MmuINT0096301 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000027763 | Mbnl1
Description
muscleblind-like 1 (Drosophila) [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1928482]
Coordinates
chr3:60429046-60433670:+
Coord C1 exon
chr3:60429046-60429120
Coord A exon
chr3:60429121-60430301
Coord C2 exon
chr3:60430302-60433670
Length
1181 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACAGTAAGT
5' ss Score
9.49
3' ss Seq
TGTCTCTTTTCCTATTCTAGATC
3' ss Score
12.2
Exon sequences
Seq C1 exon
ATACCCATAATATCTGCCGAACATCTGACTAGCCACAAGTATGTTACCCAGATGTAGAGCTGTCGTCACAAAACA
Seq A exon
GTAAGTTTATTATGCAGTATAACCACTCTATATTTGTGGAATATGTTAATATTTAAAATACAAAATATTGAAGGATAATATATTTTGAGTTTTTATTTCATATTACAAATAAATATAAACACAAATATAATATAGCAAAAGTAATTAGAAACCATGAGTCAAATTTGATGAACTTACCTTAAGAAGATACCTTAAAGCCACAGAGCAGGATTTTGGGCTGTATGGGACCTTCAGTTTTGGCCACAGTTCTCCCACATTAGTATACTTATGTTTTATTTACAAAGAGCTATTTAAAACTCAGTCCTGTCAGTGGGCAGATGCTGGGTCTTTTGTTTTTTCCTTTGAGAAGCTCAATGACGTGTTGGCAAGTAAGGTTTGGCACTGCTTTGTGTTCGTTTCCACGTTAGTGTTGCAATGATGTGAATGATCTCACAGCTCTGTATGAAAATGGGAGAGCTTGGAATGTGCTTCAGTTGAGGCAGAGGTACGCGAGCTTCTCTTCTCAGTAGTTATAAAAGAAGGCATTTGCACAGGGAAGGCTAGTGTAAGAGGAGAGACCTTGAATTGAAGTAGGAACAGAGCACAGGTCAGATCTACAATGGTAGTTAAAAAAAAGAGTGGCAGGAATCCATAGCAAGAGCCAGACATATAGGTTCCAGAAGAGAGAGAAAGGAGGTCAGAGGGAGAGGCATTTAAAGACAAAATGTACGACTGAGGATCCCTGCCAAAGATATGTTGCAGTTAACAGTTATTTAAGAAAAAGATTTGTCCATTTGTAACTTTCTCAGAGTAGTTCTGGCCAGATATGATGGTACGTACCTTTAATCCCAGCATGTTGGAAGCAAATATGAGTGGATTTCAGTGAATTCAAGAAGAGCCTGGTCTATATAACACGCTCCAGGTTAGGCAGGATATACAGTTAGATCCTGTCTCAAAAAAGGAGGGAGGGTTAAAATGTTGTTTCTTCATAGTCGGTCAAGTGCATGAAATAAGCACACTACTCTGTTGGTTATATGTTTAAAGGAGTTTTTGTCAACATGTTGACCATGTATCAAGATGTGTGTGGAGTGTGTGTGTATGTGTCTGTGTGTATGTGGTATACGTATATTACTATATATTGAAAAATGCTTTAAGTAATTATTTATATGTTTGAACAAAGACTGTCTCTTTTCCTATTCTAG
Seq C2 exon
ATCATACAAAGAGGAAAGGACAGTGTGCTTGATTAGAGTAAGGACGACGTCATTAGCCATATTGTATATACCGTCAAGCAACACATACAAAAATCCCTCAGCCACAAGACATCCACATATTGCATGTTAACCAGAAGAAACGACAACATGGGAACCTGCTGCACACTGTTGCCTACACACTTTGTACATTCAGTTGGTATTTGTGCTGAGGTGATATTCCTATCTAAAACAACAACATTGTCTTTCTTTTGTAGCACAGAGTTATGCATTAAAATATGCATACGTAATTAGTTTCCTATATATTCATGCCATCTTGAAAAGACAGACTATGGTGTGACCATGATTCTATTATGTATTGGTACGTCTGTAGACCAAGATATAATTTTTTAAAAATAAGTTTATTTCTTTCAAGGTTTACAAGTAACCAAGGTGCACCTTGTATTTAAAATCGCCGTTAGAGCTGAGAGCGCGCATGCAGAGTCATTTTTGTTTGAGAGTAATATTTTTACTGTAATAGATTGTACGACATGGTGAGGGAGGGAACTGACAGATGAATGTGCCAAGCAAAACCACAACTGTGTATATTTTAAAGCACACCATGGCTTTAAGTACCATGTTGTTAAGGATTCTCATGAAGTGCCATAGACTGTACATCAAATTAGAGTATTATTTCTTCAGTGTTATTGTTTCTGGAGCCACATTTTGTTGCTTATTTGCTAGTACTAATCAATCAAAGGGCACCATTCTTTTCTTTTTTGTTTTTGAAACCAAAGCTGTCTCAGAAATGGCCAATTTAACTTTACAGTAACAATAGACAGCACAACACAAACTCAATACAGATAACCTTTCACATACTGGAGATATATATGATAGATATATAAAATTATTTTAATGCATTGTAGTGTAATATTTATGCATACTCTACTATATAACATGTTATTCAAAAGGGATATGCCATTTCTGAGACACAATAACAAAAAATGTTTGAGGAAATTATTTTGCTTCTATTTATAGCCTCTGTCAAAAGTCAAAAGACTATAAATGCTTTGCAGAAATGGGTTCACGTTTGCTTAAACGCTTCATCACAGTCACATTCAAAATAGTGACTCTAAACAAAGAGAACAGCACTGTCATCAGATGCATGATAAACCAAAATATGAAAATGGGAAATGTTTAATTAACCTAGTAATTGGGTGGGTTAAGTACATGGGTGAATTTTATATGTGATTCTTTTGTTCAGATTAACTGCTTATAGCCTTAGAAAGCCTTTTAAAAAATTTTAAAAATAGATGTGCATTCAGTTTTTAAGAATGGATTCATCCAAAGGAATTCCCCTTTTTTGTGGTTTGGATGTTGCAGCTAGGAAAGGCTATTTTTGCTCTGTTCAGCAGTTCTAAAATCGCTGAGTAGGGGCCAGGTCACTGGCAGTTCTAGTGTGGAATGGGAGAAGTGAGAGTTCTGTTATAGAACTTTCCATACTTCCAAGTTTACTGCAAGTTTTTATGCTTGAGAGAGATGCTTTCTAATATAAGACTGATGTGTTGATTTTCCTGATTGTACTGTACATCTATTAAAGCCTTAGATTATTACATTACGGGTTGGAACCCATACCAATGTAATTTCAATCGTGTTAAGAGAGTAATGGTGACTTCACATGTTATTGTAGTTAGTTACGTTATAGAATATTACTTATTTTTCTTGTTAAAATGTAGTTTTTCATTTCCTACATTTATTGGATTTTCATTTTCTATTAACAGTTGAATACCATTTCAGTTTTTAGACTATTGTTTTATTAGATTTTACCAATGAATTTTTCAAAATACAAAAAAATTAAAGTAGTTTTTTCTTCATAACATACTCAGTTTTAAATTACATGTAGTGTCATATGAATATCCGTATTATTGTTAACTAAATGATTTATATTTTACTGATTTAATATTACAGTGTAAGAATGTCAGTCATTGTTCTTGTCTAGTTTTCATTAAAAGAACAAAGATCTTTTATATGGATATCTTATAAATATATAATCATTGCTAAGTAAGAAGTTAAGTTGTTGCTATGGCAACAATCCTGGCAGACAATTGAGTAATATTTTGATGATTTATTTTGTTTGTAATTAGTTATTATGAGAAGATCTAGATCCTAGATATTAGAATAAAATTTATTTTCTACTGTATCCATTTCAAATGTTAAAGTATTGTTTAATATTTTTGAAATCCCTGAATATCAGGCCTTGTTATAAATAAGCTGCATAATCAATAAATAGAACAAGGGACTTTTTGTTGATAATCCAAATACTCAAAGTTTACGTAATGAGAATTTTAGCGTGTGTGCAAACTCTTGAGGGTTGATGATGCTGCAATTTAGCATGTTGGAAAGTCTAGAGAGAAGGTTGACTTTTTGCACTTCTGTATATAGTCAAAAGAGAGAAACCTGTATAATAGCAAGATCTTATTTTGAATAAAAACGTCTATAATTACAAGGAGTTTTGTTAAGGCTAATGAAATGACAGACTGAGCAAAATTGCTTGCAAAAGTGGCACAGAGTTAGCACTCCATACCCTTCAAACACGTCGCTTTGCTTTTTGTGGACAGCTTGTAGTTTGCCAGGATTTTTCAGCTGGAAAGATTTGCCATCCTTCCAAGATCTCATGACTGACAAAACTCCATTGGGCCAAATCTGCCTGAAGATCATTACCAAAAAATAGCAGGTACTTCAGCCACTAAGATGAAATCATGGATCAGATATCCCTTACATTGTTTTCAAAACTACTGCATGTTTAAAACTTCAACAAAAAGAGAGAAAGAACTATGCTAAGGACATATATTATTCAGATCGATATCTACCAATTTCAGTGGTTTAATGTTCACAAAATGAAATCTTGAAAATAACTATTGACTTTCACAAAATTTTAACCATAAACAGGCAAACCAAACAGCACACCTGTAGTTGTTCTGTGATTGTTTTTTAATTGCTGTAGATCATGTTCTTTCCGCAGGTGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAGTTCAAATTTCACAGTTTTAATTTTCAACTCAGAAGCAAAAGAGCAAAATGTGACAATGGCCACTTGTTTAATGACTTGGTTGCCCAGCTGTCACTGCAGCTGGCTACTGATGTTGCACTTACCAGCAACCCACCCACCTTCATCTGCCGAAAGGACAGTGAGCTTGGTTTTACGATTATGTAATCACAACTTACTTTCTGCTTGTAGTGGCTTAAAATTATGTATTTTGTCTAGGGCTGCAATTTGTTTTATGCTTACTTTATTATTACTGCAGTAGTTGACTTTGCTGTATGGAAAAATAAAGCGAAATTGCCCTAATAAAACTTCTCTTTCTTAAGTA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000027763-Mbnl1:NM_020007:9
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
3' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.354 A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
ACCCAGATGTAGAGCTGTCGT
R:
AGTCTGTCTTTTCAAGATGGCA
Band lengths:
358-1539
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: