HsaINT1023661 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000057935 | MTA3
Description
metastasis associated 1 family member 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:23784]
Coordinates
chr2:42722889-42756947:+
Coord C1 exon
chr2:42722889-42723035
Coord A exon
chr2:42723036-42753373
Coord C2 exon
chr2:42753374-42756947
Length
30338 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTATGT
5' ss Score
8.35
3' ss Seq
CTGTTACTTCCCTTTTCTAGAAC
3' ss Score
10.85
Exon sequences
Seq C1 exon
AGATCCATCCTGCAAAGAAACCTAATGTAATTCGATCTACACCAAGCCTGCAAACCCCAACTACCAAGCGGATGCTAACAACTCCAAATCACACATCTCTGAGCATTCTGGGGAAAAGAAACTACAGTCATCACAATGGTCTGGATG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000057935:ENST00000406652:16
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.940 A=NA C2=0.125
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains