HsaINT1010474 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000197408 | CYP2B6
Description
cytochrome P450 family 2 subfamily B member 6 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2615]
Coordinates
chr19:40991299-41004163:+
Coord C1 exon
chr19:40991299-40991476
Coord A exon
chr19:40991477-41004000
Coord C2 exon
chr19:41004001-41004163
Length
12524 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGA
5' ss Score
9.21
3' ss Seq
GGTGTGGATGTGATTGGCAGTTC
3' ss Score
1.49
Exon sequences
Seq C1 exon
CAGGACCATGGAACTCAGCGTCCTCCTCTTCCTTGCACTCCTCACAGGACTCTTGCTACTCCTGGTTCAGCGCCACCCTAACACCCATGACCGCCTCCCACCAGGGCCCCGCCCTCTGCCCCTTTTGGGAAACCTTCTGCAGATGGATAGAAGAGGCCTACTCAAATCCTTTCTGAGG
Seq A exon
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Seq C2 exon
TTCCGAGAGAAATATGGGGACGTCTTCACGGTACACCTGGGACCGAGGCCCGTGGTCATGCTGTGTGGAGTAGAGGCCATACGGGAGGCCCTTGTGGACAAGGCTGAGGCCTTCTCTGGCCGGGGAAAAATCGCCATGGTCGACCCATTCTTCCGGGGATATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000197408:ENST00000324071:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.105 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006717=p450=PU(18.7=45.6)
A:
NA
C2:
PF0006717=p450=FE(11.8=100)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains