HsaINT1022624 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000152601 | MBNL1
Description
muscleblind like splicing regulator 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:6923]
Coordinates
chr3:152459271-152465780:+
Coord C1 exon
chr3:152459271-152459345
Coord A exon
chr3:152459346-152462384
Coord C2 exon
chr3:152462385-152465780
Length
3039 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACAGTAAGT
5' ss Score
9.49
3' ss Seq
TATCTCTTTTTCCCTTGTAGATC
3' ss Score
12.36
Exon sequences
Seq C1 exon
ATACCCATAATATCTGCCGAACATCTGACTAGCCACAAGTATGTTACCCAGATGTAGAATTTTCATCACTAAACA
Seq A exon
GTAAGTTCATTATGTAATATATAGTTGCATATTTGTGGTGGTTTTTTTTAAGATAGCAATTGTATAGTGCACTTAAAATTTTGCGAAATCTCTGAGAAAATATATACAGATCACATTTTTATCTTAAATGGGTGTGAGGAATTTTATCAGACATCTTTATAACAAATATGTTAATATCACTTAAATATACAAAGTACTAAGAGAAAATAAATTTTTTAAATTTCTGATTAGAGATAAACACAGCATAAAGAAAATGTATGACCAAAAAGTAATTAGAAGGTGTAGATCAAGGGTTGGCAAACTTTCTTATAGGGTCAGACAGTAAGTATTTTTGCTGTGTGGGCCGTATCGTTTCTGTTGCAGCTACTCTCCTCTGCCATTGTATCATGAAAGCAGCCAGAGACCACATGTAAACAAATGGGTGTAGCTGTGTTCCAGTAAAACTTTATTTACAAAAACAGGCAGTACATCACATCTGGCCCACAGGCAGTAGTTTGGCTGACCTCTGGTGTAGATTATCACTTTTTTTTTTTTTTTTCATTCTTTGGCTAAACCTTAAATGGGACCATGTACTTACTTCATCCCATGCACCACCATACACAGGGGCATTAGAATGTAATGAGTTTGGCTAAGCGTGGTGGCTCACACTTGTAATCCAAGCACTTTGGGAGGCCAAGGTGGGTGGATTGCTTGAGCCCAGGAATTTAAGACTAGCCTAGGCAACATGGTCAAACCCTGTCCTACAAAAAATACAAAAAAATCAGCTGGGTATGGTAGCACACTCTGTAGTTCCAGCTACTAGGGAGGCTAAAGTGGGAGGATCACTTGAGCCCAGGAGGTTGAGGCTGCAATGAGCTGTGATTGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCAAGACCTGTCTCAAAAAAAAAAAAATGTAGTGAGTCTGACTTTAAATAAATATATACACATAATCAAATATATGTGTACACACAAATCTACATATTCAAATGAATCTTAGTTACTTTAAAGTAGTTACCTCAGAGGATCATATAATTCTGAAAATGTTGCCATTGCCACATTTTAAAAATGGTTTGAAAGTCTTGTATTTTGTCTTTAAAAACACTGTGGTGGTGGGGTCGGGGGAGGGGGGAGGGATAGCATTGGGAGATATACCTAATGCTAGATGACACGTTAGTGGGTGCAGCGCACCAGCATGGCACATGTATACATATGTAACTAACCTGCACAATGTGCACATGTACCCTAAAACTTAAAGTATAAAAAAAAAAACAAAAAAAAAAACCACTGTCTTAAATACTTAAAAAGGTGTCCATTTTTCATCCATAGGAATATGTTTTGTCCAGTATGCATGCATTCAAGTTATAACATGTGCTCAGATGCTTGTTATTTATTTTTATATTTAGAAAGAGACATTACATTTAAAACTGAAATTGGTTAAGATGGGTGACCATTCTTTGTTGCTTCCTTTATTTATTTATTAACATATTTACAAATGAGTTTTTGGTGCTACTTTGTGTTAGTTACCATGGCAAGGAGATAAAGGTAAATAGATAATAAGATAAAGATGTAAGGAATTTCAGGATAATATAGTAAAATAAGAGAGGTTTGAAGAAATTTCTCTTAGAGCAAAGATGAAGGAGCAGCTGTTCCCAACAGGATCCGTAAACAAATGAATGTGGACAATGAAGGTGTTGTTCTAAAGAGAATGGAGGTGTAAAGGCCTTGTAAAAGAAGGACAGTGTGCCAAGTCAGGAAACGATGATGGCTGAGAACCAACTCAGAAACCCTTGTGATGTTAATCTGTAGCAAAGCTGGACAAAGTCAAAGCCCATGCAGGAGAACAGGCAGAATTCAATAGCCATTTAAGAAAGAAATGAGAGGCTCAACTGGAGAAGTACTGCCAAAGATATGCTGCAATCGTGAATTATTAAAATTGATTTTTGTCTATTTCATAAGTTTTCTCAAAGCAGTTCTGATAAAAAGGTTCAGATTCTGAACAATAGCCACATTTGTAGAAGAAGAGGCATTACTTTGCAGTGTTGTAGGTTTAGAAGAAGAGGTTTTTTTGACATGCCAGAAAAATCTGTTTCAAGCTCTTATAGTCAATTAGGTGTGTTTGGTATGTATATATTTAACTAAATTCTGTTTCTTAGCAATAATCCAGGTTGAAAAAAATTTCTAAAAATAATTAGCAAACCAGTAGTTTTGTCTGTATTGAAGCTAAGCTTTTAATGTTCTGTTCATTTAACAAATGATTGCTCATCTTCATGAGGAGTTGCAACATTTAAACTGGTTTTTGAGTCACTAGATTATGATTTCTTTCATTTTCAAGGTTGTATTGTGAAGCATACTTTTAATATATGTAAATATTCGCTGCTGAGAACAAATTTCATGTAAAAACTGGAACTGTTAATCCACAAGTACATTGTAATGTCTATTACAGCTTAATTCATGAGTAATAATTCTGTAATTCAAAAAGAATGATTTTTATTTTCTTAGTTTTAGGTGAAAAAAGTTCAACAAACTGAATTACCCAAAGCCATCACTTAAAGTATCATTCTTTTTTTTTCAAACATGCATTATGCTAATCAAGCACCCAAAAAGAATAAATCTTGTTTAATAGAACATATTACATGAATTTTAATTTTGTAGACCAGACCTTTACTCTTGAAACCTTATTAAACTTCAGAAAAGAAGTTTAAATTTTGCCCTACAACAATTGTGCTAAAAAAGAGCTCTGTATATTAGGCCCCCTGATTCTGCAAATGTATTTTATACTTTTAGTTTAGGATTGGTAAATTTTGGAGCACATTCTACAGTTTTATTAAATTGTACGTGTTATTTCATTCGTGTAGAGATGATAGACAAATTTTGATCTGTCTACTCTTGTAAAATGGTTTTTGTTTTTATATGAAGATATAATGTAAATATACTGGTTAATCAAAAAGAAAATTTTCATATTAAATGTATATTAGAAACTGCTTTTAGATATTACCTGTTCTAACAAAGCTTATCTCTTTTTCCCTTGTAG
Seq C2 exon
ATCATGCTAAAGAGGAAAGGACAGTGTGCTTGGTTAGAGTAAAGGACGAGGTCATTAGCCATATTGTATATATCGTCAAGCAACACACACAAAAGTTCCTCAGCCACAAGACATCCACATATTGCATGTTAACCAGAAGAAAAGACAACATTTTCCGGAAATCCACTGCACACTGTTGCCTATACACTTTGTACATTTAATTGATATTTGTGCTGAGGTGATATTCCTGTCTAAAAGAACAACATTGTCTTTCTTTTCTAGCACAGAGTTATGCATTCAAAGATGCATACCTAGTTAGTTTCCTATATATTCATGCCATCTTGAAAAGACAGACTATGGTGTAACCATGATTCTATTATGTATTGGTACGTCTGTAGACCAAGATATAATTTTTTAAAAATAAGTTTATTTCTTTCAAGGTTTACAAATAACAAAGGTGCACCTTGTATTTAAAATTGCCATTATAGATGAGAGCGTGCATGCACAGTCATTTTTGTTTAAGAGTAATATTTTTAATGTAATAGATTGTAAGACGTGGTGAGGGAGGGATCTGACAGAGATGAATGTGCCAAGCAAAACCACAACTGTGTATATTTTAAAGCACATCATGGCTTTAAGTACCATGTTGTTAAGGATTCTCATGAAGTGCCATAGACTGTACATCAAATTAGAGTATTATTTCTTCAGTGTTATTGTTTTCAGAGCCACATTTTGTTGCATATTTGCTAGTACTAATCAGTCAAAGGGCACCATTCTTTTTTTTTTTTTTTGAAACCAAAGCTGTCTCAGAAATGGCCAATTTAACTTTACAGTAACAATAGACAGCACAACACAAACTCTCTCAATACAGATAAACTCACACATACTGGAGATATATATATAATAGATATATATAAAATTATTTTAATGCATTGTAGTGTAATATTTATGCATACTATACTGTATAACATGTTATTCAAAAGGGATTGCCATTTCTGAGACACAGTAACAAAAAAATGAGGAAATTATTTTGCTTCTATTTATAGCCTCTGTCAAAAGTCAAAAGACTATAAATGCTTTGCAAAAATGGTTTCACGTTTGCTTAAATGCTTCATCACAGTCACATTCAAAATAGTGACTCTAAACAAAGAAGAAAGCAGCACTGTCATCAGATGCATGATAAACCAAAATATGAAAATGGGAAATGTTTAATTAACCTAGTAATTGGGTGGGTTAAGTACATGGGTGAATTTTATATGTGATTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTCAGATTAACTGCTTATAGCCTTAGAAAGCCTTTTACAAAATTAAAAAAAAAATAGATGTGCATTCAGTTTTTAAGAATGGAATCATCCAAAGGAATTCCTTTTTTTGAGGTTTGGATGTTGCAGCTAGTAAAGGATATTTTTGCTCTGTTCAGCAGTTCTAAAAATTGCTGAAGTAGGGGCCAGGTCACTGGTAGTTATAGTATGGAATGGGAGAAGTGAAAGTTCAGTTATAGAACTTTCCATACTTCCAAGTTTACTGCAAGTTTTTATGCTTGAGAGAGATGCTTTCTAATATAAGACTGATGTGTTGATTTTACTGATTGTACTGTACATCTATTAAAGCCTTAGATTATTACATTACGGGTTGGAACCCATACCAATGTAATTTCAATCGTGTTAAGAAAGTAATGGTGACTTCACATGTTATTGTAGTTAGTTACATTATAGAATATTACTTATTTTTCTTGTTAAAATGTAGTTTTTCATTTCCTACATTTATTAGATTTTCATTTTCTATTAACAATTGAATACCATTTCAGTTTATAGACTTGTTTTATTAGATTTTACCAATGAATTTTTCAAAATACAAAAAAAAGTAGTTTTTCCTTCATAACATACTCAGTTTTGAATTACATGTAGTGTCACATGAATATTCGTATTGTTAACTAAATGATTTATATTTTACTGATTTAATATTACAGTGTAAGAATGTCAGTCATTGTTAGTTCTTGTCTAGTTTTCATTAAAAGAACAAAGATCTTTTATATGGATATCTTATAAATATATAATCATTGCTAAGTAAGAAGTTAAGTTGTTGCTATCGCAACAATCCTGGCAGACAATTGAGTAATATTTTGATGATTTATTTTGTTTGTAATTAGTTATTATAAGAAGATCTAGATCCTAGATATTAGAATAAAATTTATTTTCTACTGTATCCATTTCAAATGTTAAAATATTGTTTAATATTTTTGAAATCCCTGAGTATCAGGCCTTGTTATAAATAAGCTGCATAATCAATAAATAGAACAAGGGACTTTTTGTTGATAATCCAAATACTCAAAGTTTACGTAATGAAAATTATAGCGTGTGTGCAAACTCTTGAGGGTTGATTATGCTGCAATTTAGCATGTTGGAACGTCTAGGGAGAAGGTTGACTTTTTGCACTTCTGTATATAGTCAAAAGAGAGAAACCTGTATAATAGTAAGATCTTATTTTGAATAAAAACGTCTATAATTACAAGGAGTTTTGTTAAGGCTAATACAATGACAGACTGAGCAAAATTGCTTGCAAAAGTGGCACAGAGTTAGCACTCCATACCCCTTCAAACATGTTGCTTTGCTTTCTTGTGGACAGCTTGTAGTTTGCCAGGATTTTTTCAGCTGGAAAGATACGCCATCCTTTCAAACCCTCATGACTGACAAAAACTCCATGGGGCCAAATCTGCCTGAAGATCATTACCAAAAATAGCAGGTACTTCTACCATTAAGGTGAAATCATGGATCAGATATTCCTTACATTTTTCAAAACTACTGCATGTTTAAAACTTCAACAAAAAAAGAGAGAAAGAACTATACTAAGAACATATATTATTCAGATCAGTTTCTGCCAATTTCAGTGGTTTATTGTTCACAAAAAAATCTTCAAAACAAGTATTGACTTTCACAAAATTTAAATCATAAACAGGCAAACCAAACAGCACACTGTAGCTATAGTTGTTATGTGATTGTTTTTTAATTGCTGTAGGATCCTGTTCTTTCAGCAGGTGAAAAATAAAACGCAGTTCAAATTTCATGGTTTTAATTTTCAACTCAGAAGCACTCAAAAATGCAAAATGTGATAATGGGCACTTGTTTAAAAGAATTAGTGTATCCAGCCTTCACTCCAGCTGGTTAAAAATGTTGCACTTATCAGCAACCCTACCACTTTCATCTGCTGAAAGGACAAATGTGCTTGGTTTTACTATTATGTAATCACAACTTACTTTCTGCTTGTAGTTGCTTAAAATTATGTATTTTGTCTTGGGCTGCAATTTGTTTTATGCTTATTTTATTATTACTGCAGTAGTTGACTTTGCTGTATGGAAAAATAAAGTGAAATTGCCCTAATAAAACTTCTCTTTCTTAAGTA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000152601:ENST00000355460:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.184 A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains