HsaINT0026471 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000157445 | CACNA2D3
Description
calcium channel, voltage-dependent, alpha 2/delta subunit 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:15460]
Coordinates
chr3:54798245-54850897:+
Coord C1 exon
chr3:54798245-54798378
Coord A exon
chr3:54798379-54850879
Coord C2 exon
chr3:54850880-54850897
Length
52501 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACTGTGAGT
5' ss Score
7.94
3' ss Seq
GTTTTGTTTTCCCCCTTCAGCTC
3' ss Score
10.22
Exon sequences
Seq C1 exon
GATTTTTTACCCAGATCTCCACCTTGGCTGATGTGCAGGAGAATGTCATGGAATACCTTCACGTGCTTAGCCGGCCCAAAGTCATCGACCAGGAGCATGATGTGGTGTGGACCGAAGCTTACATTGACAGCACT
Seq A exon
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Seq C2 exon
CTCCCTCAGGCACAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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Mappability confidence:
NA
Protein Impact
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Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
PF0274313=Cache_1=FE(5.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)