RnoINT0028148 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000031287 | Cacna2d3
Description
calcium voltage-gated channel auxiliary subunit alpha2delta 3 [Source:RGD Symbol;Acc:631361]
Coordinates
chr16:5167357-5237130:-
Coord C1 exon
chr16:5236997-5237130
Coord A exon
chr16:5167429-5236996
Coord C2 exon
chr16:5167357-5167428
Length
69568 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACTGTGAGT
5' ss Score
7.94
3' ss Seq
CCTTTTCTGTCTCCATCCAGCTT
3' ss Score
10.38
Exon sequences
Seq C1 exon
GATTTTTCACCCAGATCTCCACCTTGGCTGATGTGCAGGAAAATGTCATGGAATACCTCCATGTACTCAGTCGACCCAAAGTCATCGACCAGGAACATGATGTGGTGTGGACCGAAGCGTACATCGACAGCACT
Seq A exon
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Seq C2 exon
CTTGCTGATGATCAGGGCCTCGTCTTGATGACCACAGTGGCCATGCCTGTGTTTAGTAAGCAGAACGAAACT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000031287:ENSRNOT00000048043:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF135191=VWA_2=PD(10.6=42.2),PF0274313=Cache_1=PU(8.7=17.8)
A:
NA
C2:
PF0274313=Cache_1=FE(25.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]