HsaINT1048002 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000144642 | RBMS3
Description
RNA binding motif single stranded interacting protein 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13427]
Coordinates
chr3:29434743-29488499:+
Coord C1 exon
chr3:29434743-29434915
Coord A exon
chr3:29434916-29488440
Coord C2 exon
chr3:29488441-29488499
Length
53525 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACCGTAAGT
5' ss Score
10.43
3' ss Seq
TTTCTCTCTCTCTCTTTCAGGTA
3' ss Score
15.92
Exon sequences
Seq C1 exon
CAGTCCTATGCACCAGCTCCCCACCCCATGGCTCCTCCCAGCCCCAGCACAAACAGCAGCAGCAACAACAGCAGCAACAACAGCAGCGGGGAACAGTTGAGTAAAACCAACCTGTACATTCGAGGCCTCCCACCAGGCACCACTGACCAGGACCTAATCAAGCTGTGCCAACC
Seq A exon
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Secondary ID
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Main Inclusion Isoform:
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Other Inclusion Isoforms:
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Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
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Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains