MmuINT0010603 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026834 | Acvr1c
Description
activin A receptor, type IC [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2661081]
Coordinates
chr2:58295926-58316023:-
Coord C1 exon
chr2:58315793-58316023
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr2:58295926-58296165
Length
19627 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
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4.89
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CATCGCCAAATGCCCCTCGACTTGGTCCCACAGAGCTGACGGTTGTTATCACCGTGCCGGTTTGCCTCCTGTCCATAGCCGCCATGCTAACAATATGGGCGTGCCAGGACCGCCAGTGCACATACAGGAAGACTAAGAGACACAACGTGGAGGAAGCGCTGGCTGAGTACAGCCTTGTGAATGCAGGAAAAACACTCAAGGATCTGATCTACGATGCTACTGCCTCTGGCTCAGGCTCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000026834:ENSMUST00000028178:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.014
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0106418=Activin_recp=WD(100=96.2),PF085157=TGF_beta_GS=PU(7.7=1.9)
A:
NA
C2:
PF085157=TGF_beta_GS=PU(58.6=21.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types