GgaINT0021012 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000005400 | CACNA2D3
Description
NA
Coordinates
chr12:7818140-7838359:+
Coord C1 exon
chr12:7818140-7818273
Coord A exon
chr12:7818274-7838341
Coord C2 exon
chr12:7838342-7838359
Length
20068 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACTGTAAGT
5' ss Score
8.59
3' ss Seq
TCTGTTTTGTTGTTTTCCAGCTC
3' ss Score
10.79
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTTTTTTACTCAGATCTCTACCTTAGCTGATGTTCAAGAGAATGTCATGGAATATCTCCATGTTCTTAGCCGACCAAAAGTTATTGACCAAGAGCATGACGTGGTATGGACTGAAGCATATATTGACAGCACT
Seq A exon
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Seq C2 exon
CTCCCTCAGGCTCAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000005400:ENSGALT00000036263:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF135191=VWA_2=PD(10.6=42.2),PF0274313=Cache_1=PU(8.7=17.8)
A:
NA
C2:
PF0274313=Cache_1=FE(5.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]