HsaINT1038203 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000273784 | RP11-78J21.7
Description
NA
Coordinates
chr13:52600138-52622264:+
Coord C1 exon
chr13:52600138-52600220
Coord A exon
chr13:52600221-52621988
Coord C2 exon
chr13:52621989-52622264
Length
21768 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGC
5' ss Score
9.88
3' ss Seq
TCTTTAATGCATCTTTCCAGGAC
3' ss Score
9.07
Exon sequences
Seq C1 exon
CCAGCGATGGCGCCCTGGCGGCGCGGAAGCCCGCGGCCAAATGACACGACTTGGGGGCAAAGGAGGACAACAGTTCCCACCAG
Seq A exon
GTAGGCACTGGGGGAAGGAGGCCGATGACCCTGAGATTCTCCAGCGACCCCGGCGGGCCATCCCTGGGCGGCGCGCGGGTCCCGCGGCACGTGCGTGGCAGCTCTCGCCGCTTCCCTGGACGCCCGGGAAGGTCACGCCGCCTGGGCGCCGAGGCCCGCCCCGCGCCCCTCTCCCTCCGCCCGGGGCGCTCCGCAGCTGCCGAGGAGCGGAAGTGGGCGCCAGGCCGCGGCGCGCCCAGCCCAGCCCAGCCCAGCCCAGTCGGCGACCCCGCGCAGCGCTGCCTGCAGACCCTGGAGAAGGCGGAGGCCTGCGTCTCCGGGTGCTTTCCTACCTCTGGGCTCCCCGAGACCCTTTCTGAGGCCGGACCCTAGTTAGTCCGCTGGGCTGGGGATGAGGGCTAGGGGCTGGGAATATCAGTGATTGGGAGGACTTAAGTTTTTAGTTAATTTGACCTTGTTGGGCGGCCAAGTCCTTAATTATAACTTATATTTGAGTACAAAATTATACTCGGGATTCAAGGCTGTAAGTTAAAATTAAGTATGAAAATACTGGAATTGTAAAGATGGAAAGTAGATTCTTTTATTACCAGTTTAAAAAAAAAAAAAAAGCATTTCCCAATCCCCTTCTCCAAAGGAAATCCATCTGATGCCATTTCTGTAAATGCACTGATGAAAACCGTAACACTGTCAGCTCTGATCTTGTAGTCCCTAAGGAATTATAGGTTCTATCTGTGGTTCTCTGACATTTTATTAAACAAGTGAAAGTATTCAAGGAAGCTGTTGTTTGCCCAGAGTAATTTTCTTTTCTTTTCTTTTTCTTTTTTTTCTTTTTGTTTTGACACAGTCTCACTCTGTCGCTCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATTTCGGCACACTGCAAGCTCCGCCTCCCGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCGCAGCAGCTGGGACTACAGGCGTACGCCGCCACACCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTTGTGATCCGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGTGCCTGGCCACACCCTGCTAATTTTTTATATTTTTGGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGACTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAAGTGATCCTTCTGCCTCGGCCTCCCAAATGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCGCGCCCGGCCTGCCCAGAGTAATTTTCTTTAATGCCCTAAGACAAAGGGTCAGAAGAGTCTTGGTCTACTTGAGACAGCCACTCAACATAACACGCAGCCACTGCCCTCCTATTGTTTTGGTTCAGCCTTTGTGTATTGATTTTCATTTTCAACACAATTTTCTTCCTTAAACAGGGCGTGGTGACACATGCCTATAGTCTTAGCTATTTGGGAGGCCAAGGCAGGAGGATTGCTTGAGGCCAGGAATTGGAGGCCACGGTGAGCTATGATGGCACCATTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGAGAGATCTTGTCTCTTACACACACACACACACACACACACACACACACACACAGAGTGTAATTTTCTTTTACAACTTTCAGCCTTGTTTGGATGTGCTGTTGGATTATTACCTATGCAATTTAAGTGATTTGATTGGTGATAGTGCTTAACATGAATGCACACATGAATAGACCTCCCAGGCTATAGTAGATGCTATGATGGGATCAGAGTGCCTGGTAAATGGGCACTCATCAGAATCAGCACTTTAGAACTTGGGCTTCTGGACCATAATTGAGTTCCAGAAGCAAGCCGTGGAGCTGGGATGACTTACCCAAAGTGACAGGGAACATAACTAATTGGAAGCAGATCCAGGAGCCGAAACTACAGTTACAGCAGCCTAGAGGGGTTGGCAGTATCAGCTGGTCCAGTGGCTTTTGCAGCTTAAGAAAATGAGACCCAAAAGAACCCTGATTAAGGACAGACTTGGCTGAGTATGGTGGCTCATGCCTATAATCCCAACACTGGGAGGCCGAGGCAGGAGGATCACTTGAGCCTGGAAGGGCGAGGCTGCAGTGTGCGGTGTTCACATCATTGCACTCCAGCCTGTGTGACTGACCAAGACCCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGATAGACCCGGTTACAGATTAGAGCACTGGACTTGGGGCCAGGATGTTTGTGTAAATGTCCCTGTGTGACCTTTAGTGAGTCACTTAACCTTTTGTAAACCCCAGCCACAGTATGACTGCATTACCAGCTCCTCTGAACCCCCTGTGCTCAGTCTGCTGGAAGAATCCACCGTGCAGGGCGCTTGGTACTTTCTGCAAGCCATTGGGCCCCAGCCTAATGCTTTGTCTTGTCTTCCTTGAGCCCCTTCCTCTCCTGTCCTCAAGGGCTGTTCCAAACTCTCATCATTGCCGAGCCTTCCACATTTCTCCTCTCTACGCCTCCCCTTTGCAACCATCAGCCTCAATTTGTTCTATAAGAAACAATCTGAATTTTGCTCAGGTTTTTAATCCCTAATCTACAAAGTTACCTCTTTTTTTGCACAAACTCTCATCCATTTGTCCACTGTCCAACTTACTTGCTGTGTCCTCTTGCCTAGCCCAATGGCCAGGAAGAATGAGGATGAGGGAGAAACCAAGGCTTAGAGAGGCCAGGTCACTCCCCAAAGTTACACAGGTGTGAAGAGAAGAGCGGGGACTCAATAAAGTTCTGTCCAACTCAGAAGGTCAGGTGCTCAGCCGCTACACTGTGTGGTGCTCCCTCCCAGAGATTCTTGTTAAAAGCAAGAGAGCTGCAAGAACTGGAAGTTCTTTCTTTCGGGATAGATCTCCTTCCACAGTATTTTATAAAAATCACCTCAGCAGCTTAAAATCCCCCACAACGGTGCTCTTTCTGCTGTCTTTATTTTAGGAAGAGAAATGAAGATACTGATGTTAAAATGCTTCCTATCTCTCAGATGCTCAGAGAACTGATTTCAAAATCACCTGGTTGGCACTAAATCAAGAAAGTGTCCTTGCAAACTTTGTTCCGAGTGTAATTTCCTAGGGATCCTATGGCCTCTTGAGAACAGCATTTTAGGGACATGGATCACTGCTCTCTATAGAGGTAGCTCAACTCAAGAGCATTTTACATGTAGGCTCCAGACAGCAAACATGTCAACACACTGACCTCTCTGCTCCAGGTGACTGTTTGCTACACTGGGGATTGCACAAGTCAGAGACTTCAATGCAACTGGCTTTGTGATGGGTGGCAGGTGTGATGTGGGTCAGAGGTGAGAGGACAGACAGAATGGCTGCATGGAAAAGCGAGCATTTGCTATTCTACAGAATTCCATAATGCACTGGTTAATGACACTAAAAGGAGAAATAATTTCACAAAATGTATCCCTGGTCCTGACACCACGTGGGGCGTGTTTTAACAAAGTGAGTTAATTGGGGTTGCAAATAGATCAAGAGCATAAAACATCTCTGACTCAAATGTATTTTTAGTTAATAAGAAAGAAGAGGGGCCCAGCACGGGGGTTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCCAGGCTGGTGGATCATCTGATTTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAAAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCGGGTGCCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCTGGGAGGCCAAGGTTGCAGTGAGCTGAGATCGCTCCATTGTACTCCAGCCTGGGCGACAAGAGCGAAACTCCATCTGGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCAAGAAAGAAGAAAACTTCCTTTTGATTATGCAATTTTAGTTCCCATTACATGTTCTTGGCTGCTGATTAGAAATTTAAATTCTAGAATTAAAAAATTCTAGAAGTAGGAGTTTCCAGAGCTGATTAATTTAACAGCTCAAGAGTATCTGGGGAAGCTTCTCTGTAAGTCTCTTAGCCTTTCCCTCATGACTGCAAGATGGCTGCCACAGCTCTGCCTATCACATCCGCACATGCAACATCCAAAGGCAGGAAGGAAGCACACTCACATATCTTCCTCTCATCAGAGAAAACAATCTTTCCCAGCAGCCCTCTGTCAGGCTTCCCCTTGTGTTTCATTGGCTTAGAAATGGGTCTCATACTCCTCCCAAAAATCAACACTCAGAGGAGACTGGTGTTAGCATGATCGCTTGAGAATAGGGTCAGCAAAGTTCTTCTGAAGAGGACCAGCCAGTAAATATTTCAGGCTTTGCAGGGCATGGGGTCCATGTCACATCTAGTCAGCTCTGCTCTTGTAGAGCCAAAGCAGCTAGAGACACTGGAAACAAATACATATGCCTGTGTTCCAATGTCACTGTGGACACTGAAATTTGAATTTCATATATTTTTTACCTCTTACAAAGCATTTTTTTTGGTTCTTTTTCCAGCGAATTAAAAGTGTAAAAAGCATTTTGTATGGTATGAGGCCATACAAACACAGGTGGTAGGCCAGATTTGGTTAGCAGGCTGTAGTTTGTCAATCCCTGGTTTAGAGCAATGAGGACTCATCCCCTTGGGGCTGTGGGAAGGGACCACCTTCCCTGAAACATCACCACTCACACCTGAAAAAAAGAAGGGTGAGGGAAGTGTTGTTAGGCAACTGAGAATGTCTCCTACAGCATATTAAGGTTATGGAAAAACGCTGAGGGTTATGATAATTTTTAAAAAGCAAATTACATGTCAATATGGGCAGGATGATCCCAACCAATTCTGCTTGTTGAAATCCCTGCCATTCACTGAAATCTATGTTAGACGCAGCCACCCGAGAGCACCTGTTTCTGATTCCTGGTTCTCAGAAGCCAAATTGGAGCATCCCTTCCTATCCATGACAAACTTCCCTTTAGCACCTATC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Seq C2 exon
GACAAAAAATAATATCCAAAGATATTTTGGCACTAACGGCGCTATCTGTAGCAAGAAAGTTGAGCAGTGTGAACTGTTGAGACTTCCAAGGAGACTTCAGACAACCAAGACAGTGTAAAGGAAAACAGAGAAAAAGACTTGTTAGACATTATTAAGGGCACGAAAGTTGAATTGAGCACAGTAAATGTACAAACAACAAAGCCACCCAACAGAAGTTCACTTAAAAGCTACAACTGGCGGGCCTCAAAGAGCTTTAGGACATGCTCCAAAGAAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000273784:ENST00000398039:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
NonCoding
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains