HsaINT1027691 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000138398 | PPIG
Description
peptidylprolyl isomerase G [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:14650]
Coordinates
chr2:169636092-169641406:+
Coord C1 exon
chr2:169636092-169636228
Coord A exon
chr2:169636229-169636412
Coord C2 exon
chr2:169636413-169641406
Length
184 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAAGTAAGA
5' ss Score
5.17
3' ss Seq
TTCTTTTTCTTATTTTTTAGGAG
3' ss Score
11.87
Exon sequences
Seq C1 exon
CGTTATCGAACTCCTTCCAGATCCAGATCAAGGGATCGTTTCAGACGTAGTGAGACTCCTCCACATTGGAGGCAAGAGATGCAGAGAGCTCAAAGAATGAGGGTATCAAGTGGTGAAAGATGGATCAAGGGGGATAA
Seq A exon
GTAAGATTTAACTATTATTATTTCAAATGTAATGATAAGTGTTTGCTTTTACTATTATACATAAAGTTATTGTCATTTTAGTTATTGCTGAATACCTTAAGAAAAGTAGAATATCATTTTAGCTAATAATATCTACAGTTCTTTTCCTAATAACATTTCCCCAATTCTTTTTCTTATTTTTTAG
Seq C2 exon
GAGTGAGTTGAATGAAATAAAAGAAAATCAGAGAAGTCCAGTTAGAGTAAAAGAGAGAAAAATAACAGATCACAGGAATGTATCTGAGAGTCCAAACAGAAAAAATGAAAAGGAGAAGAAAGTTAAAGACCATAAATCTAACAGCAAAGAGAGAGACATCAGAAGAAATTCAGAAAAAGATGACAAGTATAAAAACAAAGTGAAGAAAAGGGCCAAATCTAAAAGTAGGAGTAAGAGCAAAGAGAAATCAAAGAGTAAAGAAAGAGATTCAAAACATAATAGAAATGAAGAAAAGAGGATGAGGTCAAGGAGTAAAGGAAGGGATCATGAAAATGTTAAAGAAAAAGAAAAGCAGTCTGATTCTAAAGGAAAAGATCAGGAAAGGAGTAGAAGTAAAGAGAAGTCTAAACAGTTAGAATCAAAGAGTAATGAGCATGATCACAGTAAAAGTAAGGAAAAGGATAGACGCGCACAATCCAGGAGTAGAGAATGTGATATAACTAAAGGTAAACACAGTTATAATAGCAGAACAAGAGAACGAAGCAGAAGTAGGGACAGAAGCAGAAGAGTGCGATCAAGAACCCATGACAGAGATCGCAGCAGAAGCAAGGAGTACCATAGATACAGAGAACAGGAATACAGGAGAAGAGGACGGTCACGAAGCCGAGAGAGAAGAACACCACCAGGAAGATCAAGAAGTAAAGATAGGAGGAGAAGGAGGAGAGACTCACGGAGCTCAGAGAGAGAAGAAAGTCAAAGCAGAAACAAAGACAAATACAGAAACCAAGAGAGTAAGAGCTCACACAGAAAAGAAAATTCTGAGAGTGAGAAAAGAATGTACTCTAAAAGTCGTGATCATAATAGCTCAAATAACAGCAGGGAAAAAAAGGCTGATAGAGATCAAAGTCCCTTCTCAAAAATAAAACAAAGCAGTCAGGACAATGAATTAAAGTCCTCCATGTTGAAAAATAAGGAGGATGAGAAGATCAGATCCTCAGTGGAAAAAGAAAACCAAAAATCAAAAGGTCAAGAAAATGACCATGTACATGAAAAAAATAAAAAATTTGATCATGAATCAAGCCCTGGAACAGATGAAGACAAAAGCGGATGAGTGAGTTATATAAACTTACTTCCATTCTGTTTCGGATTTTAAGTTTGAGAGACTTGCTAATGAATCTCCTTTATGTTGTTTTCCTTTTCATTGTTTTTGGATTGTTTTATGTTTGTCCTTTTTTTTCTTAATGTGGATTTCATTGAGTTGATTTTTTGATAATCTGCAATCTGGATAATTTGTACTGCTAAAGTTTTAATAAACTCGACATGAGAAAAACACTTTGGTGTAGTACTGTGTGCTGTGTTTAACTATTTTATGTATGCATTACTGTGTTGCAACAATTAGCCAATAGCATCCTAATTTGTTTAGTCAGCCATTTGGAATGGTTGCAATGCATTGTTGCAAAAGCTTGTGTTTCTCATGATTAAAGTAACTTTAGAAGCCACTAGAAGACATCTTGTATAGATTTTCTGATTGCGTTATAAATAGAGGTTTGCAGCGGTTTCTTTTAATTACACAGAAGCAGGGTCCTAATAACCTGAGATCTTAAATCATCACTTTTGATTTTATAGTAATTTGTGCTTTAAAATAGATGTATTTATATTGCACTTCATACTCTATTCTTTATAGTTCGAGCCATAGCTTGTTTCCTATTAATGCTTTTCCTGTCTAGTTGTGTTTTACTTAACTGCCTATAAAAATCGTAAGAGTAATTTTTTTCAGTTGATGTACTGATTGAGCTTGAGTTGCTGTTATACAGCATTTGACAGGAACTATACCTTGGAAAATCAGATTGTGATTCTCAGTTCTGTGTTGCTTTTGGTTTGAAGAGTTTTGGGAACGTTTTAATTATTAATTACCCTTCTCTAAACTTTAAAAAAAAAAAAGCTTTTCTCATTAAAACATACCATTTGTGCAGGTCCTTAAGCTATACAGATTCTAAAAATTGTTAGTATTGAGACATTAACTTCTAAGATTTCTCTTTTTTGGCCTCCAACCTATATAGAATTGAGTGTTAACTCTGCATGGATTTTGTTTGTTTTAATTGAACTGACTTCTCTAACTCTCATAGCTGTGAGTTCCAAATGGCAAGAAAATGCATCTTTTCTATATATGTATCACGATAGGCTATAGCATGTTTATGACTCTGGTTTCTTTCTCTTCAGGTGGTTTTATACCATTACTGTTAATGTTATTTTAACTTGGCATGTATAACATTGCCATATAGAGTAGAGTAGAAAGTTGCAAATTTTGATAGTTTACAGAGTTAAACACTAAACATATCCAAAGTCCATTTAGAGTTTTGGGTGTTGTATTTTGCCATTTTTGTGATGTGTGGCCTTTTATTCTGTAATCTCTTCTAAATAAAACATTGAACATCCAGCAAACATAAAACCTGCCTCATTTGAAAAGGAATTTCAAAATTCCAATTAATAGGATTCTCTAGAGAGTTTTGTACTTTAATATTTGTCAGTGTAGTGTCAACTCTGTTACCAAGGTAGCTTCTTGGTAAATCCAGTAGCTACTCAATGCTATTTGTACTGAATAAAGCAATTATTAACATGATACTTCCCACTATTGATTAATGCAATATTGATATATTTGGCGTTGTGGTAGCTGTTGCAGAATGAATAGTGTAATGACCATAAGATTGCTTGGAAAATTGTAATACAGATATCCACAATGAATTCTTTCCAAAATTTTTTTTTCCGATGATAAAAGTAGTAGATGTTTATTATAAAATCCAAGGTGATTGATTCCTTAGAGACTGACCACAAACCCACATTAGGGATAATTGAGTCTGAGTGCCCAAGCTATATAACGTTATGTAGTTTAAGCAAGTTATTGTTTGTCTTAATTTCAGTTAACTGCATTTTAAAATTGTTGTTATAAACTATTTGAGCTTTAAGAAAGGTGCTATTTAAGAAAGGATTTCTAATAACAGTTAAATATTTTTTTTAAGTCCATGCTAAGTAAAAATTCTTACATGTTGTCTGATCCCAGAGCTTTATCTACTAAAAATTATACATAAGGATTTCCAAATCTTAGAGTTTCAAAAAGTAACCATAGGGAAAAAAATTGTAGTAATTTCTATAGGCAATATTCTGTTTGGGTTATCAAAAGAGCAACTCCATGCTCCGCATTATTTATAGTCCTTATTTTAAAGTTTTATTAGCTCTCTTTACAGAACAGATGTGAAGGAGTTGAGAGGACAATCAACTAGATTTTATTTTTAGAATATAAAGAACATTTTTAAAATGATTAAACAGCATTAACTGTACCTCAGGATCTGCGCATGCATCTGAATAGCACACGGCTCAAATGGTCCTTTCCTTTTGTTACATTTAGTAGTTGTGCCATCTTTAGTTTTTGCTTTGAACATTGTTTTCCTAAAAGTCAACTATTACTTTCCCATCAAGTTGGTTTTATAGTTATGTCTAAATTTATGGTTCATGTCAAAGTATTTTTGACTTAATATCCTTTTAAAAATATTTAAACTGATTTATTGCTCAATTGGTGATAGCTGAGAAAATTTTTTCAATATGTAGAATTTTCATGGTTATTTTGTATGAATTATTTTTCTGGGTAAGCCATCTGCCACAGAAATTGACACTATGGTGAGATTAATGTTAATGAAATGAGCAGTAGAGAAGCTACTGGATTGCTTTAAAACATTCTTTGATTAAATTACTACATAGTTGGTAAGTTCATAGTTTTAAGTTACTTAATTGAAGCCCTCAGAAGTTGCAAAGAATTTATCTGATAAATCTGCCTTTGCACAAATGTGATACTGATGCATGGACGGCTTTGCGGAATGACCTTTGATATTTGTGCCTAGTGGAAGGTATGGAGCTAAACAATTAAAGAACTCTTCATTATGGATAGGCACATATTGGATCTCTGGTATTTTGGGTAGTGGTATTAACTTGACAATTCTAATTTATTTTAGTTAGTATATGTAGCAAGTTAGTATGTTTGTTAGTAGTTTATTGTACTTCATTCCAGTTGGTAATATAGTTTTCATCACACTAAACTTTTTATACTAAATTTCTGTAGAAGCTTGTTGGGTTTGCCTTCACCAGAAGGTACTTTAAATACCTACCATAGCTGATTTGTTATAAAGAAACAAAATGGGTGTTCTTCTGTTTCCTTTTGATTATGTTTACTGTAATTATTTCATTTTGGATTTATACATTTACAATTGAATAAGGATTATAGGTTGATAAGCTGTTTATTGTGAAAAGATGTGTTTTGTTACAAATACTTGTTTTAAAAATTAATAAGCCCCCAGGAAGTACAGCATTGACTGGCACAACTGCCCATAGTGAGCTTCCCAACTAACTGCCTTCAGTGGATTCGGGCAAGTGCAAAGTCTTTGGCCTATTGTGTGACAAAGAGGTATATATTAAAGGAAAAGAAAAATGACATGAATAAGAAAATTCCGTCAACAAGGTTGGAGTAGGGAGTTGTTGAGGGGTTTAGTTTGTTTTAAAAGGTATGTGAGGGAGTGGTGGGGTGGATTTGTGTTTCTGACTTTTTTTCTTTAAGCAAATTCCATATGTTACCAAAAGCACATGCTGTATATTTTCTTCCCCTTTTGTGTGTATATAGTATTTTGAAAGATAAATGAATTGGGTATTTGTATGTGGGATGTACAAAATTGTGGCCGCTCTCTTTGTGGAAGGAAAAAACATAAATGAAGTTAATGCACTTCTTTTCCTAGCCCAAAAGTCACTGTGATTATATTTTTTTAATGAAGTTTAGAAAAAAAGCTGTTGTCTTCTCAATTGTAAAATTAGTTTCAAAATGCTGCTTCTCTTATCATTAGTCTAGTAATTGTTGAACTTTTCTGCAAACTGCATTTTACAAAATTGAAACTTGGAAGCTGTATTAACTTTTATAGTTAAACATTGTATTAAATAAACTATACTATAATAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000138398:ENST00000260970:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
GGTGAAAGATGGATCAAGGGGG
R:
TTGGCCCTTTTCTTCACTTTGT
Band lengths:
242-426
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains