RnoINT0094995 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000004685 | Mta3
Description
metastasis associated 1 family, member 3 [Source:RGD Symbol;Acc:1306803]
Coordinates
chr6:7017140-7031828:+
Coord C1 exon
chr6:7017140-7017286
Coord A exon
chr6:7017287-7031670
Coord C2 exon
chr6:7031671-7031828
Length
14384 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTATGT
5' ss Score
8.35
3' ss Seq
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3' ss Score
5.69
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000004685:ENSRNOT00000061921:16
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]