HsaINT0188265 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000185252 | ZNF74
Description
zinc finger protein 74 [Source:HGNC Symbol;Acc:13144]
Coordinates
chr22:20749623-20755048:+
Coord C1 exon
chr22:20749623-20749708
Coord A exon
chr22:20749709-20754921
Coord C2 exon
chr22:20754922-20755048
Length
5213 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
GAACCTATATGTCATTTCAGGAA
3' ss Score
6.14
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCTTTCCTCTCAGGATCCTGCTCTTTCCCTGAAAGAGAATCTCGAGGATATATCGGGTTGGGGTCTTCCCGAAGCCAGGTCCAAG
Seq A exon
GTGAGTGGCTGTGTGTTCTTCCTTCTTTATGAAGAGGGTTGGCACATTCCCTCCCCAGCCCTGGATCGTCAGCCTTCCACAGACCTTCACCCGGGTACCTGCTGGCCAGTCCTCAGGAAGCTCTGGGCAGTGGGAACAGCTCCAAGTGAAGAGTCCAGATGTTGCCCGAGGTGTGCCCTCGAGATGTGCTCTATTGAATGTCTCGCCCAGTCCAATTCAGTGGGTCAGTTGCTGGGGATCTCTCTGCCCAGCGCTGTGCTGGGAGCTCTGAGGAGTGGTTTTAGTGGAATCTGAGAAAGTAGTTGACGGCTCACATGGGGTCGCTTTGCCTATCCACGTGCTGGCCAGGGGTTGGTGCAGGATGTTTGCACGGTTGGTTTACTGGGACTGGAATCAGACAGGGGCACGTGGAGCAGCTCAGGAAGGGCTGGATTGCAGCACTTGGTTAAGAGTGGCGGTAGGGGACACATCCCTGTGTGCTTTCCTCTGTACCCAGCCCCTGGCATGGGGCCTTCATGGAGAGTCCTGGAGATTTAGAGAATCTGGGGGCTCAGCAAGGAATTGGCCCTGGGAACTTCTGCAGCCAAATGGGACCCAGATCCCTCCTTTTACAGACTGTGAACTCTGTTCCTCATTTTGTTTTTCTACCGCAACCACCTCACCCCATGGTTGTATTTAGAAGGGTGCAGTTGACAAAGAGAGCACAGTAGAGTGAAAGATGTGGAGGAATAAGGGGTCTTTGGGTTTTTGTTTTTTTTTTAGCATTTTGTGATTTTGTCAGTCTGCCACTCAAAAGAGGTGATGGCAGATTATAGCCAGCTAGAAACAGCTGCAAAACGTGTATTGTGAGCTGTGCCTCACTTCTGTAGTGTGTCACAATGCTTTATAGTCCTCAAGAAACTTGACAGTCAAATGCAATGCATGTTCCTTGCTTAGGGGATAGATCCAAAAAAATTGATAAAGGGCAGTTTGGGACAAGAGGAAATTTGAAAATGGGCTGTATCTTAGGTCATATTGTATCAATATGAAATTTATTGCATGTGATAATAGTACTGTGATTATGTAAGAGAATATCCACAGGAGATACAAGCTGAAGACTGTAGAGTGAGACATCATGATGTCTGCAACTTACCTTCAAATGGTTCAGCAAAAAAAAATGTGTGTGCATGTATGTATGTCTGTATGTGTCTGTGCAGCTCCGTCTAGGTGGTAGGGCCCTCATGCATGTGTTATTCCTATTCCTAAAATATTAGCTTGTTAGATCTTTGAATAACCAGTTGACTCTCCTGAGTACACATCAGCTTTGGCATTTTCTCTTGACAGTCTCATTCTCACTCACAGTTCAAGTTGTTCTGTCTCCTGGGACATCTTGTGTGGTCTGTTCTGACTTCTCTGCTAGTGTCATTACCACATCAGCATCTGATTCCAATGCATACTGTCTGGGTTTTTTATTCCTTTCCCTGCAGAATGATGACACATTAGACATGGACTTCTCCCAGTGGCCAGAAATACCCATCAAAAAGGCCTGTGCGGGCCTCAGACCCTACCCTACTCTTGCTGGTTTTGCTCCCCACACTGAAGCCATGTAGCCTCTGACAGCCTCACTGGCCAACACCATATTCTGATACCTGTGGAGCTATTTTTTTGTTTTTCTTTCTTTTTCTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTTGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACAATCATAGCTCACTGCAGCCTTCAACTCCTGGGCTCAAGCAAATCCCCCACCTCGGCCTCCTAAGTAGTTGGGACCAACGTGTGTGCCCCCACACCTGGCTTGGAGCCTTGTTTCAGCCCATTTTCTCCTTCCCTCGGCTATCGTCATCCTTCATGCCTGCATGCCTCAGTTAGGGGTGTGTTCTCAGCATTTGTCCTCATCTCTACCTCCTCATCTGAAATCCAGTGTTTTGGGGGGTAAGGTTTTATTGAGGTGTAATTTATATACAGCACAGTTGTACAATTTTAAGTATACAATTTGATGAGGTTGAGCAAACGTATACAGTTGTGTAACCAGCACCACAATCATGATATGGGACGTTTCCATGACCCAAAAATGTCCTCATGCCCCTGTGCATTCAGTGGTCTCCCCTCTCCCCTTGGTAACCACTATAGTTTTGCTGTAGATTTTCCTCTTTAAGGATTTCATATGGAATTTATATTATGTGGTCTTTTGTCTCTGCTTTATTTCGCTTAGCATATGCTTTTGAGTTTATCCATATTGTTGTGTGAATCAGTAGTTTGTTCCTTTTTATTGGTGAGTAATATTCCATTTGTATTAGTCTGCTAGGGTTGCCATACAAAGTATGGCAGGAGGGCTTAAATGACAGAAATGTATTTCCTCACAGTTCCAGAGGCAAGAAATCTGAAATCAAGGTGTCAGCAGGGTTGATTTCTTCTGAGGCTTCTCCTTGGCTTGTAGATGGCCACCTTTTCCCCGCATCTTCACATGGTCTTACCTCTTCTATGTCTGTGTCCAAATTTCCTCTTCTTATGAGGACACCAGTTATATTGGATCAAGGCCCACTGCATTGAATTCATTTTAACTGAATTACTTCTTTAAAGAACCTCTCTCCAGGCCGGGTGCAGTGGCTCACGCCTGTAACCCCAGCATTTTGGGAGGCTGAGGTGGGTGGAACACTTGAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCGGCCAACATGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTTAGCTGGGCGTTAGTTCTCGCCTGTAGTCCTAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCTCTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATTGCACCACTGTACTCCAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACCATGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCTCTCTCGGAGTTACCAAGCATTGAGACATAAGAATTTGAGGTGAGGGGTATACATTTCATCCCATTGCTCCATTGGATGGAGCAAACTGCTCCGCAGTTTGCTTATCCATTCACCAGCCGATGGACATTTAGGTTACTCATAGGCTTTTGCTATTACAAATAAACCCGCTATAAATATTTGAGTACACGTATGGCTGTGCATTTTAATTTCTCTTGCATAAATACCTAGGTGTGAAATTGCTGAGCCATATAGTAAATATATGTTTGTCAATTTTATTGATCTTTTCAAAAAACAATTTTTTTGTTTTATTGATTTTTCTCTATTTTCTGTTTTCCATTTCAGAGATTTCTGATCCTTATTATCTCCTTGGTGTCTTAAGATTGAAACTTACTTTACTTACTTTAGTGTCTTAAGATTGAAACATAGATATTGATTTGATACCTTTTTTCCTCATATAGCATTCAGCGTTGTAAATTTCTAAGCACTGCCTCAACTATATCCTACAACTTTTGTTATGTCACATTTTCACTTTTATTCAGCTCAAAATAGCTTCTAATTTCCCTAGTGATGTATTCTTCAGCCATATGTTATTTCAGAATGTGTTGTTTCATTTCCTAATATTTAGGGCATTTTCCAGATAACTTTCTATTATGGATTTCTGATTTAATTCTATTGTCATCAAAGAATGAACTTTGTGTGATTTAAAGTCTTTCAAGTCTACCAAGATTTATTTTATTTCCCAGAGTGTGGTTTATCTTGGTAAATGTTCCACATGCCCTTGAAAAAATATGTATTATGCCTTTGTTGGTTAGAGTGTTATGTAAATATCAGTTAAGTCAAGTTGAATGATGGTGTTTTTTAATTGTTCTGTCAGTTTTTGCATTATGTATTTTGAAGCTCTTTTAGTAGATACATTTATATTTAGGATTGCTATGAGTTCTTAATGAATTAACTGTTTTATCATTATGTAATATTCTCTTTGTCTCTGATAGTCCTCTCTCTGAAATCTACTTTGCTATTACTATAGGCACTTGAGCTTTTTTTTTTTAAATTAGTATTTGCAGGGTTTATCTTTTTCTATCCTATCACTTTTAACCTATCTTTGTATGTAAAGTGGGTTTCTGTAGCTTGCTTTTTGAATTCAGTTTGACAATCTCCACCTTTTAATTGGAGTGTTTAAACTATTCGCATTTAGTGTAATTATTAATATGGTTGGATTTACATGTCCTTTTTTTTTTTTTCTTTTGACAGAGTTTGGCTCTTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCAATCTTGGCTCACTGCAACCTCCACCTCTTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGACCTCAGGTGATCTGCCACCTTGGCCTCCCAAGTGCTGGGATTATAGGCGTGAGCCACCCCACCCGGCCTTGCTATTAGTTTTCTATGTCTTATGTCTTTTTTGTTTCTCATTTCCTCCCTTAATGACTTCTTTTGAGGTAAACACATACTGTTCTAATATACTCTTAATTCCTCTGATTTCATTAATATTTTTCACCTTTTAGTTATTTGATTGGATGCTGGACATTGTGAATTTTACTTTGTTGAGTAGGTTTTTGGAATTCCTTGTTTCTGGGATTTGTTCTGGGATGCAGTGAAATTACTTGGCATCTATTTGATCCTTTCAAGGATCAAAGCAAGTCTGGAGTTGGGTGGTGGCCAGGATGCCCAGGCCCAGGGGGAGCAGGCAGGAAGGATTGGAAGGCAGTCAGGTGAGGACTGCAGGTAGCCTCTCTTAGTCCCTTGGGGCACAGAACTTGCTGATATATACAAGGTTTCCTTCCTTAGAGTGTAATAACAGTTTCTAGTCTGGGATCGGATCCTTTTGCGTTACTGAGCTTTGAATAGAGTTGCTGGGATTTTTGTACTATTAATATTCTCTCAAATTTTTAAGTTTGAAATTCTTGACTCCAGGAAGCATAGCATCTCACCCAGGACTTAGAGCCTGATACAACAGCCATGTACAGCCCCTGGGTCCCACCGCAAGTTGCCAGGGCCCTGTGGTGTCTATTCAGACCTGCTTTCCCAATCTAGAAGGTGGTGTGGGAATGCATGCCAATTCCCAGCCCCCCTCCCTGCCCCTGGTCCCCGAATTCAGTCATGGTCAGTGTCTACAGCACAACCTTCTGGCATGGGAGAAGGTCACCTGAGGTTAACCCTTTACTTGTAGGGTCCTTAATCAATCTCTGGCTCCTTTGGAACCATGGACACAGAATCAGTCCTGGGTGAGAACCTATATGTCATTTCAG
Seq C2 exon
GAATCGGTGAGTTTCAAGGATGTGGCTGTGGACTTCACCCAGGAGGAGTGGGGTCAACTAGACTCCCCTCAGAGGGCCTTGTACCGGGATGTGATGTTGGAGAACTACCAGAACCTTCTTGCCCTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000185252-ZNF74:NM_003426:2
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.436 A=NA C2=0.345
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=WD(100=95.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)