MmuINT0027818 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000021991 | Cacna2d3
Description
calcium channel, voltage-dependent, alpha2/delta subunit 3 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1338890]
Coordinates
chr14:29937852-29983823:-
Coord C1 exon
chr14:29983690-29983823
Coord A exon
chr14:29937870-29983689
Coord C2 exon
chr14:29937852-29937869
Length
45820 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACCGTGAGT
5' ss Score
9.4
3' ss Seq
TCTTCCTCCTGGTTTCTCAGCTC
3' ss Score
7.7
Exon sequences
Seq C1 exon
GATTTTTCACCCAGATCTCCACCTTGGCTGATGTGCAGGAAAATGTCATGGAATACCTCCATGTGCTTAGCCGACCTAAAGTCATTGACCAGGAGCATGATGTGGTGTGGACCGAAGCGTACATTGACAGCACC
Seq A exon
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Seq C2 exon
CTCCCTCAGGCTCAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000021991-Cacna2d3:NM_009785:13
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
PF0274313=Cache_1=FE(5.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: