MmuINT0027819 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000021991 | Cacna2d3
Description
calcium channel, voltage-dependent, alpha2/delta subunit 3 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1338890]
Coordinates
chr14:29104954-29124683:-
Coord C1 exon
chr14:29124666-29124683
Coord A exon
chr14:29105026-29124665
Coord C2 exon
chr14:29104954-29105025
Length
19640 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAATC
5' ss Score
7.46
3' ss Seq
CCTTTTCTGTCTCCATCCAGCTT
3' ss Score
10.38
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCCCTCAGGCTCAAAAG
Seq A exon
GTAATCTCTTTTCTGTCCCATCTGAGTCATTGCCACAACTCACAGTCATGCATGCTCATGGTACTGTGCATTTGACTCTGTTCATGACCAGTGAAAGGGTTTGCTCCCACAACTTCACAAACCAAAAATTGGATGCAAACAGAGACCCTTAGACTGTGTTTGCCTCTCCCCTCACCCCTGCCACATTAGCCCTATCAAAGAACCCTCTCATGGCCAGGGCTTAAAGAGTAAATCTATACCCAAGCATTTTCCAAAGAATTGCCAACTAATATACAGGTCAAGGGAAGTTTGGTTCAATCCTTCAAAGACAGCATTCTAGACTTTCCCAGGAAAATCTCCTCGGGGGAAAGATGATACAGGTGCTCCATCAGCTTAGTGAGCATGTTTAAATTCTGGACCACTGATTGGACTCTCTGAAATTCCCATGGGTTCCATTAATTACAAAAGTAGTTTCTAGGCTCAGAGAAATCACTCAGAAGTTAAAAGCACTGGCTGCCCTTCCAGAGGACCCAGGATTAATTCCCAGAACTTACATGGAGGCTAATAGCCATCTGTAACTCCAGTTCCAGGAGGTATGATACCCTCTTCTGGCTGCCTCTGGCACTGCATGCATACAGCACAGGACCAACATTCATTTAAGCAAGACACTCAGATGCATAAAATAAAAATAAACAAAATTTCAAAATTAGTTTTCTTGCCTTTCTTTCATCTATTGCCTGTAATATCCAGAGAATAATAGAACAGAGTCCATGCCAAGGGCCAGACCCTTTCACTGGTCTTCATTGTGTATCTGAGGTGATCTCCGCCCACCATCTAGAATGTTCTCTGTCCAAAAAGATTCCATATGTTTCAGTGATGGCTTTGCCTTGTTGTCCTCTTGGCATGCTGTTGTATCCTAAGGACAGTTATGGTATTTAAAAAAGAAATGTCCCGCCATGCCTGCTGCATTATTCTCATGTATTCCACAAATATCAGCAAACCTTCCGGAAGACACAACAGTTTCTGGAGACCAGATGTGGGCTAGTTTCATTTCAAGAGTTAAGGTATGGTGCCTGCATGAAATTAAGGTAGCATCTTGAGACGTGTGCATCAGAACAGGGTGCTTCCAGTCTTCCTCATCAAGAGGGTGCACAACTGTCATACAAAAGACAGTCTGTTCAAACCATATGGACGACCGAAGGCCTAGAAATCATTACACAATTACTCAGATATATTTGAGATATCTAAACAAGGCAAGACATGCTAGTGTGTGACTTGGCTCATGGCAATGTTTGATTACACTGGAGTGCCATCACACCAGGATTGAACACTTCATTAAAAGTTCAAGGAATCCAAGATAACAGCGGCTTCCAGAGTAAATATACAGTCAGAATCTACATTGTTTGGAACTCTTGATGTCTTTGCCCATGTTTGAAAAAAGAAACCTTATTTTAGAAAGAGACTTAACAAGTCAGAAATGGACCTACTTTACCTCACAGGCATTTAGGCAGTTCCTCTGGTCCCTATACAAAAATGTTCTTGTAGAAGATGCCTCAAGAGCTGGAGGTGCTATCAGCCATGGAATTTTAAAACAAAGTCCAAACAAACCAAGGCAGACAGCAGTAAAAGCAATGTTGCCAGTGTTGTGGGCTCTGCGATTCTCCACAGCACTTATGTCATCGATCTCATTCCTTCGGCTCTCAAAGCAGGACATACTACCATGATCAGAGAACCCAGTCAAGGAGGCTTCTTGAACTGCTTGCTCAGTTCTTCCCCTGTCTCCAGCAGATGGCAGACAGTCCAAAGGCCTTCTTCTGTAGCTCTGACTAGCTGGGAAGAGCTCTGTCTCCTATTCTTAGCATGTTGTTTTGGGTTTTGTTTTGTTTGTTTTGTTTTGTTGTTGTTTTTCCCCCTTACTAAAACAGTGAAGGTACTGAAAAGGTTTTGTAGGGTTAGGTTCAAGAAGAACATTGGACTGGAATTCTGTCCAGTAAAGAGTTTATTAGAAAAGCTAATGGCCATTGATAGACAAAGGAAGAGGCACCAGCTTGATGGGGACTCTGAGGAGAGTTTAGACCATAGCCCCAGCTATCAGACAGAATGCCAGGTCTCTGAAGAGAGGACTTGGAACCTGTATGGAAGAATGATGTCACTTTGTATACCTTTCTGGGGATGGGAGAGATCACGGCACAAGCTAGGCTCTCTGATTCCCAGGCAAGAGGCAGGGAAAGGGGTTAGAAGCAGGTTAGGTGGCCACTAGTATAAACTTACTTCTCCAGGTGAGCATCCTTGGCTCAGGGAAGTTTGACTGTATTCACAGAGAGAGTAGAGTCTCATTAGGGAGCCTCACTATCTGTAAGAAGGGAGGCTTGGTGCAAGGGATTGTGGCCTGTGTGGCTGCTGGATTCTAACAACACATTCTTAGGGCACATACCTTAAAAAACCACATGAGTTCTATTTCAAATGGTTTCATAATCCTTGGGACAGTTCCTGTAAAACACCCAGCTCTGGAGAAACACTTTGTGTATAAACCTCAGTTATCTAGGCCACAGGGTTTGGAGGGAGTATCCTATTGACGGGGTATCCTCTTTATCTAACAGTGTGTCATGATTTCCCCCTGTTCATTTTCTTCCCTGTCTCTAGAGTTATGTCAGTGACTACTTAGATACCTTGGCTGGGAGGAAGAGAGTCTCATAAGCCTCGGCCTCTTTCAGAGGTCCCAGCTCACTGCTGAACCAGTGCTGATTTTCTTTCTAGGCTTCATCTATCTATGACAGTGGGCATGTTAGCAGCCTCTCGAGGCTCTTAGGGCTCATCATTACTTAGTGAGAATGTCAGACTGCTTTTCAGTTTTGCAACAAGCACGATTTCTCTCTCTGTGTCTAGCACAGAGGTAGCTTATATAAGATAGTTATAGCATATAGAGTTTCAACAAGTATTTCATGCAGTCCCTGACACTCCAAAGTTGATCAAGGGAGCATTTATATGCAAGGTGGTGGTCTGGTACCCTGCATGTGTTTTGTAACCTTGACTCAACACTAACAGATAGGCAGAGATGACAAAAGAATCCAACAGGCACATAGTACCCCAAGGTCCTCATTAGCTACTCTGCAGTTGCGAGATATACCCCATATAGTTAGAAATGCTCCAAATAGTTAGAAATGGAGATTGAGCTAGGAACACCAACAAATCAAAGACATTCAGAGTTCATTAGTTGAAAGATGTCTTCCAGGTGCCGTTGACATTACTACCCATGGTTTTGCCATCATGGACATGGCTATGAAAAGTTCTTTGCTAACCCAGAAGTTTAGTGTTCTGTGCATGAAGGGAAGCAGACCAGCCAGCTGCTATGTCTTTGGCCCTCTTTTCTGATGAGGTCATGAACACATGCATTGGACCATATGGTGTCTGTGTTTATTCTAAATGTGCCTCCGTATCATCTACAACTGTTTTCTCTATAAATAGTTACGTCTCCGTAAACGTACTTGTTTTAATCTCTTGGCTTGTCTACAACTAAAAATATCCCATTTAAATGCCCTTCTTGTGATTAATGTACTAGACATCAATGATGGTTGTGTCTGTTATGATTTTCATGATTTCAACATTGACAGTTTTCTAATACGCCTCTTCTAGACTATCATAACAGTTTTCCAGTAAAGCAATTGGAGAAAATGATGCTTATTTACTTACTTAACCTGTAACTGTTAAGCACTTTCAAACTAATTTTTGGCTTTATACATTTTAACCCTTGGCATAGCATTGGGGTAGCAATAGCTGTTGATAAGCCCAGAGAACTTTGACAATTTCTACCAAATATGTAATCCACAAATTCTTAGAGTATGGACGTCTCACTCCTTCCAGCCTGTGTGTCTTTTCTCACTGGTTGATACTGAATCAGTTTTCCTAGTGGAACTCTGGGGAAAGAGATCTACATGAACAAGGTTTGCCTTTGGAAACATTTATTTTCTTTTACACAGTATTTGTCTACTTCTGGGGAAAAATAGATGAGAGCTTGCATTTTATAATGGTCACATCATGAAAGCAGCCAAAGCTGTTTCTAAATGCCCATTCAGGCTGTTGAACAGACCACCCTTTCATTCCGCTGAGTTCTGTCCATAAGAACCACATGATATTCAAGGGGTGTGCTTGATTTAATGACTGTATCCTTACTCAATGACCTTGAGTGTCTAGTCAGATGTGCTTAAACTTGACCATCTGTGTGGTTACCTTGTAAAGACACTACTATCTTTGACCCTTCATTTATACAACTTCAGAATTTGCCAAAAAACATTTCTTGGCAGTTTCCTAGGTGGTCTAACCTTCTGCCTGGCAGAATAGTAGTTAATACCCGCCTGAGAATTCTGAGAGGGCATAAGAATTTTTCTCCCAACCATAGTTAAAGTAAATCACATCTCTAATCCCGTTTGGAACAGCAATTGATGCATTCAGGACTGCACAGTATGGCAAAATGATCCTGGTTTAATGGCCCGACCGTGTGTTTTGTTTCCTGTTAGGAATAGCTTAACTTGCCTTCTTGAACAAACACAGCAGGGTTCAAGATCTGTTGTTCTGTTCCTGCTGTGATATGCTGCACTGCTTAACTTGTATAAGGGACTGCATAAATTAGCTTCTTAAATGGAGGGCCATTTTGGGTCTTTTTCTCAGGATAAACTGTTTTATTAATCTCCCCACGCACCAAGGTAAATGGAGCCCTGAATCCATTTGCACTTTCTTTGTGTACTTATATTATATTTGAGGGAATAAATGAAAGCACTAATTTATCTAAATGTTTTCTTTTATTGTGTTTCAGGGGAATACTTTTATTCAATTATCTAAGTTAAACCTGCCTATATTTCCCTTTTCCTCCCTCTCTAGCTTCCCTTTCCTCTCTCTTTTCTTTCCCTCCCTCTCTCCTTCCCTCCTTCTTCTCCTTCTTCATTCCTTCACTCATCTTGTCTGTGACCCACCTTCTTATTCTGTGTAATTAGCTCTCAGAAATTGCAGGACATTTGCTCATCCTT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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0274313=Cache_1=FE(5.1=100)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types