DreINT0077668 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000045544 | hgfa
Description
hepatocyte growth factor a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-041014-2]
Coordinates
chr4:19740486-19746488:-
Coord C1 exon
chr4:19746374-19746488
Coord A exon
chr4:19740629-19746373
Coord C2 exon
chr4:19740486-19740628
Length
5745 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTAAAA
5' ss Score
1.89
3' ss Seq
TCTTTTTGTCTGTATATCAGTTT
3' ss Score
7.04
Exon sequences
Seq C1 exon
ACTATGTGAGGGAGTGCATCATTGGGTCAGGTGTCAACTACAAGGGGAGAAGGTCATTCACAAAGACTGGAATTACGTGCCAATCCTGGAATATGTCCGTCCCACATGAGCACAA
Seq A exon
GTAAAAAGTTTTACTTTTTTGCCTTTTTTTTCTCTGAGGGGAATTTACTAAACTGCTAAAGCAACTTTAAGGTCCGGAGGTGGATTCAGCTGTAATCCAGGGGTCTCAAACTGCCAGCCCGCCAGCAACTGACGTCAAAAATATAACGAGATTCGGCCCACCAAAACATATATTTTTAAACCACTTATTGTTGTGCAGTTGCGTCTAGCCATTTGAGGTTATGCCCCACCACCTTGTCGACATTTAAAGTACTGCATTCAGATTAGTGTTACTTGCTTTTTCTCTCAGTGTAGGGTAGTGTTTTAATTCTGTGGCTGATTGAAACGTTGAAATATATGTCTGTAAGTGCTCTATTTTTACTAAAGCTCTATTATTGTAAGTATTCAAGGGTTGTTTGATTATTCTCAGTTTATTCCACTTGTATTTTGTTGTAAAAACACTTCTTCAGGCTTACATGTTATGTTGGTGGTTCAACAAATATTATAATTTAGCTAATTCTTGATTGAAATGGTCTCATTTAGTAGCTTTTCCTCATATGCTTGTTAAGATTTGCATAAAAACTTTACGTTAGTAAAATTGTACTGCTAGCTGAACTTGTTGAAGTAAATGAGAATATGTACATACTTTTCCCCTCTTTGTTGTATTTTTACAAAAAAAAAGAGAAAGATACTGAGAAGAACAATTGCCATTAAAGTCACCAAATTGCTTTCTGCTGTTCTTACGCTACTGGGACAATACAATTGGTTGGGACAGAATAATAACACAATAAACCTGACACGATAAATGTGCTGATTTGCATTATTGCAGATGACAGTTAATGCTTGAATTATATATATCATGTCTTTTGTCCTAAAATGCATCAATTACATCAGGTTTCCCCTCTTTTTCTTGTGCTAGAATGTTAAAACGACCCTCCTATGTATTGTAAGTCACTAAAATGGCCCCCCGCTAATTTAAGTTTGAGAGCGCTGCTGTAATCACTGTTTCTGTATAAGTAAAAATTAAATATATAAACATTTAAATGCAGTTGAGTCTAATTATTGCCACCATCTACAATGTATTGTCATCATCCAGTAATTGACTATTTAATTTTGTGCATTTAATTATAATTTGTTTTTAATTTAAAGATCACATGAAGTCGCTGAGATTTTGACTTACTTTGACTTTTATTGTGGGTGATGCCATTAAGGACTGTGACTCCAAATGTGGAAGAAAAAGGTCAGACTTTGATTAAAGATTACCAAAACAAGTTTTTTTTTTTCCAGCGTGGATTAATTGTTCACACAAAGAATTATAATGTCAACTAAATTTTGATTTCACACAGATTTTAAACAAATTAAAAAAAAAAGTTTACTTTCATTTGAAAACAAAATACATTTAAAAAAAATAAATAAACTGGGGGCATTTTCTTTTCATAGTCCGACAATAAATATAATCTCAATCTTTAAAAATAGTTCAGGCAGGAACAAGATCTTGCTTGACATGTTGTGGTATCACAATGGTAATACACCTCTGGTTCTTTAGTAAATTACGAACTACAACGCATCCGGTGCGTTCAAATACAGCATTATAGTATAAACAGTACATCACTTCTATTTAGACTTGTGTGCATAGAATTTATCACTATTTACATTGGTAAACAAGATACTAATTGTTGTGATTTGCACTGTGTGCAAACATTATCCAACCCTATTTGCACTCAGTGTGAATATCATTTATTTCTGTTTCCCTTCATGTAAACAGTATTTGTTTTCTTTTACACAGAAAAATTAGAGTTTAGATTTTCTGCCCGAGCCCAGACTTGACCAGTGGGTCGGGCCAATATTTCCTGCAACTATTTTCAGGCCGGGTCGGGCCATGATCAAGCATTTGTGTGGTTTTGTTTTAGTCATTGCGTAATTAGCCTAATTGGATGAAACGCTATGCCATAATTAGAAATATTATACAAATATTTTAGCAAAGCCGGCCTGAGGAACACGTGTAGGTCTATAAAAGTGCACAATTCGCATTGCATGGTGTGTCATGCGCAGCAATGCTCTAGCTCCTGCAGCAGCATCTCCTCTGCTGGCACATATTCGCACCGCGCGCGTAAGCAAAGGTGAAGCACAGCATGCACATTGCATATGAAGAGCAGAAACAGTGTATAAAAAGTGGATCTTATCCATGCATTTATTGCAGGGATGCCCTAACTCGTCCTGGAGGGCTGATGTCCTGCTTTAGTTCCAACTCCTATCAGACACACCTAGGCTAGCTAATCAAGCTTTTACGAGGCTTTTAAGAAACATCCATGCAGGTGTGTTGAAGAAAGTTGGAGCTAAAATTTGCAAGACACCGGCCCTCTAGGACCAATTTTAGGCACCTCTGATTTATTGGCTAAAATTGCTACTTTTTATTGTTATTCAATGTGTTTTGGTCATGATCAATGCACTGTCACTTTAATTGAGCATGAGCAGTGGCAAAAATAGACCCAGCACCGAAATGACCGCAGCACTGACACGCTGCTTCTGTGTGTGATATGAAAGTTGTAACCTGTAAACATGGCCACCGAAAAACACGCATGCCGTTTTAAAGAGGTGTTAGTAAAAGAACGGGGACTTTCACGATGAACAGACACATGAAGCAGGCTTTCCATGCCAGAAAGGATGATAGTCCGCCTTCAATGTCCTCTTTTGATCGATTCTGAATAACAAAACAACGCAGTTTCATGCTTCGTCCTTGTTCCGTTATTCATTAAGATATACAAATTGTAGTTGAGAACGTCTGTTATAGCACCCTACATATTAAAAAATAGTCAGGTTTAAATCAGGCTCAGGCTCATATTTACAGCTAATGTGTTGGACCAGGTCAGGCTTGGACATAAGGTGTTCGGGTAGGGTTGGGCAAGTAATAAACAACGCAAACCATGGTGAATTCCCACCTCTGTCTTTAAAACCGCTCGCTTTGTAACTCATTCTTTCAGTAAGCTCCTTATTTGCAGCTTTCATATGGTCTTTGACAGCTAGCCATTTTGCGTTCATTTAGACACTAGCCATTAATTGCCGCCAACGTGCTGTCTGCCAACAATTGCTGATTAGTCTAGACTGCAGATGAGGTTGCTTTGTTTGAGAGTCATCTTTTGCACAACAGAAGTTACATGGAACTGTACGGAGTGATGTCTTGACTGACTGAACACGAGCCAGTCTGGTTAATGTGGTCAGTTGTTGCCAGGTCCTTGTTAGCCAAGATGTTATTAGCGAGCTACACTGCTTACAAGCTGTATAAAGATTTTAGAGGTGAGAGAATGAAAGAAAGATAGAGAAAGAACCAGAGAAGGAGGATTTATGGACTGAAGTCATGTTCTGTCTGCCCTCCAGCTGAGCTCACAAAGCCGCAGACACATTAAAATACGAGCAGCATTCGAGACTAGCACACACAGATGCTAATCCAGTCCCTCTCCTCCCTATGGATTACAGTACTTTCCGACTTGATTCCCCTCAAACCTTTTTTCCATGTGATAAGATCTTTTTCCTCTCAAATTCAAATCTCTCAATTTATCCACCAGCACAATGTGACCACCTGCCTCATCTATTCGGCCAAGACAAACGGGGAAACAGCAGAAAGTGATCAGAATGTAATGACCACCAAGTAAATCTTCTAAGGGAAGGCAAAACATGCAAGTCCCTTTTGTATCAATGAGGTACTGGCGCTGATTCTGTAGTCAATGCCAACCTGCTGCCATGAAATGTCACTTTGAAAAAACTTGAACCTTTTGTACAAACACAAACGGATCGTTTTCAATAAATCACCCATTTCCGACCCAAATGACCTCCTGGTGTTGTAAGTGGGATTAAAGAAAGTTTAACATTTCTGTTCAAATTGCATACAGAGTGCAAGAGCGTCTGTTGGCAGCCATACAGGAATAGCTGGCTAACATCTGTTAGCACAACATCATTAGCTGTTGAGATCTCAGGCCTCATGTGGAACCAGCCACAAGATCCAGATGCAGGAATACAGCCTATTCCAGCACCACACGCCTGTCGTAACCAAGTTGTTTAAGCAGTTTTTCTACTCTGCCTGTACGCCTGATGTATGATCTCTGTATGCTTTTAGTCTTTGTTAAATTTTTTGTCTTTTTGTTTGGTGCCATTTTAGCTTATTTTAATATTTTAGAAGAGCTTGGGACTTTAGGAGTTGGGTGTTTTGGTTTAGGTTGGCTTAGATTCAGACACCTTGAGAGGGTTTTACATCGTTTCTGTTCTAGCTGGTTGAATATGGTCATTTTTAGTCATTAGCTTGTCCAGTATGGTTTAGGTCTGATTCATTCAAATCAACATGGCTAACCAGGGTTTCTCAAATTGGGTCATAAAGGAAAAAAGTAAAAGTCTTGTCGTGCAATATTTAGCTCCTAATGTAAACTAAAACAGCTGAGGAAGCAAGTCATATCAGAGTCATTAGATGGTTGGTACAGGCAGATATGTTTGATCAGAGTTTGCGCTAACAGGACACTTTGAGAAAACATGTAGAAGACCATCCATACATCTTTTGTACTGCTTATCTCCAGTCCTCAAAACCCACTTAGAATGATTTAGATGTCTCTGTACTCAGCACACTAAGGAGCTGATGAGTTGAATCATGTTTTTAAACAGACATCTAAAACATTCTGGCAGGTACCTCCCCAGAATTGTAGTTGAAAAAACACTGCAACATATGGTTGTAGTACCTAGTACATAAAGGTATATCTAATTAGGCTCCAGAGGTAAAACTCTTTCTCCAGTATACCCTCTCAGACTTTGTGCTCCAAATGTGATAAAGAATTATGGTGAAAACAATCATGGTTCCCATATTGAAGTCTTCCAAACTGAAGCACACAAACCTGACCCTGCGAAGAGAAGGATTTTGAAGGCTACAACTGATTGACATTTCAGACCCCCATAATCTTTTGCACAGGGAAGTTTTTGAGTGTTGAACGACACACTCCATTTGGAAGTTTCATCCCTTTTCCTTTTGAATTTGTAAACCCT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Seq C2 exon
TTTTAAGCCTACCAGACACAAAAAGTCTGACCTACGTCAGAACTTTTGCCGAAATCCAGACAATGATCCAAATGGGCCCTGGTGCTTCACTGAACTCACTGAGACCCGGCACCAGGATTGTGGACTGCCTCAGTGTTCAGATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000045544:ENSDART00000100952:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.051 A=NA C2=0.224
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0002421=PAN_1=PD(1.1=2.6),PF0005113=Kringle=PU(41.8=84.6)
A:
NA
C2:
PF0005113=Kringle=PD(57.0=91.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]