HsaINT1044666 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000087128 | TMPRSS11E
Description
transmembrane protease, serine 11E [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:24465]
Coordinates
chr4:68478849-68497604:+
Coord C1 exon
chr4:68478849-68478991
Coord A exon
chr4:68478992-68496642
Coord C2 exon
chr4:68496643-68497604
Length
17651 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAC
5' ss Score
7.82
3' ss Seq
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3' ss Score
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.057
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0008921=Trypsin=FE(20.8=100)
A:
NA
C2:
PF0008921=Trypsin=PD(20.4=85.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains