTTTCTCCTTCCCTCGGCTATCGTCATCCTTCATGCCTGCATGCCTCAGTTAGGGGTGTGTTCTCAGCATTTGTCCTCATCTCTACCTCCTCATCTGAAATCCAGTGTTTTGGGGGGTAAGGTTTTATTGAGGTGTAATTTATATACAGCACAGTTGTACAATTTTAAGTATACAATTTGATGAGGTTGAGCAAACGTATACAGTTGTGTAACCAGCACCACAATCATGATATGGGACGTTTCCATGACCCAAAAATGTCCTCATGCCCCTGTGCATTCAGTGGTCTCCCCTCTCCCCTTGGTAACCACTATAGTTTTGCTGTAGATTTTCCTCTTTAAGGATTTCATATGGAATTTATATTATGTGGTCTTTTGTCTCTGCTTTATTTCGCTTAGCATATGCTTTTGAGTTTATCCATATTGTTGTGTGAATCAGTAGTTTGTTCCTTTTTATTGGTGAGTAATATTCCATTTGTATTAGTCTGCTAGGGTTGCCATACAAAGTATGGCAGGAGGGCTTAAATGACAGAAATGTATTTCCTCACAGTTCCAGAGGCAAGAAATCTGAAATCAAGGTGTCAGCAGGGTTGATTTCTTCTGAGGCTTCTCCTTGGCTTGTAGATGGCCACCTTTTCCCCGCATCTTCACATGGTCTTACCTCTTCTATGTCTGTGTCCAAATTTCCTCTTCTTATGAGGACACCAGTTATATTGGATCAAGGCCCACTGCATTGAATTCATTTTAACTGAATTACTTCTTTAAAGAACCTCTCTCCAGGCCGGGTGCAGTGGCTCACGCCTGTAACCCCAGCATTTTGGGAGGCTGAGGTGGGTGGAACACTTGAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCGGCCAACATGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTTAGCTGGGCGTTAGTTCTCGCCTGTAGTCCTAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCTCTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATTGCACCACTGTACTCCAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACCATGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCTCTCTCGGAGTTACCAAGCATTGAGACATAAGAATTTGAGGTGAGGGGTATACATTTCATCCCATTGCTCCATTGGATGGAGCAAACTGCTCCGCAGTTTGCTTATCCATTCACCAGCCGATGGACATTTAGGTTACTCATAGGCTTTTGCTATTACAAATAAACCCGCTATAAATATTTGAGTACACGTATGGCTGTGCATTTTAATTTCTCTTGCATAAATACCTAGGTGTGAAATTGCTGAGCCATATAGTAAATATATGTTTGTCAATTTTATTGATCTTTTCAAAAAACAATTTTTTTGTTTTATTGATTTTTCTCTATTTTCTGTTTTCCATTTCAGAGATTTCTGATCCTTATTATCTCCTTGGTGTCTTAAGATTGAAACTTACTTTACTTACTTTAGTGTCTTAAGATTGAAACATAGATATTGATTTGATACCTTTTTTCCTCATATAGCATTCAGCGTTGTAAATTTCTAAGCACTGCCTCAACTATATCCTACAACTTTTGTTATGTCACATTTTCACTTTTATTCAGCTCAAAATAGCTTCTAATTTCCCTAGTGATGTATTCTTCAGCCATATGTTATTTCAGAATGTGTTGTTTCATTTCCTAATATTTAGGGCATTTTCCAGATAACTTTCTATTATGGATTTCTGATTTAATTCTATTGTCATCAAAGAATGAACTTTGTGTGATTTAAAGTCTTTCAAGTCTACCAAGATTTATTTTATTTCCCAGAGTGTGGTTTATCTTGGTAAATGTTCCACATGCCCTTGAAAAAATATGTATTATGCCTTTGTTGGTTAGAGTGTTATGTAAATATCAGTTAAGTCAAGTTGAATGATGGTGTTTTTTAATTGTTCTGTCAGTTTTTGCATTATGTATTTTGAAGCTCTTTTAGTAGATACATTTATATTTAGGATTGCTATGAGTTCTTAATGAATTAACTGTTTTATCATTATGTAATATTCTCTTTGTCTCTGATAGTCCTCTCTCTGAAATCTACTTTGCTATTACTATAGGCACTTGAGCTTTTTTTTTTTAAATTAGTATTTGCAGGGTTTATCTTTTTCTATCCTATCACTTTTAACCTATCTTTGTATGTAAAGTGGGTTTCTGTAGCTTGCTTTTTGAATTCAGTTTGACAATCTCCACCTTTTAATTGGAGTGTTTAAACTATTCGCATTTAGTGTAATTATTAATATGGTTGGATTTACATGTCCTTTTTTTTTTTTTCTTTTGACAGAGTTTGGCTCTTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCAATCTTGGCTCACTGCAACCTCCACCTCTTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGACCTCAGGTGATCTGCCACCTTGGCCTCCCAAGTGCTGGGATTATAGGCGTGAGCCACCCCACCCGGCCTTGCTATTAGTTTTCTATGTCTTATGTCTTTTTTGTTTCTCATTTCCTCCCTTAATGACTTCTTTTGAGGTAAACACATACTGTTCTAATATACTCTTAATTCCTCTGATTTCATTAATATTTTTCACCTTTTAGTTATTTGATTGGATGCTGGACATTGTGAATTTTACTTTGTTGAGTAGGTTTTTGGAATTCCTTGTTTCTGGGATTTGTTCTGGGATGCAGTGAAATTACTTGGCATCTATTTGATCCTTTCAAGGATCAAAGCAAGTCTGGAGTTGGGTGGTGGCCAGGATGCCCAGGCCCAGGGGGAGCAGGCAGGAAGGATTGGAAGGCAGTCAGGTGAGGACTGCAGGTAGCCTCTCTTAGTCCCTTGGGGCACAGAACTTGCTGATATATACAAGGTTTCCTTCCTTAGAGTGTAATAACAGTTTCTAGTCTGGGATCGGATCCTTTTGCGTTACTGAGCTTTGAATAGAGTTGCTGGGATTTTTGTACTATTAATATTCTCTCAAATTTTTAAGTTTGAAATTCTTGACTCCAGGAAGCATAGCATCTCACCCAGGACTTAGAGCCTGATACAACAGCCATGTACAGCCCCTGGGTCCCACCGCAAGTTGCCAGGGCCCTGTGGTGTCTATTCAGACCTGCTTTCCCAATCTAGAAGGTGGTGTGGGAATGCATGCCAATTCCCAGCCCCCCTCCCTGCCCCTGGTCCCCGAATTCAGTCATGGTCAGTGTCTACAGCACAACCTTCTGGCATGGGAGAAGGTCACCTGAGGTTAACCCTTTACTTGTAGGGTCCTTAATCAATCTCTGGCTCCTTTGGAACCATGGACACAGAATCAGTCCTGGGTGAGAACCTATATGTCATTTCAG
Seq C2 exon
GAATCGGTGAGTTTCAAGGATGTGGCTGTGGACTTCACCCAGGAGGAGTGGGGTCAACTAGACTCCCCTCAGAGGGCCTTGTACCGGGATGTGATGTTGGAGAACTACCAGAACCTTCTTGCCCTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000185252:ENST00000357502:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.457 A=NA C2=0.344
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=WD(100=95.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains