RnoINT0125335 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000025881 | Rbms3
Description
RNA binding motif, single stranded interacting protein 3 [Source:RGD Symbol;Acc:1588240]
Coordinates
chr8:125328596-125383913:-
Coord C1 exon
chr8:125383756-125383913
Coord A exon
chr8:125328655-125383755
Coord C2 exon
chr8:125328596-125328654
Length
55101 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACCGTAAGT
5' ss Score
10.43
3' ss Seq
CCCTTCCCCCCCCCTCTCAGGTA
3' ss Score
11.61
Exon sequences
Seq C1 exon
CAGTCCTATGCACCAGCTCCCCACCCCATGGCTCCTCCCAGCCCTAGCACAAACAGCAGCAGCAACAGCAGCGGGGAACAGTTGAGTAAGACAAACCTATACATTCGAGGACTTCCACCAGGCACCACTGACCAGGACCTCATCAAGCTATGTCAACC
Seq A exon
GTAAGTGTCCTGGGGTTCCCTGGGCCTGTTCTGATGTACACATCACCTGTGGGGACACCCCATGGGCTGATGTACCCAATGCAGACTCAATGAGGAAGCCTCTTCTACATAGGTGGGGGGTGGGGACTTGCTCCAGCTTTCTTCAGGGAGTGGGGTTTGGTGTGTGGCTGTGTGGGTGTGTTTCTTGAACAGAGGGCTTGGGAACTGCAGCCAAGTCATGCATATTGACCTGGAAGTCAGAGGGTGACAATAGAGACTTGTTCTTCACTGCTGAAGCTGGAGACGGGTTGGTGATGGATGACTATGGTCATGGAAGGAGCCGCATTAGGGAATGGTGTCAATGATGCAGGTGATTGCAGGATGCCGTCCTGCCTGGGCACCAGAACTTTTCTAACCATACTTGGTAAACACAGGTTTAACCAGGACCTGATCATTGGTCCTTTAATTCCCCTTGAAGTAGCTATTCCCAATCCTCATCACTACTTCCCATCCAAGCCAAGAACCCTCTAATGGAATCCTTCTATATTGCCCAAGATAGATAGAAATCATTGAGTCTTACTCTAAAAATGTTTTCATTAATTCCTTATCTATAAACTTATTATCACTGCCATGTCTTTGCAAGTATGTTAACACAGCATGGTTTTCCCCAACAAATAAACTCTAACAAATTGTGAACTAAGGATCCCAGGCTGGTGTTTTTAGATTTCCCTCCTATTATTTTCAAAATATCATCGATACAGATGTCTGTGATCAGATTGTCCCACGATAATTTGAAATTTGGGAGACGCTACTACTCGGTTGCTTCCTTTCTCCCTTGTAGCCTGGTTGCTATTTATTTTGTGAGTTTTCCAACCTCTAAGCTATGAGAAGGGGAAACGCAACAGGCAGTATTTATTTGCTTTTGTTATGAATCGAAAAGTTGAGAGTTCCTATCTAGACAACAGATAATGGCGGACAGACATAAACGGACATCCAAAAAGTCATAGCCAGATGATCAGCTAGCAAAACAATAGGTAGGGATGGATAAACACACTCTGTTGCTATGTCTGTGTGATCGTGCAAGACATAGTATGGAATTGTTGAGGGAACATGCTTACTTCGAAGACATCGACTTTAGTCTTCTAATGTTAGAACTGCTATGACAAAGGCATATGGACATCTGTTAATTTTTATTTTACAAAAGATACAGGGGTTGGGAATCAGAAGGCAAATAGCTTGTTAGAAAGATCTGCACTATTTAGGAGAGTAAAGTCTTAAAAAAATACCAAAGTTGTTGGTTTTATGACTAGGTTTGTAGGTAAATTGTGTTTTCATTGGCTCATACTCGAGCCATATTCATATGGCACATTTTCTGGGTATTTTGTAGAGACTTTTTTCTAGTTGTTCTGTGCCATCCACGGAGTTCTGAGTCTGAGCGACTCTGCTCCACTGGGCCTGGAGAGGATATCAAGAGGCAAGCATTTCTCGCAGGCTCTCTCCTGTGGCAGATGCTTGTGAACTCTTCTCTCGTGGACACATGAGGACCACTGGCTGCTCTGGTCCGAAGCTTCTCTGTGTGATGAGGACAAGCAGGGGTGGCCACTCAGACATCCTCAGCCCTGGTGTGGTCATTCGTTTTCTCTTCAGGAAGATAGAAGTGAAGACGGGGACTGTGGTTCGTTTAGTCAGTAAAGTGCTTTGCTTTGTACGTGTGAAGACCTAAGTTTCCCTGACCTCCAACCCATGTAAAAGACCAGGAGTGGTGGTACACACTTGTAATCCAGTACTAGGTAGATGAAAACAAGAGGATCCCCTGGGTCAGCCGGCTTAGCCTACCTGGCAGGCTCTAGAATGATACCCGAGCTTAACTTTCTGGCCTCTACACGGATACATACACACACACTAACATACATACATACATACATACATACATACATACATACATACATACAGGTGTGAACATGCACCCTACAACATACATACATTCCTGCATGCATGCACACATATGAACATTTACATATACACCCCATCACACCCCTGTCACTCAATCACAGGAAAGTGAGTGGAGATTTTTTTCTGTAGATTTCTCTTTGTACTGTTTGAGATGTGCTGAAATTGCCTCTGAAGAAGGCATCAGAACGCGCTCGTTTTTCAATATTCTAGACTTCTGGGAGAACTTTGCTGCAGACTTGGTGGCTTGGACTCAGCCATGTTTGGGAATGTGTGTATCATGGGAACTGGCAAAGTCCATACATCAGAGCTTTCTGGAACTTTTCTTTTACTGAAGAGCTAGTTCATGGACATGCCACTGTGGCCAGAGCAGAGCACAGATCTCTCTGTCAACTGACATCTCTGTCAAGCATTGCCGGTTATTTTAGAAATGGAGAGTATTACCTAAGGCCTGCGTTGGCTGGGAAGACGTGCGGTCAGGCATGTACAGGAGCATAGAAGTCTTGCTGATGTTTCTATGTATATTTGAGAAGTTGCAAGGATGTTGCAGAAGCAGGAAGTAATGGTAGGCCTTGTGCACGAATAGTTGCCAGTTAACAAGACTTAGCCAGTGGTCAGGTGACTGAAAAAACACTTTTGGGTTCACTAGTCACTGAAGTGATTAGGATGTGGTATTAATTGCTTGTAATATTTTCCTTATAGAATCATAGAGAGCAGTTATGACTACTTAGCATAGTAGAAGTAATTGTGTGTGAAGATGTCTGGCTCCCACCTCCACCCGCTGAATGTGTCATCAGTGAAGTCTGTGACCTTAGGCAAATCAAAGAATGTATTAGAACCGAAGCTATTTACATTTCTTTAACTCTGAAATTTAGTGGGTGAGGGCCTCGCTTGGAACTCACCTTTGTCCGTCCTGTGTCTCTTTCTCTTGTCTCCCTGTCCAACACTGGCACAGCCTCGGCCTGGGGTGGCTAACCACTGTAAGAGCCAGTGGCTGGGGGTGCTCTTGCTGGGAAATAGACGCAGCTCATTTGGAAAGCCTTGTCCCCTCTTTTGCAGTCTTAGTTCCCTATGGTGCATATAATTTGCATGTATCGTTTTCAAACTTGACATTTCTATCAGGGACCCAACATTTTAAGATAGGAAGAAAAGACTTTTGTTTTCTGTTTTGAGGCAGTGCCCCATGCATTCCAGGAGGGCTTCAAATGCCACGTTTAGACCAAGACGCTCATGAACTTCTCTGACAGCCCTGCCTTTGCCTTGTAGGTTCTGAAATTGATTACAGGTATGCACCACCGGCCCTGGTTTATGTGGTGCCTCCTATCAAACCCAGGGCTTTAGATATGCTAGACAAACCTGCCAGCTGAGTAGTGTCCCAGGCAGTATTTGCAGGGTTATGCAAACGTTCCGTGCACCCAGTTACCATGCTAATTCCTATGAGGTTACAGGCACTTCTAAAATTAATCCACCTCACGTGAAAGGAAGTGTAATGATTACTAATATTGGTGATAATAAAATGATAGAAAACAGAGATTCAAAAGCAACATAAATACAGAATTTTCTGGCATTAGGATATGGCACCCCGTATAAGGCACAACAAGATGGTGATATAAAGGAAAATAAGCGCAGTATGCTTCAATGTGTAATATGAAAACAAATTTAAATGACCCCTCCACCCCCGCGTGTTCAGATGAGAAGTAAAAATCGTGGGTAAAGGGGGAAGCTGAAGGATAAGAATCAGGAAAACAGACATTTGCTCTGTGGCCATGTCTAGTTGTAGCTGTATCTTAGATAGGTGCTTGGCCATGCACGTTTAGTAGGAAATGGGACCTTTTGTAACTCTTTAGAAAGCTCAGAATACAGACTACTCTTAACAAGGTTCTCAGTAAAGAAATATTTACAAGACGGACATGCAGGCCTGTGATTTCAGTGCCAGGGAGGAGGAAGGAGAAGGCAGAGGCATCGGAGTCATCCTTGGCAGCATAGAAGGTTGAGTGCTAGTCTACAGGACTCAAGACCCTGCTTAACAATGGCAGCAATGATAAAAACAAAAAGCAATCAAGAAAAGGATGTATTTACATAACACTTCTAGCATGTTGGTGGTGACACCGTTTAGATAAAGCCTTTGTCTTCACTCAGCTTTCCTTCTACTGGGGAAAAGAAGTGTGGATTAAATAAGCATTTGGCTTGAAATAAAAAAGGTAGCCCTAAATTCAGAGAGGAAGCTTGACATGCCTTAGTTTATAACCTGCCCTCAGACAGTCACCACTGAGGAGACAACAATTAAGGTCATGAGAGGGAATCAATTTGATGAGGAACAAAGGGAGGGGCATCCCAGGCAGAGGGAACATCTTACTTGCAGACACCATGTCTGTCCGAAAGCCTGCAAGGACAAGAGCTTGAGCAGGTCAACGTGGCCATAGCAAAGGGCAGCCGACCTCGGAACACGGTGAACCTGCAGCACAGAGGGGAACAAGACGTCTCTGTGAGGAAGCCATAGAGTGGTCATAGGCAATGTCACTTTAGTTTGAAAAAAGTTCACTTTGGCTGCAGATCGAGGAGGAGGATCCTTGAAACTGCTGACCATTCAGAACAGGTACGACCGAAGCGTTAGTCGGAAGCAGGACTGACGGACATCCAGAGAAGGTGTGAGAATGAGTGTTGGATGGCGGTGGTGGCAGAACCCTTGTGTATGAGGAAAGATGGGATGCGCTGGTCCTGGGGGCTGGATTTAGCGTCCTGTATAACTGAGGTGAGGCAAGCTCACCATGCCTGAGCTGCATTCCCAGCCACTCTGACTTTACATAGAAACTCTGTTTACACTTTGCTTCTTCACAGCTATGCTACTCCAGCTGGCCTAGGACGCTACCTGTCACCCAAGGGGCCTTTAATGTGCAATCCTGCTGTCCCAGGCTCCCAAGTAGCTGGGTTTATAGACTGCACCACAATCCACAATTGTATTCATGTGTCTTTAAATTAAAAAGCCAAGTAAAACAAGGTCTTGAGAGTCCAGTAGCTTCAAAACAAACAAACAAAAGGACAGAAATCAGGAAATATAATAAAATACTTGA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Seq C2 exon
GTACGGAAAAATCGTATCCACGAAGGCAATTCTTGACAAGAATACGAATCAATGCAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000025881:ENSRNOT00000036642:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0007617=RRM_1=PU(30.3=37.7)
A:
NA
C2:
PF0007617=RRM_1=FE(30.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA

Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]