RnoINT0012774 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000004828 | Acvr1c
Description
activin A receptor type 1C [Source:RGD Symbol;Acc:621789]
Coordinates
chr3:44291119-44311421:-
Coord C1 exon
chr3:44311191-44311421
Coord A exon
chr3:44291359-44311190
Coord C2 exon
chr3:44291119-44291358
Length
19832 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
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5.24
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CATCTCCAGATGCCCCTAGACTTGGCCCCACAGAGCTGACGGTTGTTATCACTGTACCTGTTTGCCTCCTGTCCATCGCAGCCATGCTAACGATATGGGCCTGCCAGGACCGCCAGTGCACATACAGGAAGACCAAGAGACACAATGTGGAGGAACCACTGGCAGAGTACAGCCTTGTCAATGCTGGAAAAACCCTCAAAGATCTGATTTATGATGCCACTGCCTCGGGCTCAGGATCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000004828:ENSRNOT00000059280:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0106418=Activin_recp=WD(100=96.2)
A:
NA
C2:
PF085157=TGF_beta_GS=PU(58.6=21.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]