Special

HsaINT1002718 @ hg38

Intron Retention

Gene
ENSG00000123612 | ACVR1C
Description
activin A receptor type 1C [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:18123]
Coordinates
chr2:157556093-157587417:-
Coord C1 exon
chr2:157587187-157587417
Coord A exon
chr2:157556333-157587186
Coord C2 exon
chr2:157556093-157556332
Length
30854 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGG
5' ss Score
11.08
3' ss Seq
CTTTCTTCTTTAAACTGTAGCAT
3' ss Score
8.35
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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TCTTCCCTGCTTTTTTTTTTTTGTAGCACCATTCTTTCTTGCTTTTGTGTTAAACATCTGTTTAGTAGATGAATGAGAACATATATGACTCAAGAACAGGAATTTGGGCTCTTTCCTCACCATTGTATCTCCAGTACCTGGAATAGCAGCAACACATTGCAAGAGCCCAATAATTATTTTGGCATGAAAGAATGAATGTACATGCTTTAAAAGAGGACTGCTGTGGCCAGGCATGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGTGGGTGGATCACCTGAGGTCAGGGGTTTGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCTGTCTCTATAAAAATAGAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGTGGGCACCTGTAATCTCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCTTGAACCTAGGAGGTGGAGGTTACAGTGAGCCCAGATCGCACCACTGCACTCCAGCCTGGGTGATCGAGTGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTGTACTGCTGAATAATGGAGGGAAAATAGTAGACAGAAAAGAGTGAAATGCTTCAGAGATCCTAAAACAGATCCCATGTGCTAGTTTCCATTATCCTAATCATATTTCTTATTGTCATCTGCCATAACCATTCCTAGCTGCAGCCTAATCTCATTTTTTTTCTCCATCTTTGCTTATACCACAGAGAGCCTTTACCAATGAACATAAGTGCATACTGTGTAGCTGAATATTCTGGATGTGAAATTTTGGTGATTGCAATTCCAATTCCAAAAATACTTAAAATGGTTTGATTTATGGTCATGTTCTTTCTTCTTTAAACTGTAG
Seq C2 exon
CATCACCAAATGCCCCAAAACTTGGACCCATGGAGCTGGCCATCATTATTACTGTGCCTGTTTGCCTCCTGTCCATAGCTGCGATGCTGACAGTATGGGCATGCCAGGGTCGACAGTGCTCCTACAGGAAGAAAAAGAGACCAAATGTGGAGGAACCACTCTCTGAGTGCAATCTGGTAAATGCTGGAAAAACTCTGAAAGATCTGATTTATGATGTGACCGCCTCTGGATCTGGCTCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000123612:ENST00000243349:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0106418=Activin_recp=WD(100=96.2),PF085157=TGF_beta_GS=PU(7.7=1.3)
A:
NA
C2:
PF085157=TGF_beta_GS=PU(58.6=21.0)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains