Special

RnoINT0125335 @ rn6

Intron Retention

Gene
Description
RNA binding motif, single stranded interacting protein 3 [Source:RGD Symbol;Acc:1588240]
Coordinates
chr8:125328596-125383913:-
Coord C1 exon
chr8:125383756-125383913
Coord A exon
chr8:125328655-125383755
Coord C2 exon
chr8:125328596-125328654
Length
55101 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACCGTAAGT
5' ss Score
10.43
3' ss Seq
CCCTTCCCCCCCCCTCTCAGGTA
3' ss Score
11.61
Exon sequences
Seq C1 exon
CAGTCCTATGCACCAGCTCCCCACCCCATGGCTCCTCCCAGCCCTAGCACAAACAGCAGCAGCAACAGCAGCGGGGAACAGTTGAGTAAGACAAACCTATACATTCGAGGACTTCCACCAGGCACCACTGACCAGGACCTCATCAAGCTATGTCAACC
Seq A exon
GTAAGTGTCCTGGGGTTCCCTGGGCCTGTTCTGATGTACACATCACCTGTGGGGACACCCCATGGGCTGATGTACCCAATGCAGACTCAATGAGGAAGCCTCTTCTACATAGGTGGGGGGTGGGGACTTGCTCCAGCTTTCTTCAGGGAGTGGGGTTTGGTGTGTGGCTGTGTGGGTGTGTTTCTTGAACAGAGGGCTTGGGAACTGCAGCCAAGTCATGCATATTGACCTGGAAGTCAGAGGGTGACAATAGAGACTTGTTCTTCACTGCTGAAGCTGGAGACGGGTTGGTGATGGATGACTATGGTCATGGAAGGAGCCGCATTAGGGAATGGTGTCAATGATGCAGGTGATTGCAGGATGCCGTCCTGCCTGGGCACCAGAACTTTTCTAACCATACTTGGTAAACACAGGTTTAACCAGGACCTGATCATTGGTCCTTTAATTCCCCTTGAAGTAGCTATTCCCAATCCTCATCACTACTTCCCATCCAAGCCAAGAACCCTCTAATGGAATCCTTCTATATTGCCCAAGATAGATAGAAATCATTGAGTCTTACTCTAAAAATGTTTTCATTAATTCCTTATCTATAAACTTATTATCACTGCCATGTCTTTGCAAGTATGTTAACACAGCATGGTTTTCCCCAACAAATAAACTCTAACAAATTGTGAACTAAGGATCCCAGGCTGGTGTTTTTAGATTTCCCTCCTATTATTTTCAAAATATCATCGATACAGATGTCTGTGATCAGATTGTCCCACGATAATTTGAAATTTGGGAGACGCTACTACTCGGTTGCTTCCTTTCTCCCTTGTAGCCTGGTTGCTATTTATTTTGTGAGTTTTCCAACCTCTAAGCTATGAGAAGGGGAAACGCAACAGGCAGTATTTATTTGCTTTTGTTATGAATCGAAAAGTTGAGAGTTCCTATCTAGACAACAGATAATGGCGGACAGACATAAACGGACATCCAAAAAGTCATAGCCAGATGATCAGCTAGCAAAACAATAGGTAGGGATGGATAAACACACTCTGTTGCTATGTCTGTGTGATCGTGCAAGACATAGTATGGAATTGTTGAGGGAACATGCTTACTTCGAAGACATCGACTTTAGTCTTCTAATGTTAGAACTGCTATGACAAAGGCATATGGACATCTGTTAATTTTTATTTTACAAAAGATACAGGGGTTGGGAATCAGAAGGCAAATAGCTTGTTAGAAAGATCTGCACTATTTAGGAGAGTAAAGTCTTAAAAAAATACCAAAGTTGTTGGTTTTATGACTAGGTTTGTAGGTAAATTGTGTTTTCATTGGCTCATACTCGAGCCATATTCATATGGCACATTTTCTGGGTATTTTGTAGAGACTTTTTTCTAGTTGTTCTGTGCCATCCACGGAGTTCTGAGTCTGAGCGACTCTGCTCCACTGGGCCTGGAGAGGATATCAAGAGGCAAGCATTTCTCGCAGGCTCTCTCCTGTGGCAGATGCTTGTGAACTCTTCTCTCGTGGACACATGAGGACCACTGGCTGCTCTGGTCCGAAGCTTCTCTGTGTGATGAGGACAAGCAGGGGTGGCCACTCAGACATCCTCAGCCCTGGTGTGGTCATTCGTTTTCTCTTCAGGAAGATAGAAGTGAAGACGGGGACTGTGGTTCGTTTAGTCAGTAAAGTGCTTTGCTTTGTACGTGTGAAGACCTAAGTTTCCCTGACCTCCAACCCATGTAAAAGACCAGGAGTGGTGGTACACACTTGTAATCCAGTACTAGGTAGATGAAAACAAGAGGATCCCCTGGGTCAGCCGGCTTAGCCTACCTGGCAGGCTCTAGAATGATACCCGAGCTTAACTTTCTGGCCTCTACACGGATACATACACACACACTAACATACATACATACATACATACATACATACATACATACATACATACAGGTGTGAACATGCACCCTACAACATACATACATTCCTGCATGCATGCACACATATGAACATTTACATATACACCCCATCACACCCCTGTCACTCAATCACAGGAAAGTGAGTGGAGATTTTTTTCTGTAGATTTCTCTTTGTACTGTTTGAGATGTGCTGAAATTGCCTCTGAAGAAGGCATCAGAACGCGCTCGTTTTTCAATATTCTAGACTTCTGGGAGAACTTTGCTGCAGACTTGGTGGCTTGGACTCAGCCATGTTTGGGAATGTGTGTATCATGGGAACTGGCAAAGTCCATACATCAGAGCTTTCTGGAACTTTTCTTTTACTGAAGAGCTAGTTCATGGACATGCCACTGTGGCCAGAGCAGAGCACAGATCTCTCTGTCAACTGACATCTCTGTCAAGCATTGCCGGTTATTTTAGAAATGGAGAGTATTACCTAAGGCCTGCGTTGGCTGGGAAGACGTGCGGTCAGGCATGTACAGGAGCATAGAAGTCTTGCTGATGTTTCTATGTATATTTGAGAAGTTGCAAGGATGTTGCAGAAGCAGGAAGTAATGGTAGGCCTTGTGCACGAATAGTTGCCAGTTAACAAGACTTAGCCAGTGGTCAGGTGACTGAAAAAACACTTTTGGGTTCACTAGTCACTGAAGTGATTAGGATGTGGTATTAATTGCTTGTAATATTTTCCTTATAGAATCATAGAGAGCAGTTATGACTACTTAGCATAGTAGAAGTAATTGTGTGTGAAGATGTCTGGCTCCCACCTCCACCCGCTGAATGTGTCATCAGTGAAGTCTGTGACCTTAGGCAAATCAAAGAATGTATTAGAACCGAAGCTATTTACATTTCTTTAACTCTGAAATTTAGTGGGTGAGGGCCTCGCTTGGAACTCACCTTTGTCCGTCCTGTGTCTCTTTCTCTTGTCTCCCTGTCCAACACTGGCACAGCCTCGGCCTGGGGTGGCTAACCACTGTAAGAGCCAGTGGCTGGGGGTGCTCTTGCTGGGAAATAGACGCAGCTCATTTGGAAAGCCTTGTCCCCTCTTTTGCAGTCTTAGTTCCCTATGGTGCATATAATTTGCATGTATCGTTTTCAAACTTGACATTTCTATCAGGGACCCAACATTTTAAGATAGGAAGAAAAGACTTTTGTTTTCTGTTTTGAGGCAGTGCCCCATGCATTCCAGGAGGGCTTCAAATGCCACGTTTAGACCAAGACGCTCATGAACTTCTCTGACAGCCCTGCCTTTGCCTTGTAGGTTCTGAAATTGATTACAGGTATGCACCACCGGCCCTGGTTTATGTGGTGCCTCCTATCAAACCCAGGGCTTTAGATATGCTAGACAAACCTGCCAGCTGAGTAGTGTCCCAGGCAGTATTTGCAGGGTTATGCAAACGTTCCGTGCACCCAGTTACCATGCTAATTCCTATGAGGTTACAGGCACTTCTAAAATTAATCCACCTCACGTGAAAGGAAGTGTAATGATTACTAATATTGGTGATAATAAAATGATAGAAAACAGAGATTCAAAAGCAACATAAATACAGAATTTTCTGGCATTAGGATATGGCACCCCGTATAAGGCACAACAAGATGGTGATATAAAGGAAAATAAGCGCAGTATGCTTCAATGTGTAATATGAAAACAAATTTAAATGACCCCTCCACCCCCGCGTGTTCAGATGAGAAGTAAAAATCGTGGGTAAAGGGGGAAGCTGAAGGATAAGAATCAGGAAAACAGACATTTGCTCTGTGGCCATGTCTAGTTGTAGCTGTATCTTAGATAGGTGCTTGGCCATGCACGTTTAGTAGGAAATGGGACCTTTTGTAACTCTTTAGAAAGCTCAGAATACAGACTACTCTTAACAAGGTTCTCAGTAAAGAAATATTTACAAGACGGACATGCAGGCCTGTGATTTCAGTGCCAGGGAGGAGGAAGGAGAAGGCAGAGGCATCGGAGTCATCCTTGGCAGCATAGAAGGTTGAGTGCTAGTCTACAGGACTCAAGACCCTGCTTAACAATGGCAGCAATGATAAAAACAAAAAGCAATCAAGAAAAGGATGTATTTACATAACACTTCTAGCATGTTGGTGGTGACACCGTTTAGATAAAGCCTTTGTCTTCACTCAGCTTTCCTTCTACTGGGGAAAAGAAGTGTGGATTAAATAAGCATTTGGCTTGAAATAAAAAAGGTAGCCCTAAATTCAGAGAGGAAGCTTGACATGCCTTAGTTTATAACCTGCCCTCAGACAGTCACCACTGAGGAGACAACAATTAAGGTCATGAGAGGGAATCAATTTGATGAGGAACAAAGGGAGGGGCATCCCAGGCAGAGGGAACATCTTACTTGCAGACACCATGTCTGTCCGAAAGCCTGCAAGGACAAGAGCTTGAGCAGGTCAACGTGGCCATAGCAAAGGGCAGCCGACCTCGGAACACGGTGAACCTGCAGCACAGAGGGGAACAAGACGTCTCTGTGAGGAAGCCATAGAGTGGTCATAGGCAATGTCACTTTAGTTTGAAAAAAGTTCACTTTGGCTGCAGATCGAGGAGGAGGATCCTTGAAACTGCTGACCATTCAGAACAGGTACGACCGAAGCGTTAGTCGGAAGCAGGACTGACGGACATCCAGAGAAGGTGTGAGAATGAGTGTTGGATGGCGGTGGTGGCAGAACCCTTGTGTATGAGGAAAGATGGGATGCGCTGGTCCTGGGGGCTGGATTTAGCGTCCTGTATAACTGAGGTGAGGCAAGCTCACCATGCCTGAGCTGCATTCCCAGCCACTCTGACTTTACATAGAAACTCTGTTTACACTTTGCTTCTTCACAGCTATGCTACTCCAGCTGGCCTAGGACGCTACCTGTCACCCAAGGGGCCTTTAATGTGCAATCCTGCTGTCCCAGGCTCCCAAGTAGCTGGGTTTATAGACTGCACCACAATCCACAATTGTATTCATGTGTCTTTAAATTAAAAAGCCAAGTAAAACAAGGTCTTGAGAGTCCAGTAGCTTCAAAACAAACAAACAAAAGGACAGAAATCAGGAAATATAATAAAATACTTGA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TCTAAGGTCAGGTTTTGTCTTCCGCGTCATGGGTGACAGAGCTTGGAGAAAATCTTTACAAAGACTTAAATCTTGATCTAAACCTTAAAAGAGGAAGGCAAGGTTATATATGTTCACAGTTAGCCTTGAGCTTAAAGCATATAAAAATATATAGGTTTTTTAAAAATCTGACCTACATGTGTGTAAGTGTGGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGATGTGTGTTGTGTATGAACCATGCATGTGTNNATGCAANTGTGTGTGACTTGGGAAGCACTCATGTTCGCTTCTGCTGTTTCTGGCTTCTGTCGCATTGGAAAGTTGATCCTGGAGTGTAACTAGAATGGAAAGGGGGTGGTCTAGAATGAATGTGGTTTGCGTCTTTTTTAGAGAGAGCAAGAACATCAGAGAGAGACAGAGAGAAACAAAGACATACACACAGAGAGAGACAGAGAGACAGAGAGAGACAGAGACAGAGAGAGACAGAGAGAGAGACAGAGAGACAGAGAGAGAGACAGAGACAGAGAGAGACAGAGAGACAGAGAGACAGAGAGAGAGACAGAGACAGAGAGAGACAGAGAGACAGAGACAGAAAGAGAGACAGAGACAGAGACAGAGAGACAGAGAGAGACAGAGACAGAGAGAGACAGAGACAGAGAGAGACAGAGAGAGAGACAGAGAGACAGAGAGAGACAGAGAGAAACAAAGACATACACACAGAGAGAGACAGAGAGACAGAGAGAGACAGAGACAGAGAGACAGAGACAGAGAGACAGAGAGAGACAGAGAGAGGGACAGAGACAGAGAGACAGAGAGAGACAGAGAGAGGGACAGAGACAGAGAGAGACAGAGAGACAGAGACAGAAAGAGAGACAGAGACAGAGAGAGACAGAGAGACAGAGAGAGAGACAGAGACAGAGAGAGACAGAGAGAGACAGAGACAGAGAGAGACAGAGAGAGACAGAGAGACAGAGAGAGTCAAAGAGAGACAGAGAGACAGAGACAGAAAGAGAGAGACAGAGAGACAGAGACAGAAAGAGAGAGACAGAGAGAGAGAGAGTCAAAGAGAGACAGATAGAGATGGATTTATAGTTATATCATTTTTGAAAAACAAAGTCATTTCCTTTATTTTATTTACTTAACAAAATATTAGTGTTTAATTATTTTATCCTGCTTTTTGCAGGAATGCATCCACTATTTTCTCTTACTAGAGCAATGCTCTACTTTTTCACATGTAGCAATGGCTCGGGGAGAGACAGGCATCTGAGTGGTTTCAACACGGTAGGGCAGTATACAGCATCAAGGGCGCTGCCGTTGGGTGTGATTCAGTGTGAGATGCACTCATTTCTAATTGTGTCTTCACTAAGCTTCAACACTGAAGGTACTTATGGAAAATGAATATTGCAGAACTAGCTTTAGAGGCCAATTAAGTGGAGCTAGAGAGATGGCTCAGGGACTAAGGGCACTGGCTGCTCTTGCAGAGGTCCCCATCCAGTGGGTCACAGCCATTTATTCCAGGGGATCTGATGCCCTCTTCTGACCCCCACCTGGACCATGCACACACATGGAAAACTTGCATACATGCAGGCAAAACATTCATAAAATAAAAATAAAGATGAAAAATTAGAGAAAGAGAATCAGATGGTATTTTTTTTTAAAAAATCCTTTAAATACAGTTTAGAATTTTTATCTTAAGGATTCTGTACCTGTTGTGTATTAGGTTTAAATGTTTTAAACTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGCCTGCCTGCCTCCTCTTCCTCCTTCTCCTTCTTCTTCTACTTCTTCTTCCTCTCCTCACTCTCTTCTTCCTCCTCCTTCTTCTTCTCTTCCTCTCCCTCTCCCTTCTTCTTTTAATCTCTTGAATACTGTGCTAGTGTTACTTTTCAGCAGAATGACATTTTTGCCTCTCCTTCTTTTCCTCCTTTTTTTTCTCATCACAAACATTTTCCATTAAATTATTATTTATTTATTCACATTACATCCTGATTGCAGCCACCCCCCCCAGCATGGTTCCCTCCTCCATCCCTCTCCCCTTTACCTCTGAGAAGCTGGAGGTCCCTCCTGGGAGACCAATCCACCCTGGTACCTTTAGTAGCTTCAAGACTAGGTACATCCTCTCTCACTGAGACCAGGCAAGACAACACAGTTAGAAGGTCAGCATTCACAGGCAGGCAACAGAGTCAAAGTAGGTCCTCACTCAAGTCACTGGGGGATCTGCATGAAGATCAGGCTACACATGTACTACATATGTGCAGGGGAGGGGGTCGATCCAGTCCTTGTATGTTCTTTGGTTGATGGTTCAGTCTCTGGCAGTTCCCAAAGGTCCAAGTTAGTTGATTCTGTTGATGTTCTTATAGAGACCGTATGCCCTCTGGGTTCTTCAATCCTTCCTCCAACTCTTCCACAGGACTTCCTGAGCTCTGTCAAGTGTTTGTCTGTGAGTCTCTGCATCTGTTTTGGTTAGCTGCTGGGCGGAGCCTCTCAGAGAACAGTTATGCTAGGCTCTTGTCTGTGAATCTAGGCTGACAAATACAAAAATAGCTTGAGGTTCCAAGGTAGTCGAAGGAGGAAGGCAGGGCAGCTATGTGTCCACACGGGTCTTCTGAGGACAGCTCAGCACATCCCCCAAACACACATGCACACAATTGGCAGGGCTGCTACTGCATTCTTTTATGTCTCATGCAGGGCCCCATGTATCCAGGCCAGCCGTGCCAAATACAGCTGTCAACAGTGTCTTCCCATGTTACATCATTGTGACAAGGCTTTGACCAACAAAGTGGCATCAAGGTCTCACAGTGTGTCCCATTTTTTTTTAAAAGCACCCATTTTCCTGAGGAGCTCATGCTTAGTGAGCATTTACCCGATGTGACATGTGGAACCTTCTTCTCTGAAGATAGTGTGGAAATATGATAGTATATTTTACTGGCCATTTTCCGTGGGGGTCTCTGCAAACACCAGGGCCAGCAGAGTAACAATCCCAACAAGGTAAGAGAAGGAAATCTGGTTCAACAGGCTCAGAGGCTGATGTTGGTTCAAACTTCTGAAGTCTGACCTGGGCAGTTTATTTTAGGCATATCTAAGTATGGCACCATTCGTAAACACTTCCTGGTATAGCACAATGAGGCATGATTACACACAACTTTTTGCAGAGTACACGTAGACTTCTTCCATGAAGGTGAGTTCTAAAGATGTGTGCTACCTCCAGGGCTCAGGGGGAGGATCTGGTGTGGTCTATGTCATCCAGAGAGTGTAAGGGATCATCTTGGCTGTGTATCATCTCCAGTCATCCAGTCATGGTTGTGGGAGTTTGGAGAACAGGGGTGGAGGTGGGGGAGTTGGCGGCACAAATAGTTTAATGGCCATGAGGATTATTGAGTATCTTTGATCTCGCTTGTGCGAGCTTCCTATGACCGGGCCCAACAGACAATGGAAGGATCACCTGACTATTAGCCACCGCCAGGGGGGATGGGTCACAGAGCTCGCTCTGCCTTTGAAGAAGGTAACTGCGTGTCCAGCATCCCTGCTTCCCCTACTGCTCTAGGTGACCATAAGAGCCTTTGTGCTCCCCCAAATCTTCCCCGGACAGAAAACCTGAGAATGAAGTAGAACGTGGACAGGAAATGCGTGTGGATTGATGCCTGCAATCCTAGTGCTAGGGAAACTGAGGCGAGAATATGTTTAGTTCTGAGCTACCTGGAAATACAGTGGACGGGAAAGAAAATGATTGCAATATATTGTATGAAAAAAATTGTTCTGAAGAAAGTAAACAAAAATGAGGGCTGTGTATATGTCGATGGTAGAACGGAAGGAAGCAGAGCCTCGGGTTTCTTACATAGCAAAGGGCATCTTGAACTTGTGGTTCTCCCGCCAATACTTGGCATGGCAGGCATGCACCGGCGACTTCTAGTTTCTGCAGCTCTGGGGATTGAACCCAGGGCTTTGTGCCAGCTAAACACTCTGCGGAGCCTCATACTTGCCCCTGCTGGCTACATCTCCTAGTGGAAGATCGTGAGAAGTGAAATTTTCAGGGACTTGGTCCTCAGAGGGAGGTGATGATCGGAGAGAACGGTGTGAGGAAAAGCTAGTGTAGAGGCGGCTACTCCGATTCTCATACCTCCCTCAGCCCCACAGGCAAAACCCATCGGCCCTCAGAACAACCCCGCAAGGAAGACAGTGTTCCTCTCAGCCATCATCCACTGCTCATGGGGATCCAATTAGTTATTTATGCATTGAGTTTAGTCACTTTCTTATTCTGTGTACACAAGTGTTTTGCCTGCATGCATTTCTGTGCCCCGCCTGGTGCTGGTTGAGGTAGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATAACAATTATTATTATTATTATTATTATTATTGTTGTTGTTGTTATTGTTATTATTATTTTGCAACAGAATCTCACTATTCCAGGCTGTCCTTGAATTCCCCATCTGGCCCAAGGATAACCTTAAACTCTCACCTCTCCTGCCTCCACTTCTTGACTGCCGTGACTGCAGAAGTCTAACAACATATCTGGTTAATGGGTTGCTAGGGCTGAATCCAGAGCAATGTTCATGCCCCCAGCACGTACTCTCCCAACTGAGCTAAATCCCCCAGTCTGTAACGTCTTAGTTTTACAGAGGGAGATGTGGTGGCTGTGAGGAGCTGGACTAAAACGTCCAAGGTGACGGCAGAGGTAGTGAGAATTGGTCACAGGCCCCAGGCCAGCATCACACCTTAATCTGGAGGTCCACAGGTGGCTCTGCACATTGCTTCCCTCCGTGGATACCCGAGCCAGCTAGATGGGCATATGCCTGTGGGCCCAGCCCAGGGCTCGCCCGCCGAAGCGGGGGTCCAGGTTATCAAGAATAGCTGATGCAAGGGCACCCTGCGTGAGGATGGTGCTCACCCCCCCCCCCCGACGCACCTCTGGAAGTAGTGGGTGCCGCAATGTTCATGAAGGTCATGTGAGTGTCTTCACTGGGTTTCAATAACAGCTTTGTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCCCTTCCCCCCCCCTCTCAG
Seq C2 exon
GTACGGAAAAATCGTATCCACGAAGGCAATTCTTGACAAGAATACGAATCAATGCAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000025881:ENSRNOT00000036642:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.642 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0007617=RRM_1=PU(30.3=37.7)
A:
NA
C2:
PF0007617=RRM_1=FE(30.3=100)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
LOW PSI
Zebrafish
(danRer10)
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]