HsaINT1015433 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000019991 | HGF
Description
hepatocyte growth factor [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:4893]
Coordinates
chr7:81752120-81757303:-
Coord C1 exon
chr7:81757189-81757303
Coord A exon
chr7:81752263-81757188
Coord C2 exon
chr7:81752120-81752262
Length
4926 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
GATTATCATTTTAAAACTAGCTT
3' ss Score
2.65
Exon sequences
Seq C1 exon
ACTACATTAGAAACTGCATCATTGGTAAAGGACGCAGCTACAAGGGAACAGTATCTATCACTAAGAGTGGCATCAAATGTCAGCCCTGGAGTTCCATGATACCACACGAACACAG
Seq A exon
GTAAGAACAGTATGAAGAAAAGAGATGAAGCCTCTGTCTTTTTTACATGTTAACAGTCTCATATTAGTCCTTCAGAATAATTCTACAATCCTAAAATAACTTAGCCAACTTGCTGAATTGTATTACGGCAAGGTTTATATGAATTCATGACTGATATTTAGCAAATGATTAATTAATATGTTAATAAAATGTAGCCAAAACAATATCTTACCTTAATGCCTCAATTTGTAGATCTCGGTATTTGTGAAATAATAACGTAAACTTCGTTTAAAAGGATTCTTCTTCCTGTCTTTGAGAAAGTACGGCACTGTGCAGGGGGAGAGGTTGATTGTGAAAAATCAGAGGTAGATGAGAATCTTACTGAGGGCTGAGGGTTCTTTAACCTTGGTGGATCTCAACATTGGTTGCACATTAAAATCACCTGCTGCAAGCCCTTGACGAATCTTACTTAGAAGATGACAACACAGAACAATTAAATCAGAATCTCTGGGGAGAATAGGGCACCAGTATTTTTTGAGCTCCCACCATGATTCCAAAGTGCAGCCAAATTTGAGAACCACTGCTAAAAGCTCAAGCTTCAGATTGACCAGCTTTTCCATCTCACCTATCGCCTAAAGACCAAATTGGATAAATGTGTTCATTACGACAGATGGGTACTATTTAAAGATGAGTAAACACAATATACTTAGGCTCGTCAGACTGAGAGTTTTAATCATCACTGAGGAAAAACATAGATATCTAATACTGACTGGAGTATTAGTCAAGGCTTATTTCACACACAATTTTATCAGAAACCAAAGTAGTTTAAAACAGCTCTCCCCTTATTAGTAATGCATTGGAGGGTTTACTTTACCATGTACCTTGCTGAGCACTGTACCTTGTTAATCTCATTTACTTGTAATGAGAACCACACAGCGGGTAGTTTTATTGGTTCTATTTTACCTACATGACAAAACTGAAGCATAAAAACACTTAGTAAGTTTTCAGTGTCATGCACAACTAGGAAGTGACATGGCCAGAATATAAGCCCAGTCACCATCACTCTATAACCTGCGCTTTTAACAACTTCAGGGCATGACACATTTGGCCGGTCAGTAGAACCCATGCTGTGATTTGTTTTTGCAGTGGTGGTGATGACTGCCTTGTTGAATCCACTTTTTATTCTATTCCATTTTGGGGACACAATTCTGCAAGATGATTCTTCATTAGGAAACAGAGATGAGTTATTGACCAACACAGAAAGAAAAAGAGTTTGTTGCTCCACACTGGGATTAAACCTATGATCTTGGCCTAATTAACACTAGCTAGTAAGTGTCCAAGCTGATCATCTCTACAACATTTCAATAACAGAAAACAACAATTTTCAAAATTAGTTACTTACAATTATGTAGAAATGCCTCTAAAACACAGTATTTTCCTTATATTACAAAAACAAAAATTATAATTGGTTTTGTCCTCTTTTGAGAGTTTGCATGGTGTTACTCCCTGCATAGTGAAGAAAACATTTTATTTAAGTAGATGGATCTAAGTTTTTCATGAACAAAGGAATGACATTTGAAATCAATCCTACCCTAGTCCAGGAGAATGCATTAGATTAACCTAGTAGAGGTCTTATTTCACCCTGAGTTTTCTATGATCGTGATTCTCTGCTGGAGGAGTAATTGTGAAATAGATCTCTCTGGGAACTGGCTTCCTAGTCCAATCAGCTCTTTTACCAATGAACACTTCCTTGTGATATAGATGTTTATGGCCGAGAGGATCCAGTATATTAATAAAATCCCTTTTTGTATTCAATGAGGGAAACACATAATTTTCATCAATTAGCAGCTTATTGGAATATCTGCATGATGGTTTAACACTTTTAAGTGTTGACTAAAGATTAATTTTACAGAAAATAGAAAAAGAAATATGTTTCTGTCTGGAGGAATGATTTATTGTTGACCCCTAAATTGAAATATTTTACTAGTGGCTTAATGGAAAGATGATGAAAGATGATGAAATTAATGTAGAAGCTTAACTAGAAAATCAGGTGACCTGATATCTACATCTGTATCCTTCATTGGCCACCCAGCATTCATTAATGAATCAGATGATGGAATAGATCAAGTTTCCTAGGAACACAGTGAATATTAAAAGAAAACAAAGGGAGCCTAGCACCTAGAAGACCTAGTTTATATTTCAAAGTATATTTGGATGTAACCCAATTTTAAACATTTCCTCACTTGTCTCTCTTAAAGCCTTGCCAACAGCAAGGACAGAGAACCAAAAATAGTGTATATATGAATAAATGCTTATTACAGAATCTGCTGACTGGCACATGCTTTGTGTGTAATGGGTTCTCATAAACACTTGTTGAATGAACACACATAAGTGAAAGAGCATGGCTAGGCTTCATCCCTTGGTCAAATATGGGGTGCTAAAGAAAAGCAGGGGAAATACATTGGGACACTAACAAAAAAAAACAGTTAATTTAGGTAAAAGATAAAATACACCACAGAATGAAGAAAAGAGATGACCCAGACTGCTCTTTAACCTTCATGTCCTAGAGAGGTTTTTGATATGAATTGCATTCAGAATTGTGGAAAGGAGCCCATCTTTTCTCTTCATTTTGATTTTATTAACTCCAATGGGGGAATTTTATTCGTGTTTTGGCCATATCTACTTTTGATTTCTACATTATTCTCTCTTCCTTTCTACCTGTATTTGTCCTAATAAATTGTTGACTTATTAATTCACTACTTCCTCACAGCTTTTTTTTGGCTTTACAAATCCACTGGAAAGGTATATGGGTGTATCACTTTGTGTATTTCGGTGTGCATGTGTAGAGGGGACAAAAATCCTCTCTCAAACTATAAATATTGAGTATTTGTGTATTGAACATTTGCTATAACTACTAGGTTTCTTAAATAATCTTAATATATAAAATGATATAGAAAAAGGGAAATTATAGTTCGTATTATTCATCTAAGTGAAGAGATTAAAACCCAGGGAGTAAATAAATTGTCTAAGGACTAAGGTTGTATACTATTTAGGTGATAGATATGGGGCAACCGTATGGGTTTTATGATTAACAAATAAACTTCTCACCACTCTACCATATCAACTTTTCCATAAAAGAGAGCTATAGTATTCTTTGCTTAAATAAATTTGATTAGTGCATGACTTCTTGAAAACATATAAAGCAAAAGTCACATTTGATTCTATCAGAAAAGTGAGTAAGCCATGGCCCAAACAAAAGATGCATTAAAATATTCTGGAATGATGGAGCTAAAAGTAAGAAAAATGACTTTTTAAAAAAGTTTACTGTTAGGAATTGTGAAATTATGCTGAATTTTAGTTGCATTATAATTTTTGTCAGTCATACGGTCTGACAACCTGTCTTATTTCTATTTCCCCATATGAGGAATGCTAGTTAAGTATGGATATTAACTATTACTACTTAGATGCATTGAAGTTGCATAATATGGATAATACTTCACTGGTTCCCTGAAAATGTTTAGTTAGTAATAAGTCTCTTACACTATTTGTTTTGTCCAATAATTTATATTTTCTGAAGACTTAACTCTAGAATACACTCATGTCAAAATGAAAGAATTTCATTGCAAAATATTGCTTGGTACATGACGCATACCTGTATTTGTTTTGTGTCACAACATGAAAAATGATGGTTTATTAGAAGTTTCATTGGGTAGGAAACACATTTGAATGGTATTTACTAAGATACTAAAATCCTTGGACTTCACTCTAATTTTAGTGCCATTTAGAACTCAAGGTCTCAGTAAAAGTAGAAATAAAGCCTGTTAACAAAACACAAGCTGAATATTAAAAATGTAACTGGATTTTCAAAGAAATGTTTACTGGTATTACCTGTAGATGTATATTCTTTATTATGATCTTTTGTGTAAAGTCTGGCAGACAAATGCAATATCTAATTGTTGAGTCCAATATCACAAGCAGTACAAAAGTATAAAAAAGACTTGGCCTTTTCTAATGTGTTAAAATACTTTATGCTGGTAATAACACTAAGAGTAGGGCACTAGAAATTTTAAGTGAAGATAATGTGTTGCAGTTACTGCACTCAATGGCTTACTATTATAAACCAAAACTGGGATCACTAAGCTCCAGTCAGTCAAAATGATCAAAATTATTGAAGAGAATAAGCAATTCTGTTCTTTATTAGGACACAGTAGATACAGACTACAAAGTGGAGTGTGCTTAATAAGAGGTAGCATTTGTTAAGTGTCAATTACTCTATTATCCCTTGGAGCTTCTCAAAATAACCATATAAGGTGTAAGATGTTAAAGGTTATGGTTACACTCAGTGCACAGGTAAGCTAATAGGCTGAGAGAAGCTAAATTACTTACTGGGGTCTCACAGTAAGAAAGTGAGCTGAAGTTTCAGCCCAGATTTAACTGGATTCTGGGCTCTTTATTCATGTTACTTCATGAATCTGTTTCTCAATTGTGCAGAAAAAAGGGGGCTATTTATAAGAAAAGCAATAAACAAACAAGTAATGATCTCAAATAAGTAATGCAAGAAATAGTGAGATTTCAAAATCAGTGGCAGCGATTTCTCAGTTCTGTCCTAAGTGGCCTTGCTCAATCACCTGCTATCTTTTAGTGGAGCTTTGAAATTATGTTTCAGACAACTTCGATTCAGTTCTAGAATGTTTGACTCAGCAAATTCACAGGCTCATCTTTCTAACTTGATGGTGAATATGGAAATTCAGCTAAATGGATGTTAATAAAATTCAAACGTTTTAAGGACAGATGAAAATGACAGAATTTTAAGGTAAAATATATGAAGGAATATAAGATAAAGGATTTTTCTACCTTCAGCAAAAACATACCCACTAATTAGTAAAATTAATAGGCAAAAAAAAGTTGCATGCTCTTATACTGTAATGATTATCATTTTAAAACTAG
Seq C2 exon
CTTTTTGCCTTCGAGCTATCGGGGTAAAGACCTACAGGAAAACTACTGTCGAAATCCTCGAGGGGAAGAAGGGGGACCCTGGTGTTTCACAAGCAATCCAGAGGTACGCTACGAAGTCTGTGACATTCCTCAGTGTTCAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000019991:ENST00000222390:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.002 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0002421=PAN_1=PD(1.2=2.6),PF0005113=Kringle=PU(41.8=84.6)
A:
NA
C2:
PF0005113=Kringle=PD(57.0=91.8)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains